| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 3,116,898 | C→A | 10.1% | L23F (TTG→TTT) | ytrD ← | ABC transporter, permease component involved in resistance to cell wall inhibitors |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 3,116,898 | 0 | C | A | 10.1% | 220.4 / 5.3 | 72 | L23F (TTG→TTT) | ytrD | ABC transporter, permease component involved in resistance to cell wall inhibitors |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/30); new base A (2/6); total (36/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATGAGATAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCTCACAA > BS168_reference_genome/3116764‑3117036 | aaTGAGATAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTATAATTGATAATGGATTAACTAATATAAAAACCaaaa < 1:30431/139‑1 (MQ=255)aaTGAGATAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCaaaa < 7:81272/139‑1 (MQ=255) aTGAGATAACTGAGCTTTTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAAt < 4:230236/139‑1 (MQ=255) tGAGATAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATg > 1:27216/1‑139 (MQ=255) tGAGATAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATg > 5:89072/1‑139 (MQ=255) agaTAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGTGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGt < 3:338441/139‑1 (MQ=255) agaTAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGt < 4:150860/139‑1 (MQ=255) agaTAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGt < 1:31596/139‑1 (MQ=255) gaTAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGt < 2:27216/138‑1 (MQ=255) aaaTGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATa < 1:189965/139‑1 (MQ=255) aaTGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCCGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATa < 5:145031/138‑1 (MQ=255) aTGAGCTATTTAAATAATCAACTCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAAc > 3:200429/1‑139 (MQ=255) cTATTTAAATAATCAACGCTGATTACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGTATAACCTAATATAAAAACCAAAATGGTTATAACTAAgg < 2:14863/139‑1 (MQ=255) cTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTATTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAgg < 3:266296/139‑1 (MQ=255) tATTTAAATAAACAACGCTGAATACGCAGGGGCAGACCAAATTTTCTTTTCCCGTTACACACCCTGTATATATGTGAAAAATTTTTAAAATTTATATTGGTTAACATAATAAAAAAACAAAAATGGTTATAACAAAgg < 4:34453/138‑1 (MQ=255) tttAAATAATCAACGCTGATTACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGa > 3:47000/1‑139 (MQ=255) 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tGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGCCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCAAAgg > 5:296461/1‑138 (MQ=255) agaTACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCAt > 4:334925/1‑139 (MQ=255) atatTTAAAATTTAAAATGGATTACATAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTa < 1:353240/139‑1 (MQ=255) ttAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACt > 2:41424/1‑139 (MQ=255) tAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACtt > 6:110080/1‑139 (MQ=255) aaaaTTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCACCTCACTTCCCTCCAACCCTAAGGCATTTCTTACACgtt > 8:168216/1‑139 (MQ=255) aaaaTTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCAACTCTTTGTAAAGAAGTCCGGAATCCTGCAACTAACTTCCATCCAAACATAAGACATTTCTTAAACttt > 8:59884/1‑139 (MQ=255) ttGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGtt < 5:163763/139‑1 (MQ=255) ttGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGtt < 1:71990/139‑1 (MQ=255) ttttAATGTATTAACAAATATAAAAACAAAAATGGTTAAAAATAACGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCATCTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGtt < 2:173800/135‑1 (MQ=255) gATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCACCTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCAGTTCTTACACTTTTGtttt > 3:5348/1‑139 (MQ=255) aaaaTGCAATACCTAATAAAAAAACAAAATTGGAGAAACCTAACGCTAATTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGCCATTTCTTACACTTTTGTTTTc < 4:47000/137‑1 (MQ=255) aTAATTGATTAAGTATTATAAAAACCAAAATTGTTATAACTAAGTCGACTTTATTCTGCCTCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGTCATTTCTTACACTTTTGtttt < 7:59884/138‑1 (MQ=255) tGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTtat < 5:110080/139‑1 (MQ=255) aCCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATaaa > 3:325226/1‑136 (MQ=255) tataAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAg > 6:331001/1‑138 (MQ=255) tataAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAg > 4:98436/1‑138 (MQ=255) tataAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAg > 3:317565/1‑138 (MQ=255) aaaCCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCgg < 1:8448/70‑1 (MQ=255) aaaCCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCgg > 2:8448/1‑70 (MQ=255) aaaCCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTc > 7:87984/1‑85 (MQ=255) aaaCCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTc < 8:87984/85‑1 (MQ=255) aaaCCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCt > 7:85312/1‑138 (MQ=255) aaaCCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCt > 3:242312/1‑138 (MQ=255) aaaCCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCt > 8:360388/1‑138 (MQ=255) aaaCCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTGTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCt > 2:282820/1‑138 (MQ=255) ccAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCTcaca < 1:41424/139‑1 (MQ=255) ccAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCTcaca < 7:360388/139‑1 (MQ=255) ccAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCTcaca < 7:89914/139‑1 (MQ=255) cAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCACACaa < 6:89072/139‑1 (MQ=255) | AATGAGATAAATGAGCTATTTAAATAATCAACGCTGAATACGCAGGGGCCGACCCAATTTTCTTTTCCAGTGACACAGCCTTGATAGATGAGATACATATTTAAAATTGATAATGGATTACCTAATATAAAAACCAAAATGGTGATAACTAAGGCGACTTTATTCTGCCGCCACTCTTTGTAAAGCAGTCCGGAATCCGGCAACTCACTTCCCTCCAAACCTAAGGCATTTCTTACACTTTTGTTTTCTTATAAATAGAGAAGTAGCTCACAA > BS168_reference_genome/3116764‑3117036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |