Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,062,972 | G→T | 6.8% | H298N (CAT→AAT) | U712_10210 ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase E1 component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,062,972 | 0 | G | T | 6.8% | 190.0 / 3.8 | 59 | H298N (CAT→AAT) | U712_10210 | 2‑oxoglutarate dehydrogenase E1 component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/28); new base T (2/2); total (29/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 |
TCGCGTTTCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGCACATGTGCCAAGACATTCA > CP006881/2062838‑2063109 | tCGCGTTTCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTAt < 5:346073/139‑1 (MQ=255) cgcgTTTCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGTTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTAtt > 8:295914/1‑139 (MQ=255) cgcgTTTCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTAt < 7:255614/138‑1 (MQ=255) gTTTCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGTTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGa < 7:295914/139‑1 (MQ=255) tttCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGAc < 6:36027/139‑1 (MQ=255) tCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGTAGCTCCCGATTCGCCGCCATATGGTTTTTGGCAt > 4:329698/1‑139 (MQ=255) tCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATTGt < 3:330893/130‑1 (MQ=255) tCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATTGt < 3:363871/130‑1 (MQ=255) tCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATTGt > 4:363871/1‑130 (MQ=255) tCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATTGt > 4:330893/1‑130 (MQ=255) ccGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGt < 4:18616/139‑1 (MQ=255) ctctTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGCCATCCCCCGTc > 2:146800/1‑137 (MQ=255) ctctTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGAGTTTGTTTCAGCGTCTTGCAGCTCCCGATTCGCCCCCATATGCTAGTGGCGATCCACCGTccg > 4:230530/1‑138 (MQ=255) gtgCTGCCTTCACCAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTCATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCTTCTTGAAGCTCCCGAGTCGCCCCCAAGTGGGATTTGACTTCCCCGGGccgtccgt > 8:205823/1‑139 (MQ=255) ctgcCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGc > 1:13905/1‑139 (MQ=255) ccgtCAACAATCGGATTGATAAATGCCAAGGGGCTCGGGTGGGTCGCTACCGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCCTCCGTAGCTg < 7:205823/135‑1 (MQ=255) ccTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTTGTTGACATCCCCCGTCCATCCGTCGCTGa > 8:276997/1‑139 (MQ=255) ccTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGGCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCt < 5:276134/137‑1 (MQ=255) ttCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATccc > 2:89170/1‑119 (MQ=255) ttCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATccc < 1:89170/119‑1 (MQ=255) caacaaTCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCCAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTCGCTGGTTc > 4:251795/1‑138 (MQ=255) aTCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATgg < 7:276997/139‑1 (MQ=255) aTCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGGTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATgg < 8:35335/139‑1 (MQ=255) tCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATg > 3:292153/1‑137 (MQ=255) tCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGa < 3:251795/139‑1 (MQ=255) ggATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGt < 4:144398/113‑1 (MQ=255) ggATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGt > 3:144398/1‑113 (MQ=255) aaaTTCCAAGTGGCTCGTGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGTTTTTGTTTCAGCGTCTGGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGa < 3:163642/138‑1 (MQ=255) aaGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACaa < 2:306734/139‑1 (MQ=255) aGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCACATGGTATTTGACCTCCCCCGGCCATCCGTCGCTGAGTCCACTGGATCCCTCAGACGGttc > 1:70597/1‑134 (MQ=255) cTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCtt > 3:106152/1‑139 (MQ=255) cTCGGGGTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTGGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGGCCGTGCGTAGCTGCTTCCAATGGATCCCGCTGACGGGACAAGagagt > 8:354499/1‑135 (MQ=255) tCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATgg < 7:261829/114‑1 (MQ=255) tCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATgg > 8:261829/1‑114 (MQ=255) aaCGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCt > 5:323897/1‑139 (MQ=255) aCGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTg < 2:13905/139‑1 (MQ=255) cgcTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCGCCCGTCCCTCCGTAGCTGATTCCAATGGAGCCCTCAGCCGGTACAAGAGGTTGGTGCGGCGCAGGCTGGatgtca > 8:79856/1‑131 (MQ=255) cgcTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATgg < 2:259478/89‑1 (MQ=255) cgcTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATgg > 1:259478/1‑89 (MQ=255) cgcTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCa > 4:218962/1‑136 (MQ=255) gATTTTGTTGCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCTCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGagaaga < 2:70597/139‑1 (MQ=255) cAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCAt < 4:292153/138‑1 (MQ=255) cAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCAt < 3:230530/138‑1 (MQ=255) aGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGCCATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTACAATGGATCACTCAGACGGTACAAGATCTGTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAATATGATTTCAttc > 5:19780/1‑137 (MQ=255) aGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCATTGGATCCCTCAGACGGTACAAGAGCTTTGTTCGGGGCTTGCTGGATTTCAGAGAATATGATTTCGTAc > 7:317335/1‑139 (MQ=255) aGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGAAGCTGATTCCAATGGATACCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGATTTCAGAGAAGATGATTACATAc > 1:356285/1‑139 (MQ=255) cccGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGcac < 3:218962/139‑1 (MQ=255) cccGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGca > 4:54020/1‑138 (MQ=255) cccGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGGTTGCCGAGca > 8:179553/1‑138 (MQ=255) ccGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGCCATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCTGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGcaca > 5:184579/1‑139 (MQ=255) ccGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGt > 3:192837/1‑86 (MQ=255) ccGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGt < 4:192837/86‑1 (MQ=255) gCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGCACATGTGCCa < 7:79856/139‑1 (MQ=255) gCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGCACATGTGCCa < 1:146800/139‑1 (MQ=255) gCCCCCAAAAGGTAGTTGACCTCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGCACATGTGCCa < 6:15976/139‑1 (MQ=255) cccccAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGa > 2:289360/1‑61 (MQ=255) cccccAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGa < 1:289360/61‑1 (MQ=255) aaTGGTATTTGACATCCGCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGCACATGTGCCAAGACAtt < 3:329698/139‑1 (MQ=255) tGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGAAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGCACATGTGCCAAGACATTCa < 3:328454/139‑1 (MQ=255) | TCGCGTTTCCTGTGCCGCTCTTGTGCTGCCTTCAACAATCGGATTGATAAATTCCAAGTGGCTCGGGTTGTTCGCTAACGTAATGCGCGCTGATTTTGTTTCAGCGTCTTGAAGCTCCCGATTCGCCCCCAAATGGTATTTGACATCCCCCGTCCATCCGTAGCTGATTCCAATGGATCCCTCAGACGGTACAAGATCTTTGTTCGGCGCATGCTGGAATTCAGAGAAGATGATTTCATACGGTTTGCCGAGCACATGTGCCAAGACATTCA > CP006881/2062838‑2063109 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |