| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 165,749 | Δ1 bp | intergenic (+42/‑5) | rrnI‑5S → / → trnI‑Asn | ribosomal RNA‑5S/tRNA‑Asn |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 165,749 | 0 | C | . | 96.0% | 58.2 / ‑2.5 | 25 | intergenic (+42/‑5) | rrnI‑5S/trnI‑Asn | ribosomal RNA‑5S/tRNA‑Asn |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (7/17); minor base A (1/0); total (8/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑C‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTC > BS168_reference_genome/165625‑165877 | ccATACCGAACACGGATGTTAAGCTCTTCATCGCTGATGGTAGTAGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGAGGCCGACAATAAGTTTTATTAATTTTAACATGTTTGTTTATGAATCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCt < 6:250798/139‑1 (MQ=17) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGATTGTATATGAAGCTTTATA‑AT‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGCTAGAGCTAACGTCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAAACCTACCTCCCGAG‑CGATTGCTACCATa > 3:110357/1‑139 (MQ=18) aTTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAgg < 2:276239/139‑1 (MQ=21) aTTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAgg < 3:10616/139‑1 (MQ=21) tattaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTa < 2:36791/138‑1 (MQ=21) ttaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag < 1:300157/139‑1 (MQ=21) ttaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag < 4:161313/139‑1 (MQ=21) ttaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag < 3:230903/139‑1 (MQ=21) ttaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag > 2:300157/1‑139 (MQ=21) ttaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGAGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag < 5:75509/139‑1 (MQ=21) aTTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCAc < 3:415306/139‑1 (MQ=21) tCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACtt > 2:374386/1‑139 (MQ=21) tCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACtt > 1:64414/1‑139 (MQ=21) tACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATCGCTCAGCAGGTAGAGCACTTc > 6:211374/1‑138 (MQ=18) aCCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 4:325973/139‑1 (MQ=21) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 1:408153/138‑1 (MQ=21) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 5:73816/138‑1 (MQ=21) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 5:249637/138‑1 (MQ=21) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 4:226908/138‑1 (MQ=21) tttgtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGt > 5:205537/1‑137 (MQ=21) tttgtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTa < 4:385889/138‑1 (MQ=21) tttgtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTa < 6:205537/138‑1 (MQ=21) tttgtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTCCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGt > 7:188445/1‑137 (MQ=18) aaGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGTATGATAAAATATATTTATTATTTTATAATCATAAATTATTAGAA‑ATTTCTTACATATCTAAGCAAGTAGAGCACTTCCATGGCAAGGAAGAGGt > 2:125542/1‑138 (MQ=255) aGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTc < 3:311595/138‑1 (MQ=21) | CCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑C‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTC > BS168_reference_genome/165625‑165877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |