| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 1,497,143 | A→T | 9.2% | intergenic (‑404/‑15) | U712_07685 ← / → U712_07690 | Pal‑related lipoprotein/Uncharacterized protein ykzW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 1,497,143 | 0 | A | T | 9.2% | 172.5 / 4.5 | 61 | intergenic (‑404/‑15) | U712_07685/U712_07690 | Pal‑related lipoprotein/Uncharacterized protein ykzW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/31); new base T (3/3); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGATGGAAAATGGAAAAACAAGGTGAATATGATGATATGAAATAAAATGTGTTATACAGTTTGTTGTTGACATTTTAAATGTGACATATTAATATAATAACAACAAAAGAAATTAAGCGTTTTCAAATTTCAAAGAAATGGGGAATAAGAGATGGGTACGATTGTTTGCCAAGATTGCAACGAAGCCATTCATTACTTTGAAGATGAGAAAGTGACAACATTATATGGAACTTGCTGCGGACAATGTCAATGTCCTGT > CP006881/1497006‑1497264 | atgatgGAAAATGGAAAAACAAGGTGAATATGATGATATGAAATAAAATGTGTTATACAGTTTGTTGTTGACATTTTAAATGTGACATATTAATATAATAACAACAAAAGAAATTAAGCGTTTTCAAATTTCAAAGaaa > 1:24925/1‑139 (MQ=255) tgatgGAAAATGGAAAAACAAGGTGAATATGATGATATGAAATAAAATGTGTTATACAGTTTGTTGTTGACATTTTAAATGTGACATATTAATATAATAACAACAAAAGAAATTAAGCGTTTTCAAATTTCAAAGaaa < 8:175545/138‑1 (MQ=255) gatgGAAAATGGAAAAACAAGGTGAATATGATGATATGAAATAAAATGTGTTATACAGTTTGTTGTTGACATTTTAAATGTGACATATTAATATAATAACAACAAAAGAAATTACGCGTTTTCAAATTTCAAAGAAATg > 7:108964/1‑139 (MQ=255) atggaaaatggaaaAACAAGGTGAATATGATGATATGAAATAAAATGTGTTATACAGTTTGTTGTTGACATTTTAAATGTGACATATTAATATAATAACAACAAAAGAAATTAAGCGTTTTCAAATTTCAAAGAAATgg > 1:129451/1‑139 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |