| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 3,869,891 | C→G | 18.2% | D79H (GAC→CAC) | U712_19940 ← | Deoxyribose‑phosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,869,891 | 0 | C | G | 18.2% | 117.9 / 6.0 | 61 | D79H (GAC→CAC) | U712_19940 | Deoxyribose‑phosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/27); new base G (8/2); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTTTGACAAGCGCTTTTCCGGCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGTCGGATTGACACATACTG > CP006881/3869755‑3870022 | aCTTTGACAAGCGCTTTTCCGGCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑Ctt < 7:359420/139‑1 (MQ=255)aCTTTGACAAGCGCGTTTCCGGCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑Ctt < 1:27073/139‑1 (MQ=255) tGACAAGCGCTTTTCCGGCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCGGTTTTAAATGGGGTGCttttt > 2:146420/1‑138 (MQ=255) gACAAGCGCTTTTCCGGCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCGTTTTAAATGGCGT‑GTTTTGtt > 6:321919/1‑139 (MQ=255) gcgcTTTTCCGGCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGaa < 1:279872/139‑1 (MQ=255) cGGCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGt < 1:272214/139‑1 (MQ=255) gCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGttt < 1:146420/139‑1 (MQ=255) gCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGttt < 1:211771/139‑1 (MQ=255) gCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGttt < 1:353085/139‑1 (MQ=255) gCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGttt < 5:287808/139‑1 (MQ=255) cAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGGAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGt < 5:117500/139‑1 (MQ=255) cAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGt < 1:108492/139‑1 (MQ=255) cAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGt < 7:45333/139‑1 (MQ=255) cAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGt < 6:286544/139‑1 (MQ=255) cAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGt < 4:68047/139‑1 (MQ=255) tCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCATGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCCCTTCAGTGGCGCCTTTTTAAATGGCGT‑CTTTTTTTTTGCAGGCGTTTGTTTACGTTGtta > 8:167292/1‑137 (MQ=255) ccACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCCCATCGTCTTCCTTGTCTGTTAAAGCGACAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGATATGTCGT‑CGTTTGTTTCGCACGCGTTTGTTTCAGTTGTagt > 6:143702/1‑137 (MQ=255) cgcgGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCGTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAAAGCGTTTGTTTGAGTTTTTTTGGCACCGAg > 4:197146/1‑139 (MQ=255) cgGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATTGCGT‑GTGTTTTTTCGCACGCGTTTGTTTGATGTGTATTTGGACCGAGCg > 3:247794/1‑139 (MQ=255) cgGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑GTTTTGTTTCGAACGCGTTTGTTTCAGGTGTATTGGCACCGAGCg > 8:60933/1‑139 (MQ=255) cgGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCg < 7:36213/139‑1 (MQ=255) cgGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGAGGCAATAATAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTATTTAAATGGCGT‑GGTTTTTTTGGTCAGCCTTTGTTTAAGTTTTTATTGCACCAAGCg > 6:1409/1‑139 (MQ=255) gATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTATAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCggg < 4:149096/139‑1 (MQ=255) gATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCggg < 8:62647/139‑1 (MQ=255) atCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTAAGTTTTATTTGCACCGCGCGGGAAg > 8:105165/1‑139 (MQ=255) aGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTTAAATGGCGG‑CTTTTTGTTGGGCCGCGTTTGTTTTAGTTTTATTGGCCCCCGGCGGGGCGCCg > 8:186001/1‑139 (MQ=255) ccaccaCATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGa < 7:105165/138‑1 (MQ=255) ccaccaCATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTAGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTTGCACCCAGCGGGAATCCGAttaa > 8:45539/1‑136 (MQ=255) ccaccaCATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCGTTTTAAATTGCGT‑GGTTTTTTTTGTACGCGTTTTTTTTGTTTTTTTTTGGACCCAGCCGGTAGCCCATGaa > 4:203045/1‑138 (MQ=255) caTCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGACGCCGATGACCGTACa < 7:356693/139‑1 (MQ=255) aTCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGG‑GTTTTTTTTTGCACGCTTTTTGTTAAGTTGTTGTTGCCCCCACCCCGCAGCCGCTGACCCTACa > 7:75427/1‑138 (MQ=255) tCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTGAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑t > 8:106376/1‑139 (MQ=255) tCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACAATATCCACTTCAGTGGCGACATTTGAAATTGCGT‑GGTTTGTTTAGAACCCTTTTGTTAGATATGTAATGGCAACCAGCGGGAAGCAGATGACCCGACAAACga > 2:116750/1‑138 (MQ=255) cTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCTGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑Tc < 5:321919/139‑1 (MQ=255) tCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTTTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATTAACGTACAAACG‑TCGa > 8:356693/1‑139 (MQ=255) ccTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑Tc < 7:45539/136‑1 (MQ=255) tCTTTTAAAGCGGCAAATTTAATGACCAAATCCACTGCTCTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑ATTTTGTTTCTAACGCTTTGGTTTCTGGTGTAGTGGCCCCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAg < 5:120685/139‑1 (MQ=255) gcTTTTAAAGCGGAAATATTAATGACCATATCCACTTCAGGGGCGCCTTTTTAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCTGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAg < 8:223647/138‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCGGAAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGG‑ATTTTTTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTTTTGCCACCGAGCGGGAAGCCTATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAg < 5:1409/138‑1 (MQ=255) tAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑Tc < 7:22358/126‑1 (MQ=255) tAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑Tc > 8:22358/1‑126 (MQ=255) tAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCAACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGTAAGATCTTGTTTAAGTTGTATTGTCACCCCGCCGGATTCCGAATTACGGACAAAAG‑TCGACACCAGTTccc > 2:44466/1‑139 (MQ=255) cGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCCGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGG‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGCGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAg < 3:271476/139‑1 (MQ=255) gCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGGTCCCGTAAGcc > 7:223647/1‑138 (MQ=255) attcccATATACAATTCAGTGGCGCCTTTGGATAGGGAGT‑CTTTTGTAGGTACCGCTTTTGTTTCTGTTGTCTTGCCCCCGCGCGGGACGCCCTTGACCGTACAACCG‑GCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTgcag < 2:177560/135‑1 (MQ=255) cATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGc > 7:366546/1‑139 (MQ=255) cATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGc > 8:205465/1‑139 (MQ=255) atCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAACTGGCGT‑GTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCTGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTc < 1:116750/138‑1 (MQ=255) atCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGt < 8:121152/111‑1 (MQ=255) atCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGt > 7:121152/1‑111 (MQ=255) ttCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CGTTTGTTTGGCACGCTTTTGTTTGAGTTGTTTTGGCACCGCGCGGGGCTCCGATGACCGTACAAACC‑GAGCCACCAGTTCCCGTAAGCGCTTTTTCAGCCAGCACCCCCCaa > 8:176265/1‑138 (MQ=255) tCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑GTTTTGTTTCGAAAGCGTTTGTTTGAGGTGTTTTGGCACCGAGCGGGGATCCGCAGACCGGTCAAACG‑TCGGCTGCAGTGGCCGTCAGCGCTGTTGCTGCCAGGGCCCCCCagg > 4:174142/1‑137 (MQ=255) aGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGTc > 1:218076/1‑139 (MQ=255) aGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CATTTGTTTCGAACGCATTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGCAAGCCGAAGACCGTACAAACG‑TCGCCACCAGTTCCCATAAGCTCTTTTGCAGCAACCTCCACCCATGTc > 7:44426/1‑139 (MQ=255) tGGCGCTTTTTTAATTGGGGT‑TTTTTTTTTGGAAGGCTTTTGTTTCTGTTGTTTTGGCACGTCGGGGTACGCCTATGACCGTAAAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGt < 6:49052/136‑1 (MQ=255) tGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTGAGTTGTATTTGCACCGCGCGGGTAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTGCCGTTAGCTCTTTTGCAGCAAGCAGCCCCCATGTCg > 4:338913/1‑138 (MQ=255) ggCGCCTTTTTAAATGGGGT‑TTTTTGTTTCCAACGCTTTTGTTTCTGTTGTTTTGGCACCGAGCGGTAAGCCGATGACCTTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGTCGGa < 1:245802/139‑1 (MQ=255) ggCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGTCGGa < 7:205465/139‑1 (MQ=255) ggCGCATTTTGAAATGGCGT‑GTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTGAGTTGTTTTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGTCGGa < 8:75427/139‑1 (MQ=255) gcgcCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCCCCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACGCTCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGTCGGa < 2:33133/139‑1 (MQ=255) aTGGCGT‑ATTTTGTTTCCACCGCTTTTGTTGCAGTTGTATTGGCACCGTGCGGTAAGCCGATAACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGTCGGATTGACACATACTg < 1:44466/139‑1 (MQ=255) | ACTTTGACAAGCGCTTTTCCGGCTACAGCTTCCACTACACCGCGGATATCAGCTTCCACCACATCGTCTTCCTTGTCTTTTAAAGCGGCAATATTAATGACCATATCCACTTCAGTGGCGCCTTTTGAAATGGCGT‑CTTTTGTTTCGAACGCTTTTGTTTCAGTTGTATTGGCACCGAGCGGGAAGCCGATGACCGTACAAACG‑TCGACTCCAGTTCCCTTAAGCTCTTTTGCAGCAAGCTCCACCCATGTCGGATTGACACATACTG > CP006881/3869755‑3870022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |