Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,593,713 | G→A | 7.0% | T160M (ACG→ATG) | U712_18490 ← | Uncharacterized protein ywmC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,593,713 | 0 | G | A | 7.0% | 184.2 / 3.2 | 57 | T160M (ACG→ATG) | U712_18490 | Uncharacterized protein ywmC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/21); new base A (2/2); total (34/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 |
TTCACCGCCGCCTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCGTCCAGCCAGTCGGCCCAATTGTATTGAGAGAATTGAGG > CP006881/3593580‑3593850 | ttCACCGCCGCCTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTcc > 1:94642/1‑139 (MQ=255) ttCACCGCCGCCTACTTTAGCAATTGCGTTAAGCTGGCCTTTGTATCCCTATTTATTATAAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTTTCTTTTTGCAGTTTATTTGCTGTTTTAATAGGGTTTCCTCCGCACGttta > 6:242803/1‑137 (MQ=255) aCCGCCGCCTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCGTTGTATCCCTCGTTATAATAAAAGCCGCTCCCATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTTCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTGTccgga > 6:54675/1‑136 (MQ=255) ccgccgCCTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCAc < 6:100388/139‑1 (MQ=255) ccgccgCCTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCAc < 3:49718/139‑1 (MQ=255) cgccgcCTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCAcc > 5:116569/1‑139 (MQ=255) cgccTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGt > 4:65114/1‑138 (MQ=255) cgccTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTc > 3:271958/1‑139 (MQ=255) cgccTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTATTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTc > 5:159025/1‑139 (MQ=255) tttCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCaa > 7:218445/1‑138 (MQ=255) tCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAAc < 3:65114/137‑1 (MQ=255) tCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTAGCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCGTTTTGCAGTTTCTTTGCTGGTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAAc < 1:231915/137‑1 (MQ=255) cAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATa > 7:366435/1‑139 (MQ=255) gCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCt > 3:297629/1‑139 (MQ=255) ccTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCtt < 8:366435/139‑1 (MQ=255) ccTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCtt < 4:271958/139‑1 (MQ=255) cTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCttt < 5:242803/139‑1 (MQ=255) tGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCtt > 3:298994/1‑135 (MQ=255) tGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCtt < 4:298994/135‑1 (MQ=255) tGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACATTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTg > 4:61936/1‑138 (MQ=255) tGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACATTTCCTCACCGTATGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTg > 4:67232/1‑138 (MQ=255) cccTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATAcacca > 8:203045/1‑118 (MQ=255) cccTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATAcacca < 7:203045/118‑1 (MQ=255) ctctTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTATGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGc < 6:343601/139‑1 (MQ=255) ctTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTT‑CCCTTTTGCATCAAGCTgg > 6:10286/1‑139 (MQ=255) tataATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACATTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGt < 3:61936/138‑1 (MQ=255) tataATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACATTTCCTCACCGTATGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGt < 3:67232/138‑1 (MQ=255) tCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAg > 7:125988/1‑128 (MQ=255) tCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAg < 8:125988/128‑1 (MQ=255) tCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCaa > 1:335428/1‑136 (MQ=255) aaGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGt < 2:65804/85‑1 (MQ=255) aaGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGt > 1:65804/1‑85 (MQ=255) aaGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAaag > 3:315454/1‑136 (MQ=255) aaGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAaag > 8:292454/1‑136 (MQ=255) aaGCCGATCACATAATCAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTATGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGATTCCTCACAGTCTGACAACAGATACACAACTTTTTCCCCTTTTGCATAAAGCTGTACAAaag > 5:315307/1‑136 (MQ=255) aTCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCAc < 4:32052/76‑1 (MQ=255) aTCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCAc > 3:32052/1‑76 (MQ=255) aTCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATAcacc < 2:122112/96‑1 (MQ=255) aTCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATAcacc > 1:122112/1‑96 (MQ=255) acaTTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGcc < 8:110315/138‑1 (MQ=255) tAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGtt > 8:219533/1‑139 (MQ=255) tGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAgcgc > 1:164682/1‑139 (MQ=255) gATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCAGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTTACAACAGATACACCACTATTTCACCTTATTCATCAAGATGTTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTAAGCGCt > 5:35866/1‑139 (MQ=255) atatTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCtt > 7:136896/1‑94 (MQ=255) atatTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCtt < 8:136896/94‑1 (MQ=255) atatTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCtt > 7:330868/1‑139 (MQ=255) atatTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCtt > 7:184124/1‑139 (MQ=255) atatTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCtt > 8:113129/1‑139 (MQ=255) tCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCaa > 1:52864/1‑139 (MQ=255) ttGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGc > 7:65080/1‑139 (MQ=255) gCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCg < 7:292616/138‑1 (MQ=255) cTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCGTCCAGCCAGTCgg < 7:219533/139‑1 (MQ=255) cTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCGTCCAGCCAGTCgg < 2:52864/139‑1 (MQ=255) gTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCGTCCAGCCAGTCGGCCCAATTGTAtt > 7:2425/1‑138 (MQ=255) gTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCGTCCAGCCAGTCGGCCCAATTGTATTg > 5:28166/1‑139 (MQ=255) cGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCGTCCAGCCAGTCGGCCCAATTGTATTGAGAGAATTGAgg < 6:116569/139‑1 (MQ=255) cGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCGTCCAGCCAGTCGGCCCAATTGTATTGAGAGAATTGAgg < 8:2425/139‑1 (MQ=255) | TTCACCGCCGCCTACTTTCGCAATTGCGTTCAGCTGGCCTTTGTATCCCTCTTTATAATCAAAGCCGATCACATTAACAGTGATATTGTCTTTTTGCAGTTTCTTTGCTGTTTTAATCGGGTTTCCTCCGCACGTTTCCTCACCGTCTGTCAACAGATACACCACTTTTTCCCCTTTTGCATCAAGCTGGTCAAAAGAAGATTTCGCCTCGTTCAGCGCTTTGGCAATTGGCGTCCAGCCAGTCGGCCCAATTGTATTGAGAGAATTGAGG > CP006881/3593580‑3593850 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |