Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,632,433 | T→A | 7.8% | K17N (AAA→AAT) | U712_13555 ← | Hypothetical Protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,632,433 | 0 | T | A | 7.8% | 170.5 / 3.3 | 60 | K17N (AAA→AAT) | U712_13555 | Hypothetical Protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/29); new base A (3/2); total (29/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGGCTGATCCATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATCACAGACGATTTT > CP006881/2632302‑2632571 | aTGGCTGATCCATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGa < 5:91464/139‑1 (MQ=255) tGGCTGATCCATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGa > 4:188461/1‑138 (MQ=255) ggCTGATCCATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTG‑AAGTCCTCTTTACCGaag < 1:48837/138‑2 (MQ=255) cTGATCCATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCGCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTTAATCTTGTAAGTCCTCATTACCGAATg > 8:339697/1‑138 (MQ=255) gATCCATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCGCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAAGCGTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGaa > 1:363509/1‑138 (MQ=255) aTCCATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGaaaa < 6:213678/139‑1 (MQ=255) cATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCTCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAaga < 3:188461/138‑1 (MQ=255) cATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAaga < 2:311390/138‑1 (MQ=255) cTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACg < 6:97958/139‑1 (MQ=255) cTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACg > 1:68633/1‑139 (MQ=255) aGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCGCAAAt < 3:51668/139‑1 (MQ=255) cAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCaaa > 5:100097/1‑138 (MQ=255) cAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCaaa > 4:253621/1‑138 (MQ=255) tGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGt > 1:116391/1‑139 (MQ=255) ccGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGtt < 1:220951/138‑1 (MQ=255) ccGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGtt < 7:201945/138‑1 (MQ=255) ttGCATCTCTACTTTGTGTTGAACCCTCTCTCATCAGGTGGGTGCACTATTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATTAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCTGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGt < 8:285650/139‑1 (MQ=255) tCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACt < 1:108171/137‑1 (MQ=255) tCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACt < 3:51331/137‑1 (MQ=255) tCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACt < 2:304095/137‑1 (MQ=255) tGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGgtgt < 8:219659/138‑1 (MQ=255) tGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGgtgt < 2:68633/138‑1 (MQ=255) tGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGgtg < 6:289297/137‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCTCAGCAGGTTGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTaa < 7:339697/139‑1 (MQ=255) gCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACAt < 8:254246/139‑1 (MQ=255) gCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACAt < 1:203552/139‑1 (MQ=255) gCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACAt < 2:116391/139‑1 (MQ=255) gCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACAt > 3:57906/1‑139 (MQ=255) agcagGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGa < 3:253621/138‑1 (MQ=255) agcagGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGa < 1:142489/138‑1 (MQ=255) tgCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAAc > 5:7590/1‑139 (MQ=255) tgCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAAc > 3:67051/1‑139 (MQ=255) ctctTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGt < 1:153822/139‑1 (MQ=255) ctTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATTTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTc > 1:354275/1‑138 (MQ=255) ttttAAATCTTGTAAGTCCTCATTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACt > 4:275778/1‑97 (MQ=255) ttttAAATCTTGTAAGTCCTCATTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACt > 4:270743/1‑97 (MQ=255) ttttAAATCTTGTAAGTCCTCATTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACt < 3:270743/97‑1 (MQ=255) ttttAAATCTTGTAAGTCCTCATTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACt < 3:275778/97‑1 (MQ=255) aaTCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACg < 4:46808/43‑1 (MQ=255) aaTCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACg > 3:46808/1‑43 (MQ=255) tCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCata > 2:18860/1‑139 (MQ=255) tCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCata > 6:316504/1‑139 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACTCCATTTAAAAATCCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAAAACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATca > 5:296371/1‑139 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAATACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATca > 2:29207/1‑139 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAg < 8:261745/89‑1 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAg > 7:261745/1‑89 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGa < 4:255101/111‑1 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGa > 3:104598/1‑111 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGa < 4:104598/111‑1 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGa > 3:255101/1‑111 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATc < 2:343989/133‑1 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATc > 1:343989/1‑133 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATca > 3:24891/1‑139 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATca > 7:9795/1‑139 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATca > 7:346675/1‑139 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATca > 5:277718/1‑139 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATca > 3:272447/1‑139 (MQ=255) tGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATc > 7:68122/1‑138 (MQ=255) gTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATca > 5:4473/1‑138 (MQ=255) aGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATCACAGa < 6:209288/139‑1 (MQ=255) tttACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATCACAGACgatttt > 3:275290/1‑139 (MQ=255) | ATGGCTGATCCATGAGCAGCTGTTTTTTCTGCGCACAAAAAATAAAGTCCCAATAGTGCCGTTGCAGCTTTCCTTTGTTTTGAACCCGCTCTCAGCAGGTGGGTGCCCTCTTTTAAATCTTGTAAGTCCTCTTTACCGAATGAAAAGAGGCATGTACGCCATTTAAAAATGCGGGCTCCCAAATCAAAAAAATGTTCGGTCAAAACTAGGTGTACAACTAACACATCAGGACTTTATTTAACTTGTCAAAATCATATCACAGACGATTTT > CP006881/2632302‑2632571 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |