| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,336,187 | T→C | 15.1% | H169R (CAT→CGT) | U712_11815 ← | Stage 0 sporulation protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,336,187 | 0 | T | C | 15.1% | 215.5 / 26.1 | 86 | H169R (CAT→CGT) | U712_11815 | Stage 0 sporulation protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/34); new base C (6/7); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTCTACACGGCTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTGGCGATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGGCGCACGATGCGTCACACTGCTGG > CP006881/2336053‑2336316 | tttCTACACGGCTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTTGCGATGTCCGGATAGACGACTTTTGTAATGCTGCCGACCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGAAACCCTTTAATATGGGc > 7:161601/1‑139 (MQ=255) cGGCTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTGGCGATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGc > 2:86845/1‑139 (MQ=255) gCTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTGGCGATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATACGGGCTGGGACGCCg < 8:312622/139‑1 (MQ=255) gCTTGCGGTAGTGTTTAATTTTTTGGCCATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATACGGGCTGGGAcctgt > 3:188728/1‑135 (MQ=255) cTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTTGCGATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGGGCTAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGa > 6:311116/1‑139 (MQ=255) cTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTGGCGATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGCGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGa > 3:21657/1‑139 (MQ=255) cTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTGGCGATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGGCGCCGa > 7:354370/1‑139 (MQ=255) cTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTGGCGATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGa > 6:89747/1‑139 (MQ=255) ttGCGGTTGTGTTTAATTTTTTGGGGATGTCCGGATATAGGACTTTTGTAAAGATGGCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGATATTTCTTCGGGCAGATAGATATAGCCTTTATAACGGGATGGGCCGCCGAt > 2:363231/1‑139 (MQ=255) ggTTGTGTTAAATTTTTTGGCGATGTCCGGATTGAGTACTTTTGTAATGCTGCCGATCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCa < 8:161601/139‑1 (MQ=255) 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aTTCGATGTCATTGTATAGCATTGCGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATTGCCTTTAATACGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGtcttct < 4:135995/139‑1 (MQ=255) aTTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGGGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct < 5:311116/139‑1 (MQ=255) aTTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct < 1:280634/139‑1 (MQ=255) aTTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct < 7:227758/139‑1 (MQ=255) aTTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct < 2:278334/139‑1 (MQ=255) aTTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct < 5:89747/139‑1 (MQ=255) 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ttGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATAc > 7:252721/1‑139 (MQ=255) ttGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATAc > 8:184960/1‑139 (MQ=255) ttGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCga > 7:151946/1‑139 (MQ=255) tGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct < 7:204962/117‑1 (MQ=255) tGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct > 8:204962/1‑117 (MQ=255) tGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCg > 1:342039/1‑120 (MQ=255) tGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCg < 2:342039/120‑1 (MQ=255) tGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCgat > 1:58013/1‑139 (MQ=255) tGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATACGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTataata > 4:273167/1‑127 (MQ=255) tGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATACGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTataata < 3:273167/127‑1 (MQ=255) agaTTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTataata > 7:173954/1‑125 (MQ=255) agaTTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTataata < 8:173954/125‑1 (MQ=255) agaTTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCgatga < 4:288294/139‑1 (MQ=255) agaTTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCGTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATAGTGCTTTGCgatga > 6:303611/1‑139 (MQ=255) agaTTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATACGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCgatga > 8:357649/1‑139 (MQ=255) tGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATACGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGgc > 3:12771/1‑139 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGt < 1:353864/76‑1 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGt > 2:353864/1‑76 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGtt < 1:262382/97‑1 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGtt > 2:262382/1‑97 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct > 8:282699/1‑110 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct < 7:282699/110‑1 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGgcg > 5:337747/1‑139 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGgcg > 2:356032/1‑139 (MQ=255) gCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATACGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGACATTTTTCTTGTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGATTTGCGATGATGgcg > 7:291915/1‑139 (MQ=255) 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1:174453/1‑73 (MQ=255) agCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGgctggctg < 3:357511/89‑1 (MQ=255) agCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGgctggctg > 4:357511/1‑89 (MQ=255) agCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCGTTGGTTCAGGCTGGCTGCGGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGGCGCACGATGCGTCACActgct > 7:91916/1‑139 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGtt < 2:193900/76‑1 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGtt > 1:193900/1‑76 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGgctggctg < 4:222485/87‑1 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGgctggctg > 3:222485/1‑87 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct < 6:229437/89‑1 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGgctgct > 5:229437/1‑89 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGGCGCACg < 4:28298/122‑1 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGGCGCACg > 3:28298/1‑122 (MQ=255) ccTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGGCGCACGATGCGTCACCCTGCTgg > 3:26054/1‑139 (MQ=255) tAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGGCGCACGATGCGTCACAct > 3:35562/1‑130 (MQ=255) tAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGGCGCACGATGCGTCACAct < 4:35562/130‑1 (MQ=255) | TTTCTACACGGCTTGCGGTTGTGTTAAATTTTTTGGCGATGTCCGGATAGAGGACTTTTGTAATGCTGCCGAGCAATTCGATGTCATTGTATACCATTGAGATTGCTTCGCGCAGATAGAGATAGCCTTTAATATGGGCTGGGACGCCGATTTCATGGATAATGCTTGTGATGCTCGCGTCGAGATTTTTCTTCTTTGGTTCAGGCTGGCTGCTGCGTATAATACTGCTTTGCGATGATGGCGCACGATGCGTCACACTGCTGG > CP006881/2336053‑2336316 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |