| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 608,164 | C→A | 17.4% | intergenic (‑89/+82) | ydgF ← / ← dinB | putative amino acid permease/nuclease inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 608,164 | 0 | C | A | 17.4% | 98.4 / 4.3 | 46 | intergenic (‑89/+82) | ydgF/dinB | putative amino acid permease/nuclease inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/15); new base A (2/7); total (24/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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6:175513/138‑1 (MQ=255) | TCTGCAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAAGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTT‑CC‑C‑G‑AAAA‑A‑GCGGCTCCATTTAGGGAGCCGCTTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAATCTGT > BS168_reference_genome/608027‑608293 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |