| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 1,073,527 | G→C | S64C (TCT→TGT) | scoC ← | transcriptional regulator of extracellular protease production, sporulation and bacilysin production (MarR family) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 1,073,527 | 0 | G | C | 99.1% | 431.8 / NA | 112 | S64C (TCT→TGT) | scoC | transcriptional regulator of extracellular protease production, sporulation and bacilysin production (MarR family) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (49/62); total (49/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCAAAGAGCCTTGCTAAGCT > BS168_reference_genome/1073392‑1073653 | tCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACaaa > 1:206205/1‑139 (MQ=255)tCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACaaa > 2:10521/1‑139 (MQ=255)tCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACaa > 5:4303/1‑138 (MQ=255) acagcAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATgg > 5:248560/5‑138 (MQ=255) acatGGACCTATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCATCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCt < 4:458589/135‑1 (MQ=255) aaTTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCt < 8:239133/138‑1 (MQ=255) aaTTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCt < 2:192971/138‑1 (MQ=255) aaTTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCt < 4:353325/138‑1 (MQ=255) ttGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCa < 5:3751/139‑1 (MQ=255) ttGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCa < 7:458235/139‑1 (MQ=255) tGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTTATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCAt > 8:256668/1‑139 (MQ=255) gACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCAtt < 4:214136/138‑1 (MQ=255) gACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCACGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCTCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTc < 4:123471/139‑1 (MQ=255) atatGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAAt > 6:458243/1‑139 (MQ=255) atatGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAAt > 2:380926/1‑139 (MQ=255) atGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGCCCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTg > 6:278695/1‑139 (MQ=255) atGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAATCTCCATTCAATTg > 6:27431/1‑139 (MQ=255) atGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTATTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCACGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCaa > 1:17256/1‑136 (MQ=255) gtgtTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGa > 8:153638/1‑138 (MQ=255) ttCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACg < 6:133137/139‑1 (MQ=255) tCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACg > 2:586/1‑138 (MQ=255) cGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCa < 2:17256/138‑1 (MQ=255) tCATTCAGCCTTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATa < 3:207293/139‑1 (MQ=255) cATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCCTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCa > 4:192437/1‑131 (MQ=255) cATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCCTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCa < 3:192437/131‑1 (MQ=255) aGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAatat < 6:131102/139‑1 (MQ=255) gTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATatgatg < 3:341971/139‑1 (MQ=255) gTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATatgatg < 1:586/139‑1 (MQ=255) tttGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACg < 1:40311/119‑1 (MQ=255) tttGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGc > 2:20778/1‑139 (MQ=255) tttGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGc > 5:220720/1‑139 (MQ=255) tGGTGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATAAGCAATCCATAAAATATGATGCt > 2:404640/1‑138 (MQ=255) tGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCt < 8:359007/138‑1 (MQ=255) tGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCt < 5:458243/138‑1 (MQ=255) tGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCt < 2:266242/138‑1 (MQ=255) tGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCt > 7:11185/1‑138 (MQ=255) tGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCt < 7:153638/138‑1 (MQ=255) gagaACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCAt < 6:220720/139‑1 (MQ=255) gagaACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCAt < 1:94736/139‑1 (MQ=255) agaACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCAtt < 2:206205/139‑1 (MQ=255) aaCCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCa < 2:355466/114‑1 (MQ=255) aaCCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCa > 3:312582/1‑114 (MQ=255) aaCCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCa < 4:312582/114‑1 (MQ=255) aaCCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCa > 1:355466/1‑114 (MQ=255) ccTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCaa > 7:362408/1‑113 (MQ=255) ccTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCaa < 4:158525/113‑1 (MQ=255) ccTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCaa < 8:362408/113‑1 (MQ=255) ccTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCaa > 3:158525/1‑113 (MQ=255) aaaTATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTc < 8:188289/138‑1 (MQ=255) aaaTATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTc < 1:380926/138‑1 (MQ=255) aaaTATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTc < 1:355273/138‑1 (MQ=255) aaaTATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTc < 3:442982/138‑1 (MQ=255) aaaTATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTc < 7:115571/138‑1 (MQ=255) ccccGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGCCCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCa > 5:451449/1‑138 (MQ=255) ccccGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAg < 1:443277/82‑1 (MQ=255) ccccGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAg > 2:443277/1‑82 (MQ=255) ccccGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCaa > 6:449007/1‑103 (MQ=255) ccccGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCAt < 6:2454/108‑1 (MQ=255) ccccGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCAt > 5:2454/1‑108 (MQ=255) ccccGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCa > 5:280889/1‑138 (MQ=255) 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ccGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCAAAGAGCCTTGc > 3:360336/1‑139 (MQ=255) cGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCAAAGAGCCTTg > 2:160314/1‑137 (MQ=255) cGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCAAAGAGCCTTg < 1:160314/137‑1 (MQ=255) tttCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCAAAGAGCCTTGCTAAGc < 3:208401/139‑1 (MQ=255) cgcgATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCGTTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCAAAGAGCCTTGCTAAGCt > 2:30369/1‑137 (MQ=255) cgcgATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCAt < 3:310151/62‑1 (MQ=255) cgcgATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCAt > 4:310151/1‑62 (MQ=255) cgcgATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCAAAGAGCCTTGCTAAGCt > 2:277945/1‑137 (MQ=255) | TCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCAAAGAGCCTTGCTAAGCT > BS168_reference_genome/1073392‑1073653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |