| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006881 | 3,905,575 | G→C | 14.9% | G90R (GGC→CGC) | U712_20135 → | Uncharacterized protein yxcD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,905,575 | 0 | G | C | 14.9% | 178.5 / 3.8 | 94 | G90R (GGC→CGC) | U712_20135 | Uncharacterized protein yxcD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/29); new base C (5/8); total (57/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAAGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGTTTTTCCTAAACTCAGCGGAT > CP006881/3905439‑3905711 | tGAAGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTTCAATTTTATAAGAAAAAAGGc > 4:77735/1‑139 (MQ=255) aaGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAATAAAAAAGGCtt > 4:173308/1‑139 (MQ=255) cTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGGTTATGTCAGATGAAATTTCAGAAGTCTTTATTCAGTTATTAGTGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTtctc < 5:103398/139‑1 (MQ=255) cTACATTTGCCCTGAACCACAAGCAGATTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGCACGTTACCGGCGTTTAATTGCAATTTGATAATAAAAAACGCTtctc < 1:368246/139‑1 (MQ=255) ggCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGGAATTTTATTATAAAAAACGCGTCTCCGCCTTgg > 1:245576/1‑139 (MQ=255) gCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAACGCTTCTCCGCCTTGGt > 6:156089/1‑139 (MQ=255) gCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAAATTTATAAGAAAAAAAGCTTCTCCGCCTTGGt > 6:271092/1‑139 (MQ=255) gCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAAATGCAATTTGATAAGAAAACAGGCTTCTCCGCCTTGGttttt > 2:79058/1‑139 (MQ=255) caccacAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAGCTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGCATTGCAATTTGATAAGATAAAAGGCTTCTACGCCGTGGTTTTTg > 1:132491/1‑139 (MQ=255) caccacAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGTTAAGAAAAAAGGCTTCGACGCCTTGGTTTTTg > 6:7420/1‑139 (MQ=255) acaAGCAGCTTATGGCAGATGAAATTTCATAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTAAATCCGGACGTTACCGGCGTTTAATTCAAATTTGATAACAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCaa < 6:86722/139‑1 (MQ=255) caAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACAACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTGGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTGTCCGCCTTGGTTTTTGTCAAc > 4:286088/1‑139 (MQ=255) cTTATTTCAGTTGAAATTTCAGAAGTCATTATTAAGTTCTTAGAGTAATACCACAACTTCAAACCGGACGTTACCTTCGTTGATTTTCATTTTTATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCag < 7:226665/139‑1 (MQ=255) ttttGTCAGATGAATTTTAACAAGTATTTATTCTGTTTTTAGTGTAATACCAAAACTTCAAACCGGAGGTTACGGTCGTTTATTTCCATTTTTTTATTAAAAATGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCag < 2:350457/135‑1 (MQ=255) ttATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTTATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTTGTTTTTGTCAACGAAGCag > 2:143084/1‑138 (MQ=255) ttATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAATGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCag > 2:211727/1‑138 (MQ=255) ttATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCag > 7:208897/1‑138 (MQ=255) ttATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCGCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCag > 3:75264/1‑138 (MQ=255) tgtaacaTGAAATTTCAGAAGCCATTATACAGTTCTTAGAGCAAAACAACAACTTCAATCCGTACGTTACCGTCGTTTAATTGCAATTTTAAAACAAAAAACGCTTCTCCGCCTTGGATTTTGTCAACGAAGCagaag < 2:35196/132‑1 (MQ=255) aTGACTTTTCCGTAGGAATTATTCCGTTCTTAGACCAAAACCACAACTTCAATCCGGCCGTTACCGGGGTTGAATTCAAATTTGAAAACAAAACCCGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATaaaa < 2:353814/139‑1 (MQ=255) aTGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTTAATTGCAATTTTAAAAGAAAAAACGCTTCTCCGCCATGGTTTTTGTAAAACAAGCAGAAGAATaaa > 6:275140/1‑138 (MQ=255) aTGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTTCAATTTGATAAGAAAAAATGCTTATACGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATaaa > 2:269769/1‑138 (MQ=255) aTGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGGAATTTGATAATAAAAAAGGCTTCTGCGCCTTGGGTTTTTTGAACGCAGAAGAAGAATaaa > 1:350457/1‑138 (MQ=255) aTGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATaaa > 3:341968/1‑138 (MQ=255) aTGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAACGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTTTCAACGAAGCAGAAGAATaaa > 1:9458/1‑138 (MQ=255) aTTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTc < 1:211727/139‑1 (MQ=255) aTTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTc < 3:28328/139‑1 (MQ=255) ttCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCtt > 3:286813/1‑139 (MQ=255) cAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTaa > 6:369906/1‑139 (MQ=255) aGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTTATAATAAAAAAAGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAAAGAAGCAGAATAATAAAAATTTCTTaa > 4:28328/1‑138 (MQ=255) gaagcaattattAAGTTCTTAGAGCAATACCAAAAATACAATCCGGACGTTACCGTGGTTTAATTCCAATTTTATAACAAAAACCGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATc < 1:250553/133‑1 (MQ=255) gAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTGGTTGAATTGCAATTTGATAATAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATc < 1:152129/139‑1 (MQ=255) gAAGGAATTTTTCATTTATTAGATTAATACCACAACTTACTTCCGGTCGTTACCGTGGTTTATTTGAATTTTCATAATAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATc < 5:275140/139‑1 (MQ=255) atgcgtttattCCGTTATTAGAGCAATACCACACCTTCAATCCGGAGTTTAGCGTCGTTGATATGCAATTTCATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATc < 3:254759/132‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |