| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 557,870 | (T)5→6 | intergenic (+421/‑3) | yddT → / → ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 557,865 | 1 | . | T | 98.9% | 331.7 / ‑3.4 | 93 | intergenic (+416/‑8) | yddT/ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (44/48); total (44/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
TGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑TTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAA > BS168_reference_genome/557729‑557990 | tgAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑tt > 4:147647/1‑139 (MQ=255)tgAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑tt > 2:308062/1‑139 (MQ=255) aaaGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑tttt > 1:358213/1‑139 (MQ=255) tAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑ttttttaa < 1:367078/139‑4 (MQ=255) aTGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑ttttttaatt > 4:144134/1‑134 (MQ=255) aTGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑ttttttaatt > 7:456593/1‑134 (MQ=255) tGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTg > 5:4660/1‑139 (MQ=255) tAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTg > 5:400061/1‑137 (MQ=255) tCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTaaa < 3:401137/139‑1 (MQ=255) tCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTaaa < 1:308062/139‑1 (MQ=255) tCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTaaa > 5:387885/1‑139 (MQ=255) aGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTc < 7:229993/138‑1 (MQ=255) aaaGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAAt > 4:291946/1‑139 (MQ=255) tttAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAGAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt < 8:126544/139‑1 (MQ=255) tttAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt > 8:8977/1‑139 (MQ=255) tttAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt > 8:411134/1‑139 (MQ=255) gATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGta < 1:76774/139‑1 (MQ=255) aGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag < 6:333105/138‑1 (MQ=255) aGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag < 1:2212/138‑1 (MQ=255) gATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtagta < 5:380950/139‑1 (MQ=255) gATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag > 4:82374/1‑137 (MQ=255) gAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAtt < 8:456593/138‑1 (MQ=255) gAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAtt < 6:368912/138‑1 (MQ=255) aaaaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg > 3:315735/1‑139 (MQ=255) aaaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATTCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTggg < 3:412730/139‑1 (MQ=255) aaaaTTTTATATATTTTAAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTggg < 2:344418/139‑1 (MQ=255) taaTTTTATTTATTTTCAATAAAATACTTGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCTTTGTAGTAAATTGTTCAATGTTTTTTGTATAGTATCATTGGGa < 8:198914/138‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 4:315735/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 8:454607/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 3:368435/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 6:387885/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 6:4660/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 2:293191/139‑1 (MQ=255) aTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATc < 3:147647/139‑1 (MQ=255) atatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAata < 2:358213/138‑1 (MQ=255) tatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatata > 2:217463/1‑139 (MQ=255) tatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatat < 8:215103/138‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 5:125170/127‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt > 6:125170/1‑127 (MQ=255) cAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTtat < 7:411134/138‑1 (MQ=255) cAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTtat < 5:148799/138‑1 (MQ=255) cAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTtat < 1:217463/138‑1 (MQ=255) tGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTAc > 8:339867/1‑138 (MQ=255) gTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTaa > 6:128084/1‑139 (MQ=255) gTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTaa > 1:332402/1‑139 (MQ=255) tataATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaa < 2:261353/139‑1 (MQ=255) taataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaag > 8:410334/1‑138 (MQ=255) taaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt < 1:143640/139‑1 (MQ=255) taaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt < 3:401718/139‑1 (MQ=255) taaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAAAAGt < 5:355528/139‑1 (MQ=255) aaTGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt > 8:161565/1‑137 (MQ=255) tataCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGATCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGTGATCAATATATTGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGta > 8:287318/1‑138 (MQ=255) ataCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGTTTATAAATTATTTACTAAAATAGAAGTCATtag > 7:422127/1‑137 (MQ=255) ataCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtac > 3:134784/1‑138 (MQ=255) ataCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACAAAGAAGTCAGtac > 7:278924/1‑138 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTTTAGTAGCATTGGGATCAAGAGATGGGTATAAGTTATTTACGACCGAAGACGGCAGtgc > 6:248606/1‑135 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTggg < 8:333360/92‑1 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTggg > 7:333360/1‑92 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt > 4:329090/1‑94 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 3:329090/94‑1 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtacta < 6:400061/139‑1 (MQ=255) aCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtactac < 2:382411/139‑1 (MQ=255) cAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTactact < 7:454399/139‑1 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGta < 3:159915/74‑1 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGta > 4:159915/1‑74 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTa > 4:82778/1‑116 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTa < 3:82778/116‑1 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGta < 5:1295/131‑1 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 2:130168/1‑139 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 4:375152/1‑139 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTAATAACCAAGAAGTCAGta > 6:1295/1‑131 (MQ=255) ttGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt < 3:144134/139‑1 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCATGAAGTCAGTACTACTCGtt > 7:282010/1‑138 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCg < 1:260734/136‑1 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCg > 2:260734/1‑136 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt < 8:404887/138‑1 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 1:320590/86‑1 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt > 2:320590/1‑86 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt < 7:18807/137‑1 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt > 8:18807/1‑137 (MQ=255) tATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt > 6:51704/1‑122 (MQ=255) tATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt < 5:51704/122‑1 (MQ=255) gagaTGTAATTAATTAAAAAGGATT‑TTTTTAATTGCTTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTaataat < 5:367654/139‑1 (MQ=255) agaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaataa > 6:274918/1‑137 (MQ=255) gaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAg > 3:157075/1‑139 (MQ=255) gaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAg > 1:300407/1‑139 (MQ=255) tGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGc < 3:291946/138‑1 (MQ=255) tGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCt > 6:391891/1‑139 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCTATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTATCCAAGATGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTc > 2:336341/1‑139 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt > 3:427367/1‑75 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 4:427367/75‑1 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTc > 5:172845/1‑139 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTc < 5:274918/139‑1 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTc > 8:42312/1‑139 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTc > 5:395566/1‑139 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAAGTATTTACTAACAAAGAAGTCAGTACTACTCTTTTAATAATAGCTTc > 6:367654/1‑139 (MQ=255) aattaaAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTaa > 1:355910/1‑139 (MQ=255) ttaaAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAGTATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTactact < 7:451950/115‑1 (MQ=255) ttaaAAAGGA‑GTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAGTATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTactact > 8:451950/1‑115 (MQ=255) | TGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑TTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAA > BS168_reference_genome/557729‑557990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |