| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 2,357,654 | T→A | 7.6% | T186T (ACA→ACT) | bshA ← | N‑acetyl‑alpha‑D‑glucosaminyl L‑malate synthase; malate glycosyltransferase for bacillithiol synthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 2,357,654 | 0 | T | A | 7.6% | 182.6 / 4.5 | 63 | T186T (ACA→ACT) | bshA | N‑acetyl‑alpha‑D‑glucosaminyl L‑malate synthase; malate glycosyltransferase for bacillithiol synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/24); new base A (2/3); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
CTTCGCTTTCGTTTTGCCAGCGATATTGCGGAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCACCCTGTCTGATGA > BS168_reference_genome/2357519‑2357782 | cTTCGCTTTCGTTTTGCCAGCGATATTTCGGAACACACGGATGACATCCGGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGAATTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCtgtg > 7:351301/1‑139 (MQ=255) cTTTCGTTTTGCCAGCGATATTGCGGAACACACGGATGACATCCTGCCCGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGttttt > 4:46510/1‑139 (MQ=255) gTTTTGCCAGCGATATTGCTGAACACACTGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTATAATTCCATGATTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTttcttc < 1:264009/138‑1 (MQ=255) gCCAGCGATATTGCGGAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATac > 2:351889/1‑139 (MQ=255) atatTGCGGAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCt < 2:200234/139‑1 (MQ=255) tatTGCGGAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTc < 5:225356/139‑1 (MQ=255) tatTGCGGAACACACGGATGACATCCTGCACGAGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGATGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTc < 1:236908/139‑1 (MQ=255) gAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCtata < 1:118652/139‑1 (MQ=255) gAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCtata < 2:337620/139‑1 (MQ=255) gAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCtata < 1:351889/139‑1 (MQ=255) gAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGATGGACACATTGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCGATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCtata < 3:148462/139‑1 (MQ=255) gAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTGTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCtata < 2:81846/139‑1 (MQ=255) cacacGTATGACGTCCTGCACACGTTTGACCTTTCTAAAGTTGGACACATGGATGACAACTTTATCGTCTGGTAAAATACCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCAGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGGCTATTAAg > 1:305136/1‑139 (MQ=255) cacacGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGCTCCACGCGCTCGTCTATaagg > 2:245674/1‑137 (MQ=255) cacacGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCAGCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTGTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAg > 2:163230/1‑139 (MQ=255) acGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACAcgcg < 7:102019/123‑1 (MQ=255) acGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACAcgcg > 8:102019/1‑123 (MQ=255) acGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTta > 6:115293/1‑139 (MQ=255) acGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGATTCTCTTTAATTGCCGCTCTGATTTTCTTCAGATACAAGCGCTCGTCTATAAAGTta > 4:148462/1‑139 (MQ=255) tGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAAt < 1:295906/139‑1 (MQ=255) aTCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGtt > 7:163522/1‑139 (MQ=255) tCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGttt > 1:132718/1‑139 (MQ=255) gCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATCCACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAAt > 6:341549/1‑139 (MQ=255) gCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAAt > 2:162016/1‑139 (MQ=255) gCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAAt > 8:14832/1‑139 (MQ=255) gCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAAt > 5:68227/1‑139 (MQ=255) gTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAAttttttt > 4:112912/1‑139 (MQ=255) ttAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTtct > 8:332623/1‑139 (MQ=255) ttCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGtt < 8:351301/138‑1 (MQ=255) tCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCTTTTCAATTTTTTTCTCCGGttt > 1:126975/1‑138 (MQ=255) tCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGttt > 7:113848/1‑138 (MQ=255) tCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCAGGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTGAATTGTTTTCTCCGGttt > 6:221243/1‑138 (MQ=255) tCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTACATTTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATCCCCTCGCTCGTCTATAAAGTTATAATTCGTTTGATTTTTTTTCTCCGGttt > 8:215364/1‑138 (MQ=255) aaGTTGGACACATGGACGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATAAACGCTCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTAAATTTTTTTCTCCTGTttaatt > 8:16193/1‑138 (MQ=255) gTTGGACACAAGGATGACGACTTTTTAATATGGTAAAATTCCATGTTTGTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTGTTAAGATAAACCCGCGCGTCTATAAAATTATAAATAGGTTAAATTTTTTTATCAGGTTTAATTaaa > 1:129204/1‑139 (MQ=255) ggACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCg > 1:278481/1‑139 (MQ=255) ggACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCg > 1:28743/1‑139 (MQ=255) gACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCg < 8:309953/138‑1 (MQ=255) gATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCa < 2:196106/139‑1 (MQ=255) tGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGc > 8:103775/1‑139 (MQ=255) acTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTtctc < 8:366699/107‑1 (MQ=255) acTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTtctc > 7:366699/1‑107 (MQ=255) acTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGc > 6:256054/1‑137 (MQ=255) acTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCat > 4:75671/1‑138 (MQ=255) tttCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAgcgc > 5:331747/1‑139 (MQ=255) tttCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAgcg < 4:248383/138‑1 (MQ=255) tttCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAgcg > 3:248383/1‑138 (MQ=255) tttCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATAGTATGTTTCAGCCGCAAgcgc > 5:53038/1‑139 (MQ=255) tGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTgag > 3:232835/1‑136 (MQ=255) tGGTAAAATACCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCAGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCGATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTACGTTTCAGCTGCAAgc > 8:299896/1‑130 (MQ=255) tGGTAAAATACCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCAGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCGATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTACGTTTCAGCTGCAAgc < 7:299896/130‑1 (MQ=255) ggTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAATTCGTTTCAATTTTTTTCTCCTGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGgaga > 5:331045/1‑139 (MQ=255) gTAAACTTCCATGTTTCTATTTAATTGCCGCGGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGAc < 8:163522/139‑1 (MQ=255) gTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGgaga < 6:331747/138‑1 (MQ=255) gTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGAc < 2:28743/139‑1 (MQ=255) aaaaTTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGGCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACgg < 4:32461/139‑1 (MQ=255) aTGTTTCTCTTTTATTGCGGCAGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGTTATTCTATAAAGTTATTAATTGTTTAGATTTTTTTCTGGGGTTTATTTAAATGTTACGTTTCAGCTGCAAGCGCTGAGGAGACAGCTGTGAcg < 2:305136/139‑2 (MQ=255) aTGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCAcc > 8:259682/1‑139 (MQ=255) aTGTTTCTCTTTAATTGCCGCAGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTGTCGATGTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTACGTTTCAGCTGCAAGCGCTGAGGAGACAGCTGTCAcc < 5:102346/139‑1 (MQ=255) tttttCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCAccc < 7:16193/137‑1 (MQ=255) tAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCACCCTGTCtgat < 1:162016/137‑1 (MQ=255) tAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCACCCTGTCtgat < 2:129204/137‑1 (MQ=255) tAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCACCCTGTCtgat < 1:137106/137‑1 (MQ=255) aaTTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCACCCTGTCtgatga < 3:46510/138‑1 (MQ=255) | CTTCGCTTTCGTTTTGCCAGCGATATTGCGGAACACACGGATGACATCCTGCACGCGTTTAACTTTTCTGAAGTTGGACACATGGATGACGACTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCACCCTGTCTGATGA > BS168_reference_genome/2357519‑2357782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |