| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006881 | 3,701,817 | A→G | 5.5% | intergenic (‑1307/+330) | U712_19060 ← / ← U712_19070 | Uncharacterized protein yweA/Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,701,817 | 0 | A | G | 5.5% | 286.9 / 3.8 | 90 | intergenic (‑1307/+330) | U712_19060/U712_19070 | Uncharacterized protein yweA/Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/42); new base G (3/2); total (46/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCCACGATGTCCTGATGATCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGATATGAACATATTGAGCTCCGATGCGGGTTGACTCAAGCGCTGTATAATAAGCGCCGATTCCGTTAATCAAGTACGCTTTATCAAGCTCTTTCTCGCATTGATCAACCGACG > CP006881/3701679‑3701946 | acCCACGATGTCCTGATGATCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGa < 1:268552/139‑1 (MQ=255) ccACGATGTCCTGATGATCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGATCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGaa > 8:59701/1‑138 (MQ=255) ccACGATGTCCTGATGATCGTGCTGTCTTATGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGATCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGGCTTCCCTATATGGCTGGGTTACTTTCCCATTGaa > 5:335519/1‑138 (MQ=255) cGATGTCCTGATGATCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACa > 2:177920/1‑139 (MQ=255) gATGTCCTGATGATCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATTTGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAAt > 3:353002/1‑135 (MQ=255) tCCTGATGATCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGt < 2:171984/138‑1 (MQ=255) cTGATGATCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTGTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTGCCCTATATGGCTGGGTTCGTTTCCCATTGAATACATAGTCCg > 2:231382/1‑139 (MQ=255) atgatCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATTGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCg > 3:100019/1‑136 (MQ=255) atgatCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTg < 5:164925/138‑1 (MQ=255) atgatCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTg < 1:373119/138‑1 (MQ=255) atgatCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGc > 5:164630/1‑139 (MQ=255) atgatCGTGCTGTCTTTTGTAGTTAATCGTTTCAGTTCTTCTCCGATCCTTTTTCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGATGTTATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTg < 6:335519/138‑1 (MQ=255) tgatCGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATTGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGt < 4:100019/136‑1 (MQ=255) cGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGata > 5:225497/1‑139 (MQ=255) cGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGata < 7:342940/139‑1 (MQ=255) cGTGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGata > 8:108428/1‑139 (MQ=255) tGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGatat > 2:33043/1‑138 (MQ=255) tGCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGatat > 8:69884/1‑138 (MQ=255) gCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGata > 3:271235/1‑136 (MQ=255) gCTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGGTCGTTTCCGATTGAATACTGAGTCCGTGCTGata > 3:41244/1‑136 (MQ=255) cTGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGATATGa < 5:350173/138‑1 (MQ=255) tGTCTTTTGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGGATACATAGTCCGTGCTGatat > 4:243634/1‑135 (MQ=255) ttGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAATTGGTTTTCGGTTCGAGGGGATCGTCTTCCCTTTATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGATATGACCATAtt < 1:303342/138‑1 (MQ=255) tGTCGTTAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGATATGAACATAtt > 7:321579/1‑137 (MQ=255) ttAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGGATACATAGTCCGTGCTGATATGa > 8:365502/1‑125 (MQ=255) ttAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGGATACATAGTCCGTGCTGATATGa < 7:365502/125‑1 (MQ=255) ttAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGATATGAAc > 2:198033/1‑127 (MQ=255) ttAATCGTATCAGTTCTTCTCCGAGCCTTTTGCTTTTGCCATAAATGGTTTTCGGATCGAGGGGATCGTCTTCCCTATATGGCTGGGTTCCTTTCCCATTGAATACATAGTCCGTGCTGATATGAAc < 1:198033/127‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |