Predicted mutation | ||||||
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RA | CP006881 | 3,723,045 | T→C | intergenic (‑159/‑142) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,723,045 | 0 | T | C | 99.2% | 491.9 / NA | 133 | intergenic (‑159/‑142) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (51/81); minor base A (1/0); total (52/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
AACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAA > CP006881/3722909‑3723172 | aaCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCAt > 3:177135/1‑139 (MQ=255) aCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCAt > 2:354834/1‑138 (MQ=255) aCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCAt > 5:24280/1‑138 (MQ=255) cAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGa < 3:335030/139‑1 (MQ=255) cAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGa < 2:136393/139‑1 (MQ=255) aaaaGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAg > 2:137079/1‑139 (MQ=255) ccTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGtttt > 6:71411/1‑139 (MQ=255) aaaTTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGt > 5:297290/1‑138 (MQ=255) aaTTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCa < 6:24280/139‑1 (MQ=255) cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑Attttt‑t < 4:80316/139‑1 (MQ=255) 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tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACTCTTTCATCATACATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 6:286548/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 8:276100/139‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTATACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 6:210683/138‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 6:334361/138‑1 (MQ=255) acaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTcaca < 2:280049/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGACTACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:363742/139‑1 (MQ=255) 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catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaaga > 7:88632/1‑138 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaaga > 1:324490/1‑138 (MQ=255) atcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaagaa < 4:209075/138‑1 (MQ=255) tAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCt < 7:316828/110‑1 (MQ=255) tAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCt > 8:316828/1‑110 (MQ=255) | 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |