| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,241,604 | G→A | 6.5% | H266Y (CAT→TAT) | U712_11265 ← | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase dacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,241,604 | 0 | G | A | 6.5% | 196.3 / 3.1 | 62 | H266Y (CAT→TAT) | U712_11265 | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase dacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/31); new base A (2/2); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
TTAATTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGCCGTAGAGACCAGTGTCCGTTTTGCAAGTTTTGTATAGCCTGTTTT > CP006881/2241468‑2241742 | ttAATTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCt < 7:235057/139‑1 (MQ=255)ttAATTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCt < 1:71490/139‑1 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGCTTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTGTGGAATATCACC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCa > 2:249290/1‑138 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCaa > 2:68012/1‑139 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCa > 8:124849/1‑138 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCa > 8:127049/1‑138 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCa > 6:338622/1‑138 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCa > 2:276919/1‑138 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCa > 2:217493/1‑138 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCa > 8:236004/1‑138 (MQ=255) aTTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGAGTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAAGGCTCa > 6:51870/1‑138 (MQ=255) tttttACATTTTCTTTTTCCTCTTAGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCaaa < 5:212867/139‑1 (MQ=255) ttttACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCaaa > 7:79314/1‑138 (MQ=255) ttACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAaca < 1:315423/138‑1 (MQ=255) tACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAacac < 1:217493/138‑1 (MQ=255) tACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAAcaca > 2:205152/1‑139 (MQ=255) tACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAAcaca > 2:224345/1‑139 (MQ=255) tACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAAcaca > 6:351393/1‑139 (MQ=255) tACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCATTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCTAAcaca > 7:329986/1‑139 (MQ=255) aCATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAAcaca < 4:73940/138‑1 (MQ=255) aCATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAAcaca < 1:295540/138‑1 (MQ=255) tCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTa > 8:230840/1‑138 (MQ=255) tCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATGAATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAAGATCCCC‑TTTTTTTGAAATTAAAGAGGTTTGATAATTCTCAACCACATAGTTa > 6:221646/1‑138 (MQ=255) tttCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCTATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTaaa < 5:338622/136‑1 (MQ=255) tttCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTaaa < 3:289542/136‑1 (MQ=255) tttCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACa < 8:79314/138‑1 (MQ=255) ttCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACAt < 6:336400/138‑1 (MQ=255) gTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGt < 7:236004/139‑1 (MQ=255) gTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGt < 1:224345/139‑1 (MQ=255) gTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGt < 5:351393/139‑1 (MQ=255) gTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGt < 1:276919/139‑1 (MQ=255) aaaTAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATccc < 1:134411/139‑1 (MQ=255) aaaTAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATccc < 2:262208/139‑1 (MQ=255) aaTAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCa < 7:127049/139‑1 (MQ=255) ggTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCa > 3:126838/1‑139 (MQ=255) tGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCAtt < 4:126838/139‑1 (MQ=255) tGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCAtt < 7:124849/139‑1 (MQ=255) atatCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTa < 3:214909/138‑1 (MQ=255) atatCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAg > 5:180607/1‑139 (MQ=255) tatCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGAGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAgg < 1:316860/139‑1 (MQ=255) tCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCCTTTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAgg < 3:73514/138‑1 (MQ=255) aTAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATgg > 1:71985/1‑139 (MQ=255) cGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTAt < 7:134264/138‑1 (MQ=255) aTGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGcc < 1:205152/139‑1 (MQ=255) tgtgCCTTTCAGCTTTGGAATATACCC‑TTTTTTTTCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATCTGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGcct < 1:229109/139‑2 (MQ=255) gtgCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCTTCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGt > 6:53282/1‑139 (MQ=255) ccTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAATACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCt > 3:210738/1‑139 (MQ=255) ccTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGACAATGCCGTCCt > 4:31654/1‑139 (MQ=255) tCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAATACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTg < 4:210738/138‑1 (MQ=255) aGCTTTGGAATATCCAC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGGCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAg < 7:323636/139‑1 (MQ=255) ggAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATg < 4:319830/120‑1 (MQ=255) ggAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATg > 3:319830/1‑120 (MQ=255) tCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGcc > 5:304467/1‑129 (MQ=255) tCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGcc < 6:304467/129‑1 (MQ=255) tCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATACTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAggg < 7:181978/84‑1 (MQ=255) tCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATACTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAggg < 7:176898/84‑1 (MQ=255) tCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATACTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAggg > 8:176898/1‑84 (MQ=255) tCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATACTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAggg > 8:181978/1‑84 (MQ=255) cc‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGCCGTAGAGACCAgtg > 1:82058/1‑139 (MQ=255) cAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGCCGTAGAGACCAGTGTCCGTTTTGc < 7:230840/139‑1 (MQ=255) gTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGCCGTAGAGACCAGTGTCCGTTTTGCAAGTTTTGtat > 3:52899/1‑139 (MQ=255) ttGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCGTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGCCGTATAGACCAGTGTCAGTTGTGCAAGTATTGtatat > 3:323994/1‑138 (MQ=255) gCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCATACATAAGGGTCATTAATGCTCACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTCAAGCCTTACAGACAAGAGTCCGTGTTGCAAGTTATGTATAGCCTGtgtt > 5:12874/1‑139 (MQ=255) gCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGCCGTAGAGCCCAGTGTCCGTTTTGCAAGTTTTGTATCGCCTGtttt > 8:31508/1‑139 (MQ=255) | TTAATTTTTACATTTTCTTTTTCCTCTTCGGTCAGCAAATAGGTGATATCACGTTTGATAAAAGCCTTCGATTCATAAAATGTGCCTTTCAGCTTTGGAATATCCCC‑TTTTTTTGCAATTAAATAGGTTTGATAATGCTCAAACACATAGTTAAACATCTTCATATGGTCATCCCAATCATTAGGGTCATTAATGGTGACGGCTATCAGGTCAATGCCGTCCTTTGAAGCCGTAGAGACCAGTGTCCGTTTTGCAAGTTTTGTATAGCCTGTTTT > CP006881/2241468‑2241742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |