| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006881 | 4,026,253 | C→T | 75.9% | A117T (GCG→ACG) | U712_20800 ← | Nucleoid occlusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 4,026,253 | 0 | C | T | 75.9% | 261.3 / 96.3 | 154 | A117T (GCG→ACG) | U712_20800 | Nucleoid occlusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/14); new base T (69/45); total (95/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GCGATTGTAGACTGCCCTTTTCCTAAGCGCTGTGCGAGTGCCTCCTGTGTTAAATCATGCAGCTCAAGCAGCCTAGCATAAGCATGCGCTTCCTCAATAGAAGACAGTTCTTCCCGCTGCAAGTTTTCGATTAACGCCACAGAAGCGGTTTCCGTGTCGGAAAAATCCTTAATAATTGCCGGAATCTTTTCCCACTCAAGCGATTGCACCGCTCTCCAGCGTCTTTCACCTGCAATGAGTTCGTATTGGCCTTCTTCTTCTGTATGCCTAA > CP006881/4026117‑4026387 | gcgATTGTAGACTGCCCTTTTCCTAAGCGCTGTGCGAGTGCCTCCTGTGTTAAATCATGCAGCTCAAGCAGCCTAGCATAAGCATGCGCTTCCTCAATAGAAGACAGTTCTTCCCGCTGCAAGTTTTCGATTAACGTca < 4:27834/139‑1 (MQ=255) cccTTTTCCTAAGCGCTGTGCGAGTGCCTCCTGTGTTAAATCATGCAGCTCAAGCAGCCTAGCATAAGCATGCGCTTCCTCAATAGAAGCCAGTTCTTCCCGCTGCAAGTTTTCGATTAACGTCACAGAAGCGGTTTcc > 5:381154/1‑139 (MQ=255) cccTTTTCCTAAGCGCTGTGCGAGTGCCTCCTGTGTTAAATCATGCAGCTCAAGCAGCCTAGCATAAGCATGCGCTTCCTCAATAGAAGACAGTTCTTCCCGCTGCAAGTTTTCGATTAACGTCACAGAAGCGGTTTcc > 4:278048/1‑139 (MQ=255) cccTTTTCCTAAGCGCTGTGCGAGTGCCTCCTGTGTTAAATCATGCAGCTCAAGCAGCCTAGCATAAGCATGCGCTTCCTCAATAGAAGACAGTTCTTCCCGCTGCAAGTTTTCGATTAACGTCACAGAAGCGGTTTcc > 3:347972/1‑139 (MQ=255) 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ttCGATTAACGCCAGAGAAGCGGTTTCCGTGTCGGAAAAATCCTTAATAATTGCCGGAATCTTTTCCCACTCAAGCGATTGCACCGCTCTCCAGCGTCTTTCACCTGCAATGAGTTCGTATTGGCCTTCTTCTTCTGt < 8:50793/138‑1 (MQ=255) ttCGATTAACGCCACAGAAGCGGTTTCCGTGTCGGAAAAATCCTTAATAATTGCCGGAATCTTTTCCCACTCAAGCGATTGCACCGCTCTCCAGCGTCTTTCACCTGCAATGAGTTCGTATTGGCCTTCTTCTTCTGt < 5:104077/138‑1 (MQ=255) tCGATTAACGTCACAGAAGCGGTTTCCGTGTCGGAAAAATCCTTAATAATTGCCGGAATCTTTTCCCACTCAAGCGATTGCACCGCTCTCCAGCGTCTTTCCCCTGCAATGAGTTCGTATTGGCCTTCTTCTTCTGTa < 8:169764/138‑1 (MQ=255) tCGATTAACGCCACAGAAGCGGTTTCCGTGTCGGAAAAATCCTTAATAATTGCCGGAATCTTTTCCCACTCAAGCGATTGCACCGCTCTCCAGCGTCTTTCACCTGCAATGAGTTCGTATTGGCCTTCTTCTTCTGTa < 1:339399/138‑1 (MQ=255) cGATTAACGTCACAGAAGCGGTTTCCGTGTCGGAAAAATCCTTAATAATTGCCGGAATCTTTTCCCACTCAAGCGATTGCACCGCTCTCCAGCGTCTTTCACCTGCAATGAGTTCGTATTGGCCTTCTTCTTCTGTATg > 7:569/1‑139 (MQ=255) aCGTCACAGAAGCGGTTTTCGTGTCGGAAAAATCCTTAATAATTGCCGGAATCTTTTCCCACTCAAGCGATTGCAGCGCTCTCCAGCGTCTTTCACCTGCAATGAGTTCGTATTGGCCTTCTTCTTCTGTATGGCTaa < 7:167649/138‑1 (MQ=255) | GCGATTGTAGACTGCCCTTTTCCTAAGCGCTGTGCGAGTGCCTCCTGTGTTAAATCATGCAGCTCAAGCAGCCTAGCATAAGCATGCGCTTCCTCAATAGAAGACAGTTCTTCCCGCTGCAAGTTTTCGATTAACGCCACAGAAGCGGTTTCCGTGTCGGAAAAATCCTTAATAATTGCCGGAATCTTTTCCCACTCAAGCGATTGCACCGCTCTCCAGCGTCTTTCACCTGCAATGAGTTCGTATTGGCCTTCTTCTTCTGTATGCCTAA > CP006881/4026117‑4026387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |