Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,723,067 | 1 bp→AT | intergenic (‑181/‑120) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,723,066 | 1 | . | A | 97.8% | 473.4 / 1.9 | 134 | intergenic (‑180/‑121) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base A (51/80); total (53/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
* | CP006881 | 3,723,067 | 0 | G | T | 97.7% | 447.6 / ‑1.3 | 134 | intergenic (‑181/‑120) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base T (50/80); minor base A (2/1); total (53/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCA > CP006881/3722935‑3723201 || cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑Attttt‑t < 4:80316/139‑1 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTaaa < 7:285222/139‑1 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTaaa < 1:373102/139‑1 (MQ=255) gACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCAGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTaaa > 4:73516/1‑138 (MQ=255) 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(MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 2:310263/1‑137 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 3:200685/1‑137 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCATGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTAAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCTTTTTCTTCAAGA‑ATTTTTATAGTTAAATATTTTTATATAAcat > 4:283642/1‑137 (MQ=255) ttttAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCg < 5:330532/139‑1 (MQ=255) ttttAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCg < 1:10842/139‑1 (MQ=255) tAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTa < 3:119039/138‑1 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catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaaga > 7:88632/1‑138 (MQ=255) atcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaagaa < 4:209075/138‑1 (MQ=255) tAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCt > 8:316828/1‑110 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAACT‑ATTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGaaaaga > 8:221618/1‑137 (MQ=255) tGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGaaaaga < 6:181573/139‑3 (MQ=255) gATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:68727/95‑1 (MQ=255) gATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGaaaaga > 1:41940/1‑136 (MQ=255) aTAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGAc > 6:117008/1‑138 (MQ=255) aTAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGAc > 4:259249/1‑138 (MQ=255) cGTTTTCGTCAACTATTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATg > 5:282850/1‑138 (MQ=255) aactatttttt‑tAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAg < 6:147870/132‑1 (MQ=255) || CGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTTTT‑TAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCA > CP006881/3722935‑3723201 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |