Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,309,155 | T→G | 18.3% | intergenic (‑48/+354) | U712_17015 ← / ← U712_17020 | putative amino acid permease YvbW/putative glycosylase yvbX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,309,155 | 0 | T | G | 18.3% | 78.2 / 2.5 | 59 | intergenic (‑48/+354) | U712_17015/U712_17020 | putative amino acid permease YvbW/putative glycosylase yvbX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/24); new base G (6/5); total (28/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTGCGCCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTAAAACATAGGGAATATTCA > CP006881/3309022‑3309289 | ccTGCGCCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCGTCGCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGGCGcct > 1:133200/1‑139 (MQ=255) cgcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTTTCGTTTTTCATCCTATTCTACATCTACTTCTCCTTTTAAAAAAAAAAAAAGACCTCCGGCGccgacca > 2:59266/1‑138 (MQ=255) cgcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTGCTGCTCTTCGACCTCTCCGTCTCGGTTTGAAAAACAAAAAAGCCCGCCGtctgcggcc > 5:266936/1‑132 (MQ=255) cgcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTGTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCGcctacc > 7:124246/1‑138 (MQ=255) cgcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAATCCCGCCGTCTcctacc > 7:219002/1‑138 (MQ=255) cgcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTcctacc < 1:22763/138‑1 (MQ=255) cgcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTcctacc < 1:2630/138‑1 (MQ=255) cgcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGGCTcctacc > 7:192892/1‑138 (MQ=255) cgcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGGTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTcctacc < 1:66167/138‑1 (MQ=255) gcCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTcctaccta < 8:219002/139‑1 (MQ=255) cGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACctaat < 5:41806/139‑1 (MQ=255) aTTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGtctc < 6:175763/128‑1 (MQ=255) aTTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCGTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGtctc > 5:175763/1‑128 (MQ=255) ggCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACctaatctaa < 7:77714/138‑1 (MQ=255) gCTCCGACAAGCGCCATCATCATAATATTGCGGGACGTCTTCGTGCTTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCTTCCTAATCTACCTCTACTTCTATATTTGAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACctaatctta < 5:151861/138‑3 (MQ=255) cgcCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCCCCGGCGCCCACCTAAACTAATAGATAAAaaga > 4:299227/1‑139 (MQ=255) cgcCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATACTCTTCTACCTCTCCTTAGCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCGCCTACCTAAACTAATAGATAAagag > 8:77714/1‑138 (MQ=255) atcaaaataattTGGCGGGACGTAATGGTGCTTTTTAACGTTTTATTGTCTTTTTTCATCCTCTACTACCTCTCATTCTCTTTTAAAAAAAAAAAAACCCCCGCCGTCTCCTACCTAATATAATATATAAAGAcacgac < 4:89446/133‑1 (MQ=255) agcaacatAATTTGGCGGGCGGTCATCGTGCTTTTAAACGTTTGTTTGTGTTTTTTCAACCTCTACAACCTCCACTTCTCTTTTAAAAAAACAAAAACCCCCGCCGTCTCCTACCTAATATAATAGAAAAAGCgacgac < 2:112275/134‑1 (MQ=255) aacataatAATATGGGGGTACGGCATCGGGCGTTTTCAGGTTTGATTGTCTTTTTGAATCCTCTACTACCGCTCTTCCGCGTTTTCAAAAACAAAAACGCCCGCCGGCTCCTACCTATACTAATCGATAAAGCcacgac < 6:177168/137‑1 (MQ=255) tcatcatAATGTGGCGGGACGTCGTCGTGGGTTTTAACGTTTGATTGTGGTTTTTGCTCCGGTGGTACCGCGCCGTGGGGTTTTGAAAAACAAAAAAGCCCGCCGGCGGCGACCGAATCTAATAGTTAAAGTGacgccg > 8:87572/1‑139 (MQ=255) tcatcatAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTGAAAAACAAAAAAGCCCCCCGTCGCCGACCTAAAGGAATATATAAATAGacgacg > 1:112275/1‑139 (MQ=255) tcatcatAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATATAAAATATAAATAGacgacg > 3:89446/1‑139 (MQ=255) tcatcatAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTAAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAgacgac > 7:48650/1‑138 (MQ=255) tGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCGCGTTTTCAAAAACAAAAACGCCCGCCGGCTCCTACCTAATCTAATAGATAACGACACGACGAGCCTTCGGCt < 5:147166/139‑1 (MQ=255) cGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAATCCCGCCGTCGACTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGCCGAGCCTTCGGCTgcc > 7:5756/1‑137 (MQ=255) cGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATATAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGAc > 6:254987/1‑139 (MQ=255) cGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCGCCTACCGAATCTAATAGATAAAGAGACGACCAGCCTTCGGccggt > 1:199875/1‑135 (MQ=255) cGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTAGGTTTCAAAAAAAAAAAAGCCCGCCGTCTCCGACCAAATCAAATAGATAAATAGAAGACGACCCTTAGGCTGAc > 7:287512/1‑139 (MQ=255) ggACGTCATCGTGCGTTTAAACTTTTGATTGGCGTTTTTCATCCTCTTAAACCTCTCATTCTCGTTTTCAAAAACAAAAACGCCCGCCGGCTCATACCAAATCAAAAATAAAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACcg < 7:305150/139‑1 (MQ=255) gACGTCATCGTGCGTTTTACCGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGCCGCGCCGTCGGCGGACcgc > 5:182572/1‑139 (MQ=255) tCGTGCTTTTTAACGTTTGATTGGCGTTTTTCATCCTCTTATACCTCTCCTTCTCTTTTTAAAAAAAAAAAACCCCCGCCGTCTCCTACATAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCa < 1:111571/139‑1 (MQ=255) gTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTGTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCAct < 3:242973/139‑1 (MQ=255) tttAACGTTTGATTGTCGTTTTTAATCCTCTTCTACCGCTCCTTCTCGGTTTAAAAAACAAAAAAGCCCGCCGGATCCAACCGAATCTAAAAGATAAATACACGACCAGCCTTCGGCGGACCGCGGGACCCCGCttgtt > 2:111571/1‑139 (MQ=255) acgtttttATTGCGGTTTTGCATCCTCTTCAACCTCCCCTTCTCTTTTAAAAAAAAAAAAACCCCCCCCGTCACAAACCTAATCAAATAGAAAAAGCCACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGAt < 2:133200/135‑1 (MQ=255) tttCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTAAAAAAAAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATAAAATAGATAAAGACACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATcc < 1:31001/138‑1 (MQ=255) agccTATTCAACCTCCCCTGCGCGTTTACAAAAACAAAACCCCCCGCCGTCCCCTCCCAAAACAAATAGAAAACGACACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCtt < 6:85436/137‑1 (MQ=255) atatACCGCTCCTTCGGGTTTACAAAAACAAAAAACCCCGCCGTCCCCTACCTAATCTAATAGATAAAGACACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGAcc < 8:124246/136‑1 (MQ=255) ctACCTCTCCTTCTCTTTTTCAAAAAAAAAAAAGCCCGCGGTCACCTACCTAATCTAATACATAAAGCGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGAc < 6:146790/136‑1 (MQ=255) ctcCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACg > 5:306742/1‑138 (MQ=255) ctcCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGAACTTTAACg > 7:180301/1‑138 (MQ=255) ctcCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCGCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGCCCGCGGTTCCCCACTTGATTATTCTTCATGAAGAATCCAGCTTTTTACCTGTAACg > 3:21851/1‑138 (MQ=255) tcCTTCTCGTTTAAAAAAACAAAAACGCCCGCCGGCTCCAACCTAATCAAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACg < 8:5756/137‑1 (MQ=255) ccTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACcg < 5:123468/83‑1 (MQ=255) ccTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACcg > 6:123468/1‑83 (MQ=255) ccTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAg > 8:294672/1‑139 (MQ=255) ccTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTAATTAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTTACGAAg > 1:259681/1‑139 (MQ=255) ccTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTATTCATGAAGAATACAGCTTTTGACCTGTAACGAAg > 3:138053/1‑139 (MQ=255) ccTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCGTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAg > 6:108788/1‑139 (MQ=255) ccTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCGCCTACCTAATCTAATAGAAAAAGAGACGACCAACCATCCGCTGACCCCGGTACCACTCTTTTTTATTCTTCATGAAGAAACCAGCGTATGACATGAAACCAAg > 3:129784/1‑139 (MQ=255) ccTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCACCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACCACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGGACCACGGTTGTTGATTTTTCATGTATCATCCGGCTTTTGGACTGTAACGAAg > 6:229169/1‑139 (MQ=255) ctcGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGGACCCCTCTTGTTGATTATTCATGAAGAATCCTTCTTTTGACCGGTTATGAATGttt > 2:228169/1‑138 (MQ=255) cactttttAAAAAAAAAACACGCCCCCCGTCTCCTACCAAAAAAAATAGAAAAACAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGAACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTa < 3:136124/135‑1 (MQ=255) caaaaacaaaacCGCCCGCCGGATCCTACCTAATATAATAGATAAAGCGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTa < 8:180301/138‑1 (MQ=255) aaaaaacaaaaacGCCCGCCGCCTCCTACCTAATATAATAGATAAAGACACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTaa < 6:287411/138‑1 (MQ=255) aaaaacaaaaacGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATACATAACGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTaa < 8:19655/138‑1 (MQ=255) acaaaaaCGCCCGCCGTCTCCTAACTAAAAAAAAACATAACGCCACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTAAAACAt < 3:253750/139‑1 (MQ=255) acaccccccccTTCTCCACCCTCACCAAATACAAAAAGCCACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGAATCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTAAAACATAggg < 6:266936/134‑1 (MQ=255) aaccccccccGACTCCAACCTAAACTAATACAAAACCCGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTAAAACATAGGGa < 3:299227/135‑1 (MQ=255) aaaGCCCGCCGTCTCCAACCTAATATAATACATAAAGCGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTAAAACATAGGGa < 5:254987/139‑1 (MQ=255) ccgccgTCTCCAAACTAATCTAATAGATAAAGACACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTAAAACATAGGGAATAtt < 2:259681/139‑1 (MQ=255) gcggTCACCTACATAATCAAATATAAAAAGACACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTAAAACATAGGGAATATTCa < 3:344741/136‑1 (MQ=255) | CCTGCGCCGATTGCTCCGCCCAGCGCCATCATCATAATATGGCGGGACGTCATCGTGCGTTTTAACGTTTGATTGTCGTTTTTCATCCTCTTCTACCTCTCCTTCTCGTTTTCAAAAACAAAAAAGCCCGCCGTCTCCTACCTAATCTAATAGATAAAGAGACGACGAGCCTTCGGCTGACCGCGGTACCACTCTTGTTGATTCTTCATGAAGAATCCTGCTTTTGACCTGTAACGAAGGTTAGCCGTTAAAACATAGGGAATATTCA > CP006881/3309022‑3309289 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |