Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 3,016,944 | G→T | 10.0% | T231N (ACC→AAC) | ytxK ← | putative nucleic acid methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 3,016,944 | 0 | G | T | 10.0% | 131.6 / 3.0 | 43 | T231N (ACC→AAC) | ytxK | putative nucleic acid methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/17); new base T (2/3); total (23/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAAAAATAGATTTTGGCAGCTGCAACAGTGCGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCATTCGGATAATAGCCGACTGGCAGATCACAAATGAC > BS168_reference_genome/3016810‑3017068 | ttaaaaTAGATTTTGGCAGCTGCAACAGTGCGTTCATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATTATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGt < 3:243635/134‑1 (MQ=255) tAAAAATAGATTTTGGCAGCTGCAACAGTGCGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCGGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATAATAAAAAATATGTAGCCGCCCGGTTTGGt < 4:347204/136‑1 (MQ=255) tAAAAATAGATTTTGGCAGCTGCAACAGTGCGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATg > 7:48689/1‑139 (MQ=255) tAAAAATAGATTTTGGCAGCGGCAACAGTGCGTTGAAATGAACCTTATCTTTTAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCACTCAAACAAATGATTCGGAAGCATAAAAAAAAAGTAGCCGCCCGGTTTGGt < 1:61075/136‑1 (MQ=255) aTTTTGGCAGCTGCAACAGTGCGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGct < 7:166495/139‑1 (MQ=255) ggCAGCTGCAACAGTGCGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGtt > 5:9225/1‑139 (MQ=255) cgccaccAGTGCTTTCTTATAAACCTTATATTTAAAAACCTGTTTCTCCTGTCCGTTTTGGGAGCTCACAAAAAAATTATTGGCAAAAAAAAAAAATAATAAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATa < 4:4661/133‑1 (MQ=255) gCGTTGATATGAACCTTATCTTTTAAAAATTGTTTCCGCTTGCCGGTTGGGGAGCTCACAAAAAAATGAATCGCAATAATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAgatga < 8:131221/138‑1 (MQ=255) gCGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAgatgat > 7:79848/1‑139 (MQ=255) cGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGCCGCTCTGTTCAATAAACAGatgatg > 2:143820/1‑139 (MQ=255) cGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAgatgat > 2:323764/1‑138 (MQ=255) cGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAgatgat > 1:89862/1‑138 (MQ=255) cGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAgatgat > 8:124556/1‑138 (MQ=255) tGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGTTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGc > 3:349289/1‑139 (MQ=255) tGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGTTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGc > 3:354726/1‑139 (MQ=255) aaCCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGaa > 2:4820/1‑139 (MQ=255) aaCCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGaa > 2:49112/1‑139 (MQ=255) aaCCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGATTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAATTAGAATACAGGTTTGGTATGCTTGACGATCTGTTCAATAAACAGATGATGAGcagtctc > 5:260490/1‑132 (MQ=255) tATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGcc > 2:99017/1‑139 (MQ=255) tATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAAAAGATGATGAGCGAAGGAATGGcc > 7:267255/1‑139 (MQ=255) tATCTTTGAAAAACAGTTTCAGAATGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATTATTAGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGAATGCTTGACGCTCTGGTCAATAAACAGATGAAGACCGAAGGAATGGcc > 5:173789/1‑139 (MQ=255) ttCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGGTCTAAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTCGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGcc < 3:26982/137‑1 (MQ=255) atatttGAAATACGTTTTCAGATTGCAGGTTTTTGAGATATCAACCTAATGATTTGTAATAATAAAAATTAAGATGCCTCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTAAATAAACAGATGATGAGCGAATTAATGGcc < 8:237379/135‑1 (MQ=255) aTCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGGTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGCAATCATAAAAAATAAGTCGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGcc < 8:152373/138‑1 (MQ=255) tGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGt < 7:259349/85‑1 (MQ=255) tGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGt > 8:259349/1‑85 (MQ=255) aaaaaCTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAg > 2:20316/1‑139 (MQ=255) aaaaaCTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGGTCAAAAATCAGATTATGAGCGAAGGAATGGCCTGCGTCAg > 1:134437/1‑139 (MQ=255) aaaaaCTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCAGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCat > 6:207346/1‑138 (MQ=255) cTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGTAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTg < 1:49112/139‑1 (MQ=255) acgCTTGCGGCTTTGGGATAGCTCAACCAAAGTATTCGTAATCATAAAAAATACGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTc < 8:267255/136‑1 (MQ=255) gCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCaaa < 7:345301/139‑1 (MQ=255) tGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGc > 3:197628/1‑139 (MQ=255) ggctgtttGGGAGCTCTAAAACAAATGTTTCGTACTCATAAAAATTATGTAGCCGCCCGGTTTGTTATGCGTGACGCTCTGTTCAATAATAAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGATTTGAGCTCAAACGc < 2:134437/133‑1 (MQ=255) ccGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCtt < 1:99017/139‑1 (MQ=255) caaaaaacTTATGCGGAATCATAAAAAATAAGAAGCCGCCCGGTTGGTTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGTCCTTCGGCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCAtt < 4:354726/139‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTGATTGGTAAGAAAAAAAAAAAAGTCCCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCAtt < 6:9225/138‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTGATTCGTAATCAAAAAAAAAAAGTCGCCGCCCGGTTTGTTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCAtt < 4:349289/138‑1 (MQ=255) aTGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCATTCGGataa > 7:154151/1‑139 (MQ=255) gAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCATTCGGATAATAGCCGAc > 8:97534/1‑139 (MQ=255) aTAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCATTCGGATAATAGCCGACTgg > 3:30704/1‑137 (MQ=255) aTAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCATTCGGATAATAGCCGACTGGCa < 7:97534/139‑1 (MQ=255) gccgccCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCATTCGGATAATAGCCGACTGGCAGATCACAAATGAc < 8:48689/138‑1 (MQ=255) | TAAAAATAGATTTTGGCAGCTGCAACAGTGCGTTGATATGAACCTTATCTTTGAAAAACTGTTTCAGCTTGCCGCTTTGGGAGCTCTCAAACAAATGATTCGGAATCATAAAAAATAAGTAGCCGCCCGGTTTGGTATGCTTGACGCTCTGTTCAATAAACAGATGATGAGCGAAGGAATGGCCTTCGTCAGCTTTGAGCTCAAACGCTTCTGCTCCTTCGTCATTCGGATAATAGCCGACTGGCAGATCACAAATGAC > BS168_reference_genome/3016810‑3017068 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |