Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 1,984,502 | T→G | 23.2% | V270G (GTG→GGG) | U712_09805 → | Putative 4‑hydroxyphenylacetate 3‑monooxygenase yoaI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 1,984,502 | 0 | T | G | 23.2% | 65.3 / 4.1 | 37 | V270G (GTG→GGG) | U712_09805 | Putative 4‑hydroxyphenylacetate 3‑monooxygenase yoaI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/19); new base G (7/2); total (16/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAAAAGGCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGA > CP006881/1984367‑1984640 | cAAAAGGCTTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGTATTCAATAGTGGTTTTTGATCATGTGTAAGTGCCGTGGAATCgtgtgtg > 2:107882/1‑138 (MQ=255) aaaGGCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGtttt > 2:132584/1‑139 (MQ=255) aaGGCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGttttt > 8:366367/1‑139 (MQ=255) ggCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGttttttt > 7:367119/1‑139 (MQ=255) gCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGttttttt > 7:336728/1‑138 (MQ=255) gTAAAATCAATCACAACCTAATCATTTGTATAAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACg < 8:186963/139‑1 (MQ=255) aaGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGAATCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTAAGATAATGTTGAAGCAGCGAAAGAtttttttac > 1:139893/1‑133 (MQ=255) aGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGGTTTTTTAGGGTAATTGTGAAGCAGCTAAAGATTTTTTGACa > 7:5450/1‑138 (MQ=255) aGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGGTTTTTTTAGAATATGTGTGAGCAGCGAAAGAgttttttata > 5:233898/1‑132 (MQ=255) cGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACaaa > 8:288504/1‑138 (MQ=255) agacagccTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAg < 3:151083/133‑1 (MQ=255) ctctTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGGTTTTTTTTGATATAGTGGTAGCACCGTAAGAGTTTATGGCAAAAAGc > 6:370461/1‑139 (MQ=255) ctctTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGAATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTTAGATTATGTTTAAGAAACTTAATATTTTTTTTCaaaaata > 7:14995/1‑137 (MQ=255) ttCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGct < 7:11140/137‑1 (MQ=255) ttAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCa < 3:53653/139‑1 (MQ=255) tAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCa < 3:191945/138‑1 (MQ=255) tAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCa < 5:49337/138‑1 (MQ=255) ccTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTAc < 2:169657/139‑1 (MQ=255) cTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCAc < 8:336728/139‑1 (MQ=255) cTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTAAGATAATGTGGAAGCAGCATAATATTTTATTACAAAAAAGAGTTTTTA‑AGCCTTTACAtttgaa > 1:78392/1‑136 (MQ=255) cAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGATTTTTTAAGTTAATTTGGATGGCCGGAAACATTTTATTTCAAAAATCTCATTTTA‑TGCCTTTACCTTTAAccc > 4:90310/1‑138 (MQ=255) aGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAgg < 3:213138/139‑1 (MQ=255) aaTGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTACGATAATGTGGCTGCAGCGAAAGATTTTATTTCAAAAAGCTCGTTTTA‑TTCCGTTTCCTTTCACCACGGTGTCGTTTgg > 5:6547/1‑139 (MQ=255) aTGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTTAGTTAATGTGGTAGGCGCGAAAAAATTTTTTAAAAAAATCACTTTTTATTGCATTTACAGTT‑ACCAGGATGTGATTAgtg > 5:230322/1‑137 (MQ=255) aaTTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGAt < 1:132584/138‑1 (MQ=255) tttGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTAAGATAAAGTTGGTGCAGCAAAAAATTTTTTTTAAAAAAACGCGTTTAA‑TGGCGTTAAAGTTGCACACGTTTTAATTAGGGAAAAGATaaaaaattaaa > 4:277242/1‑133 (MQ=255) acagATCATGTGTTAGTGCCGTGTAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAAt < 1:183904/136‑1 (MQ=255) ttGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAAt < 6:233898/138‑1 (MQ=255) ttGATCATGGGGTATTGCCGGGGAATCGGGTGTTTTTTTACGATTATGTTGAATCATCTAAAGATTTTATTACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAAt < 2:78392/138‑1 (MQ=255) cATGTGGTAGTGCCGTGGACTCGAGGTTCTTTTTACGATAAAGTTGAAGCAGCTAAAGATGTTATGACACAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGCTAAAACTTGAATTTCTa < 4:218851/138‑1 (MQ=255) aTGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTAtt < 6:230322/139‑1 (MQ=255) aTGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTAtt < 7:288504/139‑1 (MQ=255) tgtTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAg < 6:245560/138‑1 (MQ=255) gcGTGGAATAGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGca < 1:107882/137‑1 (MQ=255) ccGTGGAATCGTGGGGTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTATCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGca < 8:80420/138‑1 (MQ=255) cagTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTCAATTTCTATTAGGTGTTGcac < 8:367119/137‑1 (MQ=255) gTGGAATCGTGTGTTTTTTTTAGATAATTTGGAAGCAGCGAAAGATTTTTTTACAAAAAGCTCTTTTGA‑TTGCTTTTCCTTTGACCAGGTTGTGATTAGGCAAATTATAAAAATTTAATTTATATTTGGTTTTTGACAg > 8:99482/1‑139 (MQ=255) tGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGc < 1:192081/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAATCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCTCCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTTCACAGCTTCTTGTCGa < 1:212761/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCATCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 3:267074/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 7:99482/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 1:20522/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 5:370461/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 7:205485/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 3:277242/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 7:138265/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 3:277831/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 5:204956/139‑1 (MQ=255) tgtTTTTTTACGATAATGGGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 7:366367/139‑1 (MQ=255) | CAAAAGGCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGA > CP006881/1984367‑1984640 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |