Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 52,751 | G→T | 48.5% | intergenic (+199/‑12) | U712_00220 → / → U712_00225 | Sporulation‑specific protease yabG/Protein veg |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 52,751 | 0 | G | T | 48.5% | ‑1.2 / 88.0 | 60 | intergenic (+199/‑12) | U712_00220/U712_00225 | Sporulation‑specific protease yabG/Protein veg |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/20); new base T (16/13); total (27/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.34e-01 |
ACCGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCTGAGACGTA > CP006881/52616‑52887 | aCCGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAATGTTGATATAATTAAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAgg > 5:176530/1‑139 (MQ=255) aCCGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTg < 1:149042/136‑1 (MQ=255) aCCGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTg > 2:149042/1‑136 (MQ=255) aCCGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAgg > 1:26705/1‑139 (MQ=255) aCCGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAg < 1:307389/138‑1 (MQ=255) ccGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGt < 8:254850/139‑1 (MQ=255) ccGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGt < 3:67263/139‑1 (MQ=255) ccGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGt < 2:67633/139‑1 (MQ=255) gCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCa < 5:315501/137‑1 (MQ=255) gCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCa < 5:121969/137‑1 (MQ=255) gCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCa < 7:148034/137‑1 (MQ=255) cGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATg > 1:48813/1‑139 (MQ=255) aaCATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCg < 1:132704/139‑1 (MQ=255) ttGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGt > 6:249151/1‑139 (MQ=255) aGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGAGGTTGt > 3:371561/1‑139 (MQ=255) aGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGt > 7:128936/1‑139 (MQ=255) ggAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTCTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCATTGGCGAAGACGTTGTc < 1:45469/139‑1 (MQ=255) gAATCATAGAATTTTGTCATAATAATTTTATTGACAACGTGTTATTAACGTGGATATAATTTAAATTTTATTTGACTAAAATGGGCTCGTGTTGTACAAAAATGGTAGTGAGGTGGATGGCAGGTCGAAGACGGGGTcc > 4:312188/1‑139 (MQ=255) gAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTcc < 6:224102/139‑1 (MQ=255) gAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTcc < 3:233742/139‑1 (MQ=255) aTCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGa < 6:174966/139‑1 (MQ=255) tCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGa > 1:323415/1‑138 (MQ=255) ttGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTaa > 6:126420/1‑134 (MQ=255) tGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTaa > 3:125274/1‑133 (MQ=255) ataatTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGAt < 1:66843/139‑1 (MQ=255) ataatTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGAt < 5:68163/139‑1 (MQ=255) ataatGTTATTGACAACGTCTTATAAACGTTGATATAATATAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGGACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGAt < 6:16687/139‑1 (MQ=255) aaCGTATTATTAAAGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTaa < 4:224412/139‑1 (MQ=255) ttattaACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCt < 5:126420/139‑1 (MQ=255) cGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTCGGTAAAAGGCTGACGtt > 8:141862/1‑138 (MQ=255) cGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGtt > 4:4374/1‑138 (MQ=255) atatAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAg > 1:367454/1‑138 (MQ=255) atatAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAg > 4:56263/1‑138 (MQ=255) tttAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACgg > 8:96632/1‑139 (MQ=255) tttAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACgg > 7:41251/1‑139 (MQ=255) aaTTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAACCGGTGgc > 7:149331/1‑139 (MQ=255) tATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTg > 4:298463/1‑113 (MQ=255) tATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTg < 3:298463/113‑1 (MQ=255) aTTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGAAGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGccgccg < 8:128936/138‑1 (MQ=255) cAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAAc > 4:67870/1‑138 (MQ=255) cTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGtt > 2:336120/1‑139 (MQ=255) gtgtTGTACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAACCGATTGAGCGTTCgg > 6:47395/1‑139 (MQ=255) tgttgtACAATAAATGTAGTTAGGTGGATGAAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGTAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCggg < 8:6644/139‑1 (MQ=255) tgttgtACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCggg < 4:125274/139‑1 (MQ=255) gtACAATAAATGTTGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCTGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCAt < 4:120008/138‑1 (MQ=255) tACAATAACTGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCGTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCAttt < 5:266929/139‑1 (MQ=255) aaTAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCTATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAg < 2:323415/139‑1 (MQ=255) tAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCt > 8:255917/1‑81 (MQ=255) tAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCt < 7:255917/81‑1 (MQ=255) tAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCt > 1:32823/1‑139 (MQ=255) tAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCt < 1:336120/139‑1 (MQ=255) tAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCt < 2:48813/139‑1 (MQ=255) tAAATGTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCt > 5:278167/1‑139 (MQ=255) tAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGGTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCt < 3:71019/139‑1 (MQ=255) tAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCt < 2:217926/139‑1 (MQ=255) tAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATGTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCt < 6:204595/139‑1 (MQ=255) gTAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCTGAGAc > 1:366655/1‑139 (MQ=255) gTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCTGAGAc > 6:219738/1‑139 (MQ=255) gTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCTGAGAc > 1:74474/1‑139 (MQ=255) tAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCTGAGAc < 2:326341/138‑1 (MQ=255) tAGTTAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCTGAGACg < 5:270831/139‑1 (MQ=255) tGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCTGAGACGTa < 4:328255/138‑1 (MQ=255) | ACCGAAACTTGCGGAACATAATTGAGGAATCATAGAATTTTGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAAATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTAGTGAGGTGGATGCAATGGCGAAGACGTTGTCCGATATTAAAAGATCGCTTGATGGGAATTTAGGTAAAAGGCTGACGTTAAAAGCAAACGGTGGCCGCCGAAAAACGATTGAGCGTTCGGGCATTTTAGCTGAGACGTA > CP006881/52616‑52887 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |