Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,723,045 | T→C | 100% | intergenic (‑159/‑142) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,723,045 | 0 | T | C | 100.0% | 354.2 / ‑6.6 | 97 | intergenic (‑159/‑142) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (34/60); minor base A (1/2); total (35/62) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑GTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAG > CP006881/3722909‑3723174 | aaCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAATAATACGCTTTCATCATAAATCAt > 7:330392/1‑139 (MQ=255) aaaaGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGTTCTTGCATGCTTTAAGAGTCACAATCACGATTATAAAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAg > 3:269598/1‑139 (MQ=255) cGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑ta > 1:271218/1‑138 (MQ=255) aCGAATAAAGGACACAGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑Attttt > 2:395201/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAg > 4:112945/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAg > 6:155834/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCC‑TTTTTCATTTACTCAAATTTTATGTCTTGCCTGCTTTTCCAGTCACAATACAGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTAATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCATC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGt < 4:269598/139‑1 (MQ=255) acaGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCTTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGt > 1:361582/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑ATTTAAATAGt > 7:311673/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGt < 2:58705/139‑1 (MQ=255) acaGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGt > 1:256867/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGt < 3:38709/139‑1 (MQ=255) acaGCGATCC‑TATTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCATTACCAGTCACAATCCAGCTTATTCATATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGt < 5:316929/139‑1 (MQ=255) caGCGATCCTTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGt < 6:164619/139‑1 (MQ=255) caGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGtt < 4:239392/139‑1 (MQ=255) aGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGttt > 7:110503/1‑139 (MQ=255) aGCGATCC‑TTTTTCATTTACGAAAATTTTAGGTCTTGCCTCCAATACCAGTAACAATCAAGCTTATTCAGATAAAGAATACTCTATCATAATAAAAAAAGATATCGTATACGTCAACAA‑ATTATTT‑AGTTAAAGAGtt > 8:110573/1‑138 (MQ=255) cGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGtt > 1:241668/1‑136 (MQ=255) cGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGtt < 2:241668/136‑1 (MQ=255) tCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATat < 6:79125/139‑2 (MQ=255) tCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATat < 1:404720/139‑2 (MQ=255) tCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATa > 2:350254/1‑138 (MQ=255) tCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATa > 1:310195/1‑138 (MQ=255) tCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCAGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAATTTTTT‑AGTTAAATTGTTTGATa > 5:27527/1‑138 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 8:173450/1‑137 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 4:297240/1‑137 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaatt > 1:306347/1‑136 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaatt > 3:126044/1‑136 (MQ=255) tGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa > 7:193792/1‑138 (MQ=255) cTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtg < 5:396534/139‑1 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg < 3:112945/138‑1 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg < 1:150189/138‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 5:350459/138‑1 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 3:331023/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 4:399294/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 2:234471/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATAc < 5:276562/139‑1 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCAAGATAGCGGTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 7:312935/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTAATCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 4:372030/138‑3 (MQ=255) cactCACAATCCCCCTTATTCATTTTAAGAATAAGCTTTCATCAAAAATCATGATATCGTTTTAGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACt < 8:311673/136‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 8:110503/139‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca > 3:87428/1‑138 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 4:87428/138‑1 (MQ=255) acaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTcaca < 2:306347/139‑1 (MQ=255) acaATCCAGCTTATTCAGATTAAGAATACTCTTTCATCATTAATAATGATAGAGATTTCGTCAAG‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAATATTACTTGTGATTTACTTcaca < 7:110573/139‑1 (MQ=255) aTCCCTCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:351319/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACATAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:361582/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:330392/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:155834/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:102037/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:73996/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:336095/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:350254/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:268356/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:203255/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:179576/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:271218/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:68585/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:205829/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑ATTTTTTCAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:347147/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTATCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:64908/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTATCATCATAAATCATGATAGCGATTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAATAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:15353/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTAATCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTGAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:211914/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTAATCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATAATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:109188/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCGTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:398510/139‑1 (MQ=255) aTCACGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:26211/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 8:396117/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 8:159059/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 2:310195/138‑1 (MQ=255) cGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGt > 8:93369/1‑139 (MQ=255) cGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGt > 1:261356/1‑139 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 7:173450/139‑1 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3:235508/137‑1 (MQ=255) tCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:293655/128‑1 (MQ=255) tCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 4:293655/1‑128 (MQ=255) tCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATAc > 1:85823/1‑139 (MQ=255) aGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACt < 8:61899/138‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtata > 3:115529/1‑134 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtata < 4:115529/134‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:407237/114‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 1:407237/1‑114 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 6:374575/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 1:368714/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑ATTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAtg > 7:266856/1‑137 (MQ=255) tcatcaTAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:276455/109‑1 (MQ=255) 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4:19186/1‑103 (MQ=255) | AACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCC‑TTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑GTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAG > CP006881/3722909‑3723174 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |