Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 485,016 | A→T | 16.6% | intergenic (+42/‑106) | U712_02265 → / → U712_02270 | C4‑dicarboxylate transport protein/UPF0118 membrane protein ydbI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 485,016 | 0 | A | T | 16.6% | 141.6 / 4.6 | 56 | intergenic (+42/‑106) | U712_02265/U712_02270 | C4‑dicarboxylate transport protein/UPF0118 membrane protein ydbI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/42); new base T (8/2); total (12/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.34e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCACGATCATTGTTGCCAAAAGCGAAAATGAATTTGATGAAGCAAAAAGCATAGAGGCTGTTGAAGGCATGAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTGAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTAATTGTTTAAGAATTATTAAGGTAAGGACAGAGACCTCAGCATTTTTTTGTTATATAATTTACAAATGGATACTATATTGAATGAAGGACGTTTGTCCTAACAGGAGTGTATAAATGGCCGCTTTAGTTAAATTTTTTCAGCACCC > CP006881/484880‑485153 | ccaccaTCATTTTTGCCAAAAGCTAAAATTAATTTGATCAACCAAAAAGCATAGAGGCTTTTGAAGGAATCAAAAAAATGAAAACACCAGTCTCAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTAATTGTTTAAg < 3:63573/139‑1 (MQ=255) ccACGATCATTGTTGCCAAAAGCGAAAATGAATTTGATGAAGCAAAAAGCATAGAGGCTGTTGAAGGCATGAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTGAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTAATTGTTTAAg < 7:186498/139‑1 (MQ=255) cATTTTTGCCAAAAGCTAAAATGAATTTTATCAACAAAAAAGAAATGCGGCTGTTGAAGCCATAAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTCAAAAAAGCACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTAATTGTTTAAGAattatt < 8:320087/139‑1 (MQ=255) cATTGTTGCAAAAAGCGAAAAATAATTAGATGAAGCAACAAGCAACGAGCCTGTTGACGCCATCAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTGAAAAAAGACCGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTAATTGTTTAAGAattatt < 7:361138/139‑1 (MQ=255) 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agGCTGTTGAAGGCATGAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTGAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTTATTTTTTAAGTATTTTTTATGTAATGACAGAGACCTCAGCATTTTTTTTTTTTTTAAttttaa > 4:341842/1‑135 (MQ=255) agGCTGTTGAAGGCATGAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTGAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTAATTTTTTTAGAATTATTTATGTAAGGACACAGACCTCAGCATTTTTTTTTTatttaatttaaa > 4:347272/1‑136 (MQ=255) gTTGAAGGCATGAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTGAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTTAATGTTTTATAAATATATATGTAAAGACAAAGCACAAATCAAATTTTTTTTTTATAAATTAaaaaattg > 7:242341/1‑135 (MQ=255) gTTGAAGGCATGAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTGAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTGTTTTTTATTGTTTTATAATTTTTTATGTAATGACAGAGACCTCAGCAGTTTTTTTGTATTTTATTTTAAAAtata > 4:92822/1‑136 (MQ=255) ttGAAGGCATTAAAAAAATGAAAACAGCAGTCTGAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTAATTGTTTAAGAATTATTAAGGTAAGGACAGAGACCTCAGCATTTTTTTGTTATATAATTTACAAATGGAt < 3:72483/139‑1 (MQ=255) ttGAAGGCATGAAAAAACTCAAAACAGCATTCTTAAAAAAGAACGGCCCATCCATGGGCCGTTTTTTTAATTGTTTAAGAATTATTAAGGTAAGGACAGAGACCTCAGCATTTTTTTGTTATATAATTTACAAATGGAt < 4:312224/139‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |