| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 199,549 | A→G | 5.5% | N350D (AAC→GAC) | U712_00905 → | Phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 199,549 | 0 | A | G | 5.5% | 230.8 / 2.6 | 73 | N350D (AAC→GAC) | U712_00905 | Phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/28); new base G (2/2); total (43/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGTCGGCGACCGCTACGTAGTAGAAGCAATGAAAAAAGACGGCTACAACGTCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATCTTATTTTCCTTGATTACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCAGAGCTTGCAGCTGAAATGCAGAAGTTCCCGCAGCTGTTAGTCAATGTGAGAGTGACTGATAAATATAAAGTTGAAGAAAATGAAAAAGTAAAAGCAGTTATTT > CP006881/199414‑199684 | gCTGTCGGCGCCCGCTACGTAGTAGAAGCAATGAATAAAGACGGCTACAACGTCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATCTTATTTTCCTTGATTACAGCACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGAGATTAGGCTGATGAaca > 5:51267/1‑139 (MQ=255) cTGTCGGCGACCGCTACGTAGTAGAAGCAATGAAAAAAGACGGCTACAACGTCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATCTTATTTTCCTTGATTACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAacac > 8:233807/1‑139 (MQ=255) ccGCTACGTAGTAGAAGCAATGAAAAAAGACGGCTACAACGTCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATCTTATTTTCCTTGATTACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGc > 2:265178/1‑138 (MQ=255) gCAATGAAAAAAGACGGCTACAACGTCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATCTTATTTTCCTTGATTACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGt > 3:180194/1‑139 (MQ=255) aaacaaaaacCACGGCAACACCGGCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATATTATTTTCATTGATAACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCa < 5:325362/135‑1 (MQ=255) aTGAAAAAAGACGGCTACAACGTCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATCTTATTTTCCTTGATTACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGt > 3:165816/1‑136 (MQ=255) aTGAAAAAAGACGGCTACAACGTCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATCTTATTTTCCTTGATTACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGt > 7:251475/1‑136 (MQ=255) aTGAAAAAAGACGGCTACAACGTCGGCGGAGAGCAGTCAGGACATCTTATTTTCCTTGATTACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGt > 5:117215/1‑136 (MQ=255) taaataaaGACGTCTCCATCGGCGGCGGAGAGCTGTCTGGACATCATCTTTTACTTCATTAAAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCaga < 6:123769/134‑1 (MQ=255) aatcccaCGGCTACAAGGTGGGCGGATAGCATTCAGGACATATTTTTTTCCTTGATTACAACACGACAGGGGACGGATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCAGAGCt < 4:305763/133‑1 (MQ=255) 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ggATTATTGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCAGAGCTTGCAGCTGAAATGCAGAAGTTCCCGCAGCTGTTAGTCAATGTGAGAGTGACTGAt > 1:137560/1‑120 (MQ=255) attattGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCAGAGCTTGCAGCTGAAATGCAGAAGTTCCCGCAGCTGTTAGTCAATGTGAGAGTGACTGATAAATATAAAGTTGAAGAAAAt > 6:123125/1‑139 (MQ=255) tGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCAGAGCTTGCAGCTGAAATGCAGAAGTTCCCGCAGCTGTTAGTCAATGTGAGAGTGACTGATAAAtata > 8:246227/1‑120 (MQ=255) tGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCAGAGCTTGCAGCTGAAATGCAGAAGTTCCCGCAGCTGTTAGTCAATGTGAGAGTGACTGATAAAtata < 7:246227/120‑1 (MQ=255) tGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCAGAGCTTGCAGCTGAAATGCAGAAGTTCCCGCAGCTGTTAGTCAATGTGAGAGTGACTGATAAATATAAAGTTGAAGAAAATGata > 3:239895/1‑136 (MQ=255) tGTCTGCTATTATGCTGATGAACACTTTAAAAGCAACAGGCAAGCCGCTGTCAGAGCTTGCAGCTGAAATGCAGAAGTTCCCGCAGCTGTTAGTCAATGTGAGAGTGACTGATAAATATAAAGTTGAAGAAAATGaaa > 1:175644/1‑138 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |