Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,950,624 | C→T | 7.1% | C468Y (TGT→TAT) | U712_20355 ← | putative metallophosphoesterase‑like protein yydB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,950,624 | 0 | C | T | 7.1% | 179.2 / 3.4 | 56 | C468Y (TGT→TAT) | U712_20355 | putative metallophosphoesterase‑like protein yydB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/28); new base T (2/2); total (26/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 |
TAAGATCATTTCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATATCTCATCTCCA > CP006881/3950489‑3950749 | tAAGATCATTTCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACAtt > 3:118540/1‑139 (MQ=255) aTCATTTCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATa < 8:131575/139‑1 (MQ=255) tttCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATg > 8:99855/1‑139 (MQ=255) tttCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATg > 5:14395/1‑139 (MQ=255) tttCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATg < 4:252039/139‑1 (MQ=255) tttCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATg > 6:24691/1‑139 (MQ=255) tttCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATg > 1:44339/1‑139 (MQ=255) tttCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGGATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATg > 3:114656/1‑139 (MQ=255) tttGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAAc < 5:98793/139‑1 (MQ=255) tttttAAACTCATTTTCTAATAAAACGTAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTaa < 8:140240/138‑1 (MQ=255) aaCTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTa < 5:90833/139‑1 (MQ=255) aTTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATg < 6:188402/137‑1 (MQ=255) ataaAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTAttttt < 8:261358/136‑1 (MQ=255) agagTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCATATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCtt > 6:178417/1‑139 (MQ=255) agagTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCATATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCtt > 6:174753/1‑139 (MQ=255) agagTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCt < 5:24691/138‑1 (MQ=255) gagTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCttt > 2:197943/1‑139 (MQ=255) tATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCATATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGaa < 5:178417/139‑1 (MQ=255) aTTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCATATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGaa < 5:174753/138‑1 (MQ=255) tttGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCGCCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCGTTTGattt > 6:154660/1‑136 (MQ=255) ttGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAatat > 4:252855/1‑139 (MQ=255) aaTATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTa > 7:559/1‑138 (MQ=255) aaTATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTa > 2:250797/1‑138 (MQ=255) aaTATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTa > 6:59955/1‑138 (MQ=255) cggCTGTTTCAATTTAAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGaa < 6:217998/136‑1 (MQ=255) cAGCTGGTTCAACTTTAAGATCAATCATTCTTAAGACTTCTGTTGTTATCATTAAAAATCTAACAATCATAAATGCAACAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAAATGaa < 6:55332/138‑1 (MQ=255) aGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATg < 1:250797/139‑1 (MQ=255) aGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATg < 6:14395/139‑1 (MQ=255) tttCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACa < 1:26871/137‑1 (MQ=255) tttCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACAt > 3:111965/1‑138 (MQ=255) tCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTc > 1:194059/1‑138 (MQ=255) tAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATaa < 4:12595/138‑1 (MQ=255) aaGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAAt > 8:46302/1‑139 (MQ=255) aGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAAt < 3:45226/138‑1 (MQ=255) aatcaTTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAata < 7:129163/103‑1 (MQ=255) aatcaTTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAata > 8:129163/1‑103 (MQ=255) cTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATTTATTTTTTCTTTAAATAATTTGAATATTTTAAAAATGAATAACATTCTATATAAATCTCATTAACAAtt > 8:6782/1‑139 (MQ=255) cacTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTa > 8:45099/1‑138 (MQ=255) ttcttTTGTTATCATTAGAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACaaa > 8:76155/1‑139 (MQ=255) ttcttTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACaaa > 6:64083/1‑139 (MQ=255) ttcttTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGAACCAACATGTTAAAATCTTAAAGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGCTAAAACTTAATGACATTCTACAAAAATCACATTAACAATTTTTACaaa > 3:112801/1‑139 (MQ=255) cttTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGGATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACaaa < 1:51189/137‑1 (MQ=255) cttTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAata > 1:34201/1‑139 (MQ=255) ttATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcat < 2:156065/139‑1 (MQ=255) aTCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatct > 5:9282/1‑139 (MQ=255) aTCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatct > 1:199391/1‑139 (MQ=255) aTCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatc < 5:59955/138‑1 (MQ=255) tCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatctc < 7:6782/139‑1 (MQ=255) tCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatctc < 2:115580/139‑1 (MQ=255) tCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatctc < 4:118540/139‑1 (MQ=255) tCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatctc < 5:154660/139‑1 (MQ=255) tCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatctc < 5:62971/139‑1 (MQ=255) tCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATatctcatctc < 1:137367/139‑1 (MQ=255) aTTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATATCTCATCTCCa < 3:182960/139‑1 (MQ=255) aTTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATATCTCATCTCCa < 5:284616/139‑1 (MQ=255) aTTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATATCTCATCTCCa < 5:64083/139‑1 (MQ=255) | TAAGATCATTTCCAATTTGAATGTTTTTAAACTCATTTTCTAATAAAACATAAGAGTATTTGAGAATATTTTCAGCTGTTTCAATTTTAAGATCAATCATTCTTAACACTTCTTTTGTTATCATTAAAAATCTCACATTCATAAATGCACCAACATGTTAAAATCTTAATGTATTTTTTCGTTAAAGCCTTTGAATATGGTAAAACTGAATGACATTCTAGATAAATCTCATTAACAATTTTTACAAATATCTCATCTCCA > CP006881/3950489‑3950749 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |