Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,723,067 | 1 bp→AT | intergenic (‑181/‑120) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,723,066 | 1 | . | A | 92.0% | 374.0 / 22.1 | 112 | intergenic (‑180/‑121) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/5); new base A (36/67); total (40/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP006881 | 3,723,067 | 0 | G | T | 92.9% | 360.9 / 6.4 | 112 | intergenic (‑181/‑120) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (35/69); minor base A (5/3); total (40/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑GT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCA > CP006881/3722933‑3723201 || caCGCATAAAGGACACAGCGATCCTTTATCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑At‑t‑tt < 2:259726/138‑1 (MQ=255) cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑At‑t‑tttt < 5:117948/139‑1 (MQ=255) cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑At‑t‑tttt > 3:119639/1‑139 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTaaa < 8:48532/139‑1 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTaaa < 1:246733/139‑1 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTaaa < 8:47694/139‑1 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTaaa < 5:66730/139‑1 (MQ=255) ggACACAGAGATCCTTTATCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGGCACAATCCCGCTTATTCAGATTTAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTaaa < 8:326728/139‑1 (MQ=255) gACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑At‑t‑tttt > 4:232259/1‑130 (MQ=255) gACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑At‑t‑tttt < 3:232259/130‑1 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAg > 8:391122/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATTGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAAAAGt > 7:98618/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGt < 6:35596/139‑1 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGt > 4:357777/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGt < 2:222008/139‑1 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATACCGCTTATTCAGATTAAGAAAACGATTTCATCATAAATCAAGATAGCGTTAACGTCAAC‑T‑AT‑TATTTTAGATAAATAGt > 6:10203/1‑139 (MQ=255) caGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTAGCAGTCACAATCACGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATATCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGtt < 7:329409/139‑1 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGttt > 6:57346/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGttt > 7:215182/1‑139 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATa > 5:230879/1‑138 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 3:334759/1‑137 (MQ=255) ttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAAcatg > 1:279589/1‑136 (MQ=255) tCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTGAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAAcatg < 6:296005/138‑4 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaatt > 4:198349/1‑136 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCTTCAAC‑T‑ATAT‑TTTAAGTTAAATAGTTTGATATAACATCTAGACAAAAATTCTTataaataaat > 2:122545/1‑134 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 3:73173/138‑2 (MQ=255) gCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTTATtgtg < 5:87340/139‑1 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATTTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg > 6:323076/1‑138 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg < 1:220737/138‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCATATTAATAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTT‑TT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 8:253551/138‑1 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 5:350801/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 5:283094/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 7:16647/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 5:323076/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 1:245178/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 3:272136/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATAc > 7:61552/1‑139 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATAAGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 8:101989/138‑3 (MQ=255) cAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACt < 7:32828/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 5:285547/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 4:372745/139‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTaaa < 1:81147/82‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTaaa > 2:81147/1‑82 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:355587/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:293346/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:153539/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:115681/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:334759/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:119639/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:35482/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:79694/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:215182/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:377698/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:276549/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:379124/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCCTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGGTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAACTAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:23500/139‑1 (MQ=255) aTCCAGCTTAATCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAATAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:45016/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATATATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTT‑TT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAATATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 4:194849/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 1:327877/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 3:79510/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 4:36304/138‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 1:191647/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 3:215728/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 4:125384/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAAACATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 1:52480/139‑1 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 1:129866/1‑139 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 7:242452/1‑139 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 4:24137/1‑136 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc < 3:24137/136‑1 (MQ=255) tCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATAc > 1:40057/1‑139 (MQ=255) aGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTa > 8:259914/1‑139 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACaa > 2:323628/1‑122 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACaa < 1:323628/122‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:2159/124‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:376465/124‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 2:376465/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:288118/124‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 7:288118/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 6:2159/1‑124 (MQ=255) aagaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCt < 4:124161/137‑1 (MQ=255) aagaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCt < 2:40057/137‑1 (MQ=255) tACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 6:100947/1‑121 (MQ=255) tACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 5:100947/121‑1 (MQ=255) ctcTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAA‑TAAT‑T‑TTTTAATTAAATAATTTGAAATAAAATGTATAAAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATAATTAAAAATATCTTGCTATACTATGATAAATCAt > 6:136429/3‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 7:281947/1‑114 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 7:311060/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 1:315963/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAACCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 1:352140/1‑138 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 3:289007/1‑108 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:289007/108‑1 (MQ=255) tcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCAGAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaagaaag < 1:267417/139‑1 (MQ=255) aaTCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGa < 5:57346/139‑1 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg < 3:124888/112‑1 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 4:124888/1‑112 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaagaaag > 6:206467/1‑130 (MQ=255) aTGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaagaaag < 5:206467/130‑1 (MQ=255) tGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGaaaaga > 3:342463/1‑137 (MQ=255) cGTTTTCGTCAAC‑TATT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACATCACAATATCGTCCTATAGTATGATCAATCATCAAAGAAAGCAGGAAAAGACAAtc > 8:61380/1‑137 (MQ=255) actatt‑t‑ttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCa < 8:242452/134‑1 (MQ=255) actatt‑t‑ttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCa < 6:202420/134‑1 (MQ=255) || AACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑GT‑T‑TTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCA > CP006881/3722933‑3723201 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |