Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 1,701,244 | G→A | 7.7% | A125T (GCA→ACA) | U712_08750 → | Riboflavin biosynthesis protein ribC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 1,701,244 | 0 | G | A | 7.7% | 205.4 / 5.6 | 65 | A125T (GCA→ACA) | U712_08750 | Riboflavin biosynthesis protein ribC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/28); new base A (3/2); total (35/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 |
AAGACAAAATAAACCAAATTGAACAATTAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGTTCTTCGTAT > CP006881/1701107‑1701378 | aaGACAAAATAAACCAAATTGAACAATTAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTgg < 3:201101/138‑1 (MQ=255) aaTAAACCAAATTGAACAATTAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCttt > 6:260505/1‑139 (MQ=255) aaTTGAACAATTAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCCCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTtacg > 8:5428/1‑139 (MQ=255) aaTTGAACAATTAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTtacg > 8:1288/1‑139 (MQ=255) aTTGAACAATTAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTGTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTtacg > 1:129525/1‑138 (MQ=255) aTTGAACAATTAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTtacgt < 7:125951/139‑1 (MQ=255) ttAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCaaa > 7:201349/1‑138 (MQ=255) aGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGa < 8:201349/139‑1 (MQ=255) aGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGa < 5:260505/139‑1 (MQ=255) ttCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGaa < 2:129525/138‑1 (MQ=255) tGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCa < 2:9184/125‑1 (MQ=255) tGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCa > 1:9184/1‑125 (MQ=255) tCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGAc < 7:164591/139‑1 (MQ=255) ttAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATAGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCAt > 3:85116/1‑139 (MQ=255) tgtTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACAATGCCGGATGATTTAGa > 1:173809/1‑139 (MQ=255) tctcCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGt > 4:224368/1‑139 (MQ=255) 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tataTTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACg > 1:88230/1‑138 (MQ=255) tattatCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAg < 8:148988/139‑1 (MQ=255) ttatCGGCCTTAATGTGCAGCCGGCAGTGGCGGGCTTTGAATTTACTTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGCCCAGCCGGGAGGTTTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAATTTacggcag > 2:160954/1‑131 (MQ=255) tatCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAg > 2:221884/1‑139 (MQ=255) tCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGa > 4:272082/1‑139 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAAGAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATa > 2:137758/1‑138 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGa < 7:11889/91‑1 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGa > 8:11889/1‑91 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCt > 5:160365/1‑101 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTggg < 1:148919/104‑1 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTggg > 2:148919/1‑104 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTg > 8:24226/1‑106 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTg < 7:24226/106‑1 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATa > 4:184166/1‑138 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATa > 1:74247/1‑138 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATa > 2:109730/1‑138 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGCTAGAAAAATTACCGGAGCAGGATa > 2:142622/1‑138 (MQ=255) gCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGAAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCt < 6:160365/101‑1 (MQ=255) ccTTATTGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATaaa < 8:237967/139‑1 (MQ=255) ccTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATaaa < 3:224368/139‑1 (MQ=255) ttAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATaaaa > 7:246223/1‑138 (MQ=255) cagcaCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt < 1:186116/139‑1 (MQ=255) cagcaCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt > 2:186116/1‑139 (MQ=255) cagcaCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt > 8:182673/1‑139 (MQ=255) cagcaCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt < 2:206196/139‑1 (MQ=255) cagcaCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt < 2:88230/139‑1 (MQ=255) cagcaCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt < 2:74247/139‑1 (MQ=255) cagcaCGCAGTGACAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt > 1:201445/1‑139 (MQ=255) cagcaCGCAGTGACAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt > 1:205421/1‑139 (MQ=255) cagcaCGCAGTGACAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt > 1:249481/1‑139 (MQ=255) aaaggtcAGTGGCAGGCTTTTCCTATACGTAAGGAAAATACGGAAAGGTTACAATTAAGACCATGCCGTATTATTTAGACGGAAAAGCTTGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGtt < 6:155993/132‑1 (MQ=255) gcaCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGttct < 7:1288/139‑1 (MQ=255) gcaCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGttct < 7:5428/139‑1 (MQ=255) caCGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGttctt > 1:192409/1‑139 (MQ=255) cGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAg < 7:26333/115‑1 (MQ=255) cGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAg > 8:26333/1‑115 (MQ=255) cGCAGGGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGTTCTTCg < 8:246223/139‑1 (MQ=255) cAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGTTCTTCGta < 2:192409/139‑1 (MQ=255) cAGTGACAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGTTCTTCGta < 2:205421/139‑1 (MQ=255) cAGTGACAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGTTCTTCGta < 2:201445/139‑1 (MQ=255) aGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGaa > 1:210228/1‑44 (MQ=255) aGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGaa < 2:210228/44‑1 (MQ=255) aGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGTTCTTCGtat < 7:182673/139‑1 (MQ=255) | AAGACAAAATAAACCAAATTGAACAATTAGGCACAGAAGTTCTGTATGTCGTTAAATTTAATGAAGTGTTTGCTTCTCTTTCTCCTAAGCAGTTTATAGACCAGTATATTATCGGCCTTAATGTGCAGCACGCAGTGGCAGGCTTTGACTTTACGTACGGCAAATACGGCAAGGGAACAATGAAGACCATGCCGGATGATTTAGACGGAAAAGCTGGGTGCACAATGGTAGAAAAATTAACGGAGCAGGATAAAAAAATCAGTTCTTCGTAT > CP006881/1701107‑1701378 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |