Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 1,845,945 | T→C | 5.3% | intergenic (+76/‑259) | U712_09185 → / → U712_09190 | Uncharacterized protein ynaC/putative N‑acetyltransferase YnaD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 1,845,945 | 0 | T | C | 5.3% | 235.8 / 3.4 | 76 | intergenic (+76/‑259) | U712_09185/U712_09190 | Uncharacterized protein ynaC/putative N‑acetyltransferase YnaD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/33); new base C (2/2); total (41/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 |
AGCCAATACGAAGTTGAAATTTCACTTCTTAAAAAGCTTAATAAGGAATACCAATTAAATTAAACAATCTTGTTGGTAACAAACATCCTCTTACTTATTGTAAGAGGATGTTTGTTTAATTCTTACATATTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTCCATTGCTTGTTCACAGT > CP006881/1845807‑1846083 | aGCCAATACGAAGTTGAAATTTCACTTCTTAAAAAGCTTAATAAGGAATACCAATTAAATTAAACAATCTTGTTGGTAACAAACATCCTCTTACTTATTGTAAGAGGATGTTTGTTTAATTCTTACATATTTTATCttt > 4:157766/1‑139 (MQ=255) agAAGTTGAAATTTCACTTCTTAAAAAGCTTAATAATGAATACCAATTAAATTAAACAATCTTGTTGGTAACAAACATCCTCTTACTTATTGTAAGAGGATGTTTGTTTAATTCTTACATATTTTATCTTTGCAATCt < 6:161899/137‑1 (MQ=255) aGTTGAAATTTCACTTCTTAAAAAGCTTAATAAGGAATACCAATTAAATTAAACAATCTTGTTGGTAACAAACATCCTCTTACTTATTGTAAGAGGATGTTTGTTTAATTCTTACATATTTTATCTTTGCAATCTGGCt > 5:23838/1‑139 (MQ=255) aGTTGAAATTTCACTTCTTAAAAAGCTTAATAAGGAATACCAATTAAATTAAACAATCTTGTTGGTAACAAACATCCTCTTACTTATTGTAAGAGGATGTTTGTTTAATTCTTACATATTTTATCTTTGCAATCTGGCt > 4:166973/1‑139 (MQ=255) 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tgtttgttTAATTCTTACATATTTTATCTTCGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCagag < 7:79089/118‑1 (MQ=255) tgtttgttTAATTCTTACATATTTTATCTTCGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCagag > 8:73172/1‑118 (MQ=255) tgtttgttTAATTCTTACATATTTTATCTTCGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCagag > 8:79089/1‑118 (MQ=255) tttgtttAATTCTTACATATTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACTGTAAATCATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGga < 6:132294/139‑1 (MQ=255) tttgtttAATTCTTACATATTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTgag < 7:47321/139‑3 (MQ=255) tttgtttAATTCTTACATATTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGga < 1:73127/139‑1 (MQ=255) 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aCATATTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTcc < 8:176220/137‑1 (MQ=255) aCATATTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTCCAt > 3:317148/1‑139 (MQ=255) atatTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTCCATTg < 6:95501/139‑1 (MQ=255) atatTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTCCATTg < 5:37934/139‑1 (MQ=255) tatTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCAAATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTCCATTGc < 8:334857/139‑1 (MQ=255) tCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTCCATTGCTTGTTca > 3:237800/1‑139 (MQ=255) tGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTCCATTGCTTGTTCAcagt > 2:118187/1‑139 (MQ=255) | AGCCAATACGAAGTTGAAATTTCACTTCTTAAAAAGCTTAATAAGGAATACCAATTAAATTAAACAATCTTGTTGGTAACAAACATCCTCTTACTTATTGTAAGAGGATGTTTGTTTAATTCTTACATATTTTATCTTTGCAATCTGGCTTACGAGTTGCATCCACAGTAAATGATCTTACTTCGTCTTTAGTTTTGTCATAAATTCCCCATATTACCCCTCAGAGAAGGATAGGGGGATTATTTTGGAGAATCATATTCCATTGCTTGTTCACAGT > CP006881/1845807‑1846083 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |