| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 3,723,067 | 1 bp→AT | intergenic (‑181/‑120) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,723,066 | 1 | . | A | 89.8% | 282.6 / 22.6 | 88 | intergenic (‑180/‑121) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/6); new base A (32/47); total (35/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP006881 | 3,723,067 | 0 | G | T | 93.1% | 280.1 / 4.3 | 88 | intergenic (‑181/‑120) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (33/48); minor base A (2/4); total (35/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑G‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCAT > CP006881/3722935‑3723202 ||| cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGGTAATTTTATGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACACTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑A‑t‑t‑tttt < 2:54118/139‑1 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAg > 4:233187/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAg > 5:221343/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAg > 3:46556/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑A‑t‑t‑tttt > 5:277155/1‑128 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑A‑t‑t‑tttt < 6:277155/128‑1 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTTTTCAGATTAAGAATACGCTTTCAACATAAATCATGAGAGCGTTTTCCTCAAC‑‑A‑A‑TAT‑TTTTAGTTAAATAGt > 6:151499/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGt > 3:225003/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGt > 1:287162/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGt < 4:188448/139‑1 (MQ=255) caGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGtt > 1:129589/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGttt > 3:95147/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGttt > 3:285146/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGttt > 4:219464/1‑139 (MQ=255) cGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGAGTTTTCTTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGa > 1:32018/1‑139 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATa > 7:69213/1‑138 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTACGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATa > 2:190473/1‑138 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 6:261084/1‑137 (MQ=255) ttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat < 5:139087/138‑3 (MQ=255) tACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGAc > 4:193470/1‑138 (MQ=255) aTTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTc > 2:1804/1‑139 (MQ=255) tAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTa < 3:14145/138‑1 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACTAAAATTCGTaaaaatt > 3:123168/1‑136 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTAGTaaaaatt > 7:202924/1‑136 (MQ=255) tccTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 6:29393/137‑2 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTAT‑T‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa > 7:147265/1‑138 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 2:153044/138‑1 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 1:103652/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 6:9908/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 3:50891/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 7:220556/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 8:225495/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCACTCTTATTCAGATTAAGAATTCGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 3:33/138‑3 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 2:287162/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 6:35137/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 2:129589/139‑1 (MQ=255) ggacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 5:278844/137‑1 (MQ=255) acaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTaaa > 2:130891/1‑81 (MQ=255) acaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTaaa < 1:130891/81‑1 (MQ=255) acaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTcac > 8:68607/1‑138 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTCAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:262214/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACTAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:123168/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:261084/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:95147/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:221343/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:296676/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:260677/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:225003/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:242722/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:147415/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:284374/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:69213/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:202924/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:281535/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:269166/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:233187/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:75770/139‑1 (MQ=255) aTCCAGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:126896/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTCAGAATACGCTTTCATCATAAATCAGGATAGCGGTTTAGTCAAC‑‑T‑C‑T‑TGTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 8:241526/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTAT‑T‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 8:147265/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 7:170227/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 8:245594/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 7:127313/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTCCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 1:190473/138‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAACAGt < 1:82278/77‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAACAGt > 2:82278/1‑77 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTAGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 2:125864/139‑1 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca > 2:237916/1‑125 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 1:237916/125‑1 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCt < 3:219464/137‑1 (MQ=255) ttCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtata < 1:100102/139‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 3:17478/1‑139 (MQ=255) agaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:5045/120‑1 (MQ=255) agaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 2:5045/1‑120 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAAtt > 7:110734/1‑82 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAAtt < 8:110734/82‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 4:43271/119‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 3:43271/1‑119 (MQ=255) tcatcaTAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTATTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaag > 2:94456/1‑138 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaaga > 8:172421/1‑138 (MQ=255) aaaTCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAg > 1:137607/1‑138 (MQ=255) aGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAATATTCGTAAAAATTAATTGTGAATTACTTCACAATATCGTGGTATACTATTCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAAt > 4:217767/1‑139 (MQ=255) aGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 8:75840/1‑97 (MQ=255) aGCGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 7:75840/97‑1 (MQ=255) cGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATg > 1:206379/1‑138 (MQ=255) cGTTTTCGTCAAC‑‑TAT‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATg > 5:57910/1‑138 (MQ=255) gTCAAC‑‑T‑ATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTc < 3:104498/138‑1 (MQ=255) gTCAAC‑‑T‑ATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCa < 2:91306/139‑1 (MQ=255) aactatt‑t‑ttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAg < 4:17478/132‑1 (MQ=255) aactatt‑t‑ttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAg < 3:193470/132‑1 (MQ=255) actatt‑t‑ttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCa < 7:68607/134‑1 (MQ=255) ctatt‑t‑ttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCAt > 1:166619/5‑139 (MQ=255) ||| CGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑G‑T‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCAT > CP006881/3722935‑3723202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |