| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 3,723,130 | A→T | 100% | intergenic (‑244/‑57) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,723,130 | 0 | A | T | 100.0% | 294.7 / NA | 84 | intergenic (‑244/‑57) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (34/50); total (34/50) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTC‑AACT‑GT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCATTGCAAAAAGTTGAACAGTACGCTTTGAACAAACTAAACATATTTGTTTCTAGCAAAATCCG > CP006881/3722999‑3723263 | tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 1:100256/139‑1 (MQ=255)tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 8:59914/139‑1 (MQ=255)tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTATCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 3:248125/139‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTTAAATACTTca > 6:208082/1‑138 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:155877/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:361331/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:332659/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:334749/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:75550/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:46916/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:305723/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:145371/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:31394/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:180841/139‑1 (MQ=255) tCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 4:46916/1‑138 (MQ=255) gatcGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:230832/135‑1 (MQ=255) cccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 3:33845/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 5:206544/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 1:314404/138‑1 (MQ=255) gcatATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 3:260179/136‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 4:532/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 7:241473/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 5:120119/139‑1 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 4:295511/138‑1 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 3:295511/1‑138 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 6:224347/1‑139 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 3:130690/1‑139 (MQ=255) gtATTCAGATTAAGAATTCGCTTTCATCATATATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACTAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCt < 2:244993/138‑1 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:7728/130‑1 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 6:7728/1‑130 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGGTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGGGAAATACTTCACAATATCGTGCt < 5:345696/137‑1 (MQ=255) ttCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAAATCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtata < 5:84967/139‑1 (MQ=255) tCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATAc > 1:277582/1‑139 (MQ=255) 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aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:97727/124‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 6:97727/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 2:61755/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 2:293776/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATAATGATAGCGTTTTCTTCAAAAA‑TT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAAATATTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCAAAATATAGTCATATAcatg > 2:230832/1‑135 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 5:85567/1‑114 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:85567/114‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 8:7870/119‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 7:7870/1‑119 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 6:362331/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 5:302804/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 7:81830/1‑138 (MQ=255) tttCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaa > 6:135376/1‑139 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaaga > 5:118709/1‑138 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaaga > 2:357703/1‑138 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAATTTGATATTACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTAAATCATGaaaga > 1:186407/1‑138 (MQ=255) aaTCATGATAGCGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGa < 5:37150/139‑1 (MQ=255) cGTTTTCGTC‑AACTATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATg > 5:210853/1‑138 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catgtAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGaaa > 1:34018/5‑137 (MQ=255) tAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGAAAAAAc > 6:227038/1‑138 (MQ=255) tAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGAAAAAAc > 2:230742/1‑138 (MQ=255) tAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGAAAAAAc > 2:222884/1‑138 (MQ=255) tAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTAGACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGAATaacca > 2:352695/1‑136 (MQ=255) gACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGAAAAAACaaa < 6:210853/139‑1 (MQ=255) 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ttGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGAAAAAACAAAACATATTCGCTTCAAGCAAAAt < 1:222884/139‑1 (MQ=255) ttGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGAAAAAACAAAACATATTCGCTTCAAGCAAAAt < 5:227038/139‑1 (MQ=255) tgAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGCTTTGAAAAAACAAAACATATTCGCTTCAAGCAAAATCCg < 1:357703/139‑1 (MQ=255) | TCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTC‑AACT‑GT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCATTGCAAAAAGTTGAACAGTACGCTTTGAACAAACTAAACATATTTGTTTCTAGCAAAATCCG > CP006881/3722999‑3723263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |