| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 3,723,097 | T→G | intergenic (‑211/‑90) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,723,097 | 0 | T | G | 98.9% | 338.4 / NA | 91 | intergenic (‑211/‑90) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (25/64); total (27/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑GT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCATTGCAAAAAGTTGAACAGTACGC > CP006881/3722983‑3723224 | ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaatt > 4:198349/1‑136 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCTTCAAC‑T‑ATATTTTAAGTTAAATAGTTTGATATAACATCTAGACAAAAATTCTTataaataaat > 2:122545/1‑134 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 3:73173/138‑2 (MQ=255) gCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTTATtgtg < 5:87340/139‑1 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATTTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg > 6:323076/1‑138 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg < 1:220737/138‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCATATTAATAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTT‑TT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 8:253551/138‑1 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 1:245178/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 3:272136/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 7:391122/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 5:283094/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 5:323076/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 7:16647/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 5:350801/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATAc > 7:61552/1‑139 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATAAGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 8:101989/138‑3 (MQ=255) cAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACt < 7:32828/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 4:372745/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 5:285547/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 8:61552/139‑1 (MQ=255) acaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTTGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTcac > 6:218686/1‑138 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:215182/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:79694/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:377875/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:119639/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:128448/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:379124/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:276549/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:334759/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:198349/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:355587/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:377698/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:35482/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:115681/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:153539/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:293346/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCCTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGGTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAACTAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:23500/139‑1 (MQ=255) aTCCAGCTTAATCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAATAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:45016/139‑1 (MQ=255) tCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTCGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAatat < 5:218686/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATATATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTT‑TT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAATATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 4:194849/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 3:79510/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 4:36304/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 1:327877/138‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 1:51277/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 4:125384/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 1:191647/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 3:215728/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAAACATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 1:52480/139‑1 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 1:129866/1‑139 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 7:242452/1‑139 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 4:24137/1‑136 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc < 3:24137/136‑1 (MQ=255) tCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATAc > 1:40057/1‑139 (MQ=255) aGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTa > 8:259914/1‑139 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACaa > 2:323628/1‑122 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACaa < 1:323628/122‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 2:376465/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:288118/124‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:2159/124‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 7:288118/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 6:2159/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:376465/124‑1 (MQ=255) aagaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCt < 2:40057/137‑1 (MQ=255) aagaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCt < 4:124161/137‑1 (MQ=255) tACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 6:100947/1‑121 (MQ=255) tACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 5:100947/121‑1 (MQ=255) ctcTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAA‑TAAT‑TTTTTAATTAAATAATTTGAAATAAAATGTATAAAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATAATTAAAAATATCTTGCTATACTATGATAAATCAt > 6:136429/3‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:281947/114‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 7:281947/1‑114 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 7:311060/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 1:315963/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAACCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 1:352140/1‑138 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:289007/108‑1 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 3:289007/1‑108 (MQ=255) tcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCAGAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaagaaag < 1:267417/139‑1 (MQ=255) aaTCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGa < 5:57346/139‑1 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg < 3:124888/112‑1 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 4:124888/1‑112 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaagaaag < 5:206467/130‑1 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaagaaag > 6:206467/1‑130 (MQ=255) tGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGaaaaga > 3:342463/1‑137 (MQ=255) cGTTTTCGTCAAC‑TATT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACATCACAATATCGTCCTATAGTATGATCAATCATCAAAGAAAGCAGGAAAAGACAAtc > 8:61380/1‑137 (MQ=255) actatt‑tttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCa < 8:242452/134‑1 (MQ=255) actatt‑tttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCa < 6:202420/134‑1 (MQ=255) tttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTAGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACa < 1:122545/138‑1 (MQ=255) aGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACaaaagg < 8:311060/138‑3 (MQ=255) gTTATATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGtt < 2:129866/139‑1 (MQ=255) gTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGtt < 2:352140/139‑1 (MQ=255) gTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTAGTAAAAATTAATTGGGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCATGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGtt < 2:192862/139‑1 (MQ=255) tGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGc > 7:255273/1‑139 (MQ=255) tGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGc > 3:283926/1‑139 (MQ=255) | TTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑GT‑TTTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCATTGCAAAAAGTTGAACAGTACGC > CP006881/3722983‑3723224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |