Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 571,197 | C→A | 23.1% | intergenic (‑89/+83) | U712_02810 ← / ← U712_02815 | putative transporter YdgF/Protein dinB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 571,197 | 0 | C | A | 23.1% | 90.8 / 8.2 | 48 | intergenic (‑89/+83) | U712_02810/U712_02815 | putative transporter YdgF/Protein dinB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/7); new base A (2/9); total (31/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAA‑GGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAATCTGT > CP006881/571064‑571327 | cAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTaaaa < 7:165571/139‑1 (MQ=255) ttGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAA‑GGAt > 2:55722/1‑139 (MQ=255) ttGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCATCCATTTAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATTATTATTATAACACTAAAATTTCTATATTTTTTAATAAAAAA‑GGAt > 7:283364/1‑139 (MQ=255) gCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAA‑GTATtg > 2:325091/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) tATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAA‑GGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATATCCCGAAAAAAGCGGCACCATTTAGGGAGCCGCGTTTTTTATgtgttt > 2:191959/1‑133 (MQ=255) ttAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAA‑GGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTTTTGTTTTTAAtttt > 5:280781/1‑139 (MQ=255) ttattattattATAACAATAAATTTTATATCTTTTTTACTAAAAAA‑GGATTGATTAAAAGAATTTTATTGTTTTTTGGACTTTTACCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGttt < 7:202707/133‑1 (MQ=255) tAATGATTATTATAAAACTAAAATTTCTATCTTTTTTAAAAAAAAA‑GGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGAATATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGttt < 3:204801/138‑1 (MQ=255) ttattaTACAACTAAAATTTATATATTTTTTAATAAAAAT‑GTATTTATGAAAATATTTTTATTGTGATTTGGAATATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCa < 8:100479/138‑1 (MQ=255) ttattaTAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAA‑GGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGCGGTTTTTTTGTTTTTAAAGttttttaa > 4:114838/1‑135 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8:164081/139‑1 (MQ=255) aattttATATTTTTTTAAATAAAAAC‑TTTTTTATAAAAATATTTTTATTGTTTTTTGAAATATTACCCAAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGcc < 3:114838/136‑1 (MQ=255) aaaTTTCTATCTTTTTTACTAAAAAA‑GGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAACGCGGCTCCCTTTAGGGAGCCGC‑GGTTGTTTTGGTTTTGGGTTTTTGTCGTAAACACGTGGAGcc > 8:169700/1‑139 (MQ=255) aaaTTTATTTCTTTTTAAATAAAAAT‑GTTTTTATAAAAATAATTTTAATTTTATTTGAAATATTACCATAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGcc < 1:33708/139‑1 (MQ=255) aaaTTTATATCTTTTTAAATAAAAAA‑GGATTCATCAAAATAATTTTAATGTGATTTGGACAATTGCCCTAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGcc < 7:306723/139‑1 (MQ=255) ttattttttATAAAAAAA‑GTATTTATGAAAATAATTTTATTGTTTTTTGGAATTTTACCATAAAAAAGCGGCTCAATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAATc < 6:316325/135‑1 (MQ=255) tttttttAAAAAAAAATTGATTGAACAAAATATTTTTATTGTTATTTGCAATATTCCCCCAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAAt < 3:49473/135‑1 (MQ=255) ttttACTAAAAAA‑GGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTACCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAATCTGt < 8:303132/136‑1 (MQ=255) tttaACTAAAAAT‑GTATTCATCAAAATAATTTAAATGTGATTTGGCCTATTACCCCAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAATCTGt < 8:77128/136‑1 (MQ=255) | CAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAA‑GGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAATCTGT > CP006881/571064‑571327 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |