| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 3,961,614 | Δ1 bp | 5.9% | coding (261/309 nt) | licB ← | phosphotransferase system (PTS) lichenan‑specific enzyme IIB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 3,961,614 | 0 | A | . | 5.9% | 218.6 / 6.8 | 68 | coding (261/309 nt) | licB | phosphotransferase system (PTS) lichenan‑specific enzyme IIB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/31); new base . (2/2); total (35/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
AATGACGCTGTCCCGCAATTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTATCGATATGATT > BS168_reference_genome/3961478‑3961748 | aaTGACGCTGTCCCGCAATTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGACCCTCACTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCAtt < 6:61423/139‑1 (MQ=255) aCGCTGTCCCGCAATTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCa < 3:363163/138‑1 (MQ=255) aCGCTGTCCCGCAATTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCAc < 4:258005/139‑1 (MQ=255) cTGTCCCGCAATTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGtt < 6:211870/139‑1 (MQ=255) tCCCGCAATTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCCGCTGATTTCAGCCCTTCCGCCCCATTGCACGATCCa > 6:120658/1‑139 (MQ=255) tCCCGCAATTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCa > 4:294704/1‑139 (MQ=255) aTTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGa < 3:294704/139‑1 (MQ=255) aTTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGa < 6:138116/139‑1 (MQ=255) aTTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGa < 5:186597/139‑1 (MQ=255) tcttcCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTCAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCCGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACg < 6:222609/139‑1 (MQ=255) tataGGCATGACCTTTTCTTCTATGATCTGATTGAGTTTATTCACATAGCCGGCCGCTCTCTATGCCAGATGTCCAAGCGGTTCAGCGGCTTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCTTTCTGGTCGGGATTAATg > 8:183710/1‑139 (MQ=255) gCATGACCTTTTCCTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCGGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTc < 5:90868/139‑1 (MQ=255) aCCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATa < 2:198017/113‑1 (MQ=255) aCCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATa > 1:198017/1‑113 (MQ=255) ttcttcTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGaa < 3:42781/137‑1 (MQ=255) ttcttcTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAAc < 4:59771/138‑1 (MQ=255) ctAAGATCTGATTGACTTTATTCACCTAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACTTCTACCGGAACCCCCtt > 2:173029/1‑139 (MQ=255) ctAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAAcccc < 4:113114/136‑1 (MQ=255) aTTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTcc > 6:37320/1‑138 (MQ=255) ttCACAAAGCCCGCCCCTCTCTATTACACATGTCCAAGCTGGTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATGGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTg < 6:236912/138‑1 (MQ=255) caTAGCCCCCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTTATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTg < 6:338352/139‑1 (MQ=255) aTAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCa < 7:285106/64‑1 (MQ=255) aTAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCa > 8:285106/1‑64 (MQ=255) ccccTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATTACGTCTACCGGAACCCCCGTTGACTATCAATATTTTTTTATCTGCTGAAGCAt > 2:332635/1‑139 (MQ=255) tctATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGAc < 7:228332/70‑1 (MQ=255) tctATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGAc > 8:228332/1‑70 (MQ=255) tctATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACg > 1:135277/1‑139 (MQ=255) cacaTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGc > 8:206388/1‑139 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCTCTTCCGCCCCATTGCACGTTCCCTAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGCACCCCCAATGAATCACCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGa > 1:38926/1‑139 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCgg > 4:180563/1‑81 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCgg < 3:180563/81‑1 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGGACCCCCTTTGACGCTCCTAATTTTTGGATCTGCGGACGGATGTAACGGACTTGGGGa > 6:225516/1‑139 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCgg > 3:89313/1‑117 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCgg < 4:89313/117‑1 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCgg < 8:263298/117‑1 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCgg > 7:263298/1‑117 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCg > 7:105718/1‑116 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCg < 8:105718/116‑1 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGa > 4:347349/1‑139 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGa < 5:37320/139‑1 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGa > 4:262115/1‑139 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCC‑TTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGaa > 2:169715/1‑82 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCC‑TTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGaa > 2:164868/1‑82 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCC‑TTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGaa < 1:169715/82‑1 (MQ=255) aTGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCC‑TTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGaa < 1:164868/82‑1 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAAc > 2:307602/1‑82 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAAc < 1:307602/82‑1 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGACGGATGTAACGTAATTTCGGAcc > 5:24092/1‑139 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACg < 4:245769/127‑1 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACg > 3:245769/1‑127 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGAcc > 6:146866/1‑139 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGAcc > 8:345528/1‑139 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCGTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGAcc > 8:93468/1‑139 (MQ=255) gTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTCCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTATGACTCTCCTAATTTTGTGAGCTGCGGAAGCAGGAAACGGACTTGCGGAcc > 8:198511/1‑139 (MQ=255) aaGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCgaga < 7:206388/139‑1 (MQ=255) ttCAGCTTATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTATAACGGAACCCACTGTGAATCTAATAATTTTTTGAGCTGCTGAAGCATTTAACGGAATTGAGGACCGAGAATCaa > 5:14993/1‑138 (MQ=255) ttCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGa > 4:110844/1‑47 (MQ=255) ttCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGa < 3:110844/47‑1 (MQ=255) ttCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCac > 4:147027/1‑137 (MQ=255) ttCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCaa > 6:215383/1‑138 (MQ=255) ttCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCaa < 5:120658/138‑1 (MQ=255) ttCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCaa > 8:21906/1‑138 (MQ=255) aTTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGc > 2:35016/1‑139 (MQ=255) aGCACTTCCGCCCCATTGCACTGTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTAt < 1:332635/139‑1 (MQ=255) ccGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTATCGatat > 6:128898/1‑138 (MQ=255) ccGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTATCGatat > 3:40699/1‑138 (MQ=255) ccGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTATCGata < 3:262115/137‑1 (MQ=255) ccGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTATCGata < 7:93468/137‑1 (MQ=255) ccGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTATCGata < 1:173029/137‑1 (MQ=255) ccccATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTATCGATATGAtt < 5:146866/139‑1 (MQ=255) | AATGACGCTGTCCCGCAATTCTTCCCGCTATAGGCATGACCTTTTCTTCTAAGATCTGATTGACTTTATTCACATAGCCCGCCCCTCTCTATGACACATGTCCAAGCTGTTCAGCTGATTTCAGCACTTCCGCCCCATTGCACGTTCCATAATGGACGGTATTAATGACGTCTACCGGAACCCCCTTTGACTCTCCTAATTTTTTGAGCTGCGGAAGCATGTAACGGACTTGCGGACCGAGAAGCAATACATCCGCTTTATCGATATGATT > BS168_reference_genome/3961478‑3961748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |