| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,228,904 | A→G | 31.3% | intergenic (‑156/‑50) | U712_11195 ← / → U712_11200 | Uncharacterized protein ypzE/D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,228,904 | 0 | A | G | 31.3% | 71.5 / 55.8 | 64 | intergenic (‑156/‑50) | U712_11195/U712_11200 | Uncharacterized protein ypzE/D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/19); new base G (14/6); total (39/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
TAAACGATAACTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACTTTATTGAAATCGTTCAAAAAAA > CP006881/2228768‑2229042 | taAACGATAACTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCTTCAGTACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATg > 6:84946/1‑139 (MQ=255) aTAACTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAAt > 3:260006/1‑139 (MQ=255) aatgcgttcgtttgaaatcatcgctgacgtttggaaaaacagataacagctataaaaaaagcaatgtagcggggagacccatacattgcttTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAAt < 2:233643‑M1/47‑1 (MQ=255) tgcgttcgtttgaaatcatcgctgacgtttggaaaaacagataacagctataaaaaaagcaatgtagcggggagacccatacattgcttTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTAt < 6:209419‑M1/50‑1 (MQ=255) aCTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTAt < 3:219536/139‑1 (MQ=255) aCTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTAt < 3:178682/139‑1 (MQ=255) aCTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTAt < 3:110733/139‑1 (MQ=255) tGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGata > 5:103418/1‑139 (MQ=255) gCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCTTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATAtt > 4:276488/1‑139 (MQ=255) tataGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAg < 4:7972/138‑1 (MQ=255) aaTTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCaa > 2:236968/1‑139 (MQ=255) ttGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAAtt > 7:142739/1‑139 (MQ=255) tGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAAtt > 1:193800/1‑138 (MQ=255) gCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAAttt < 7:107904/138‑1 (MQ=255) cTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTag > 2:118184/1‑139 (MQ=255) aaTTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTaggagg > 1:163442/1‑138 (MQ=255) aaTATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATc > 6:74408/1‑138 (MQ=255) ttACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGAt < 3:130816/139‑1 (MQ=255) ttACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGAt < 8:1120/139‑1 (MQ=255) ttACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGAt < 7:287937/139‑1 (MQ=255) ccTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGtt < 4:22589/139‑1 (MQ=255) ccTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGGCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGt < 6:206072/138‑1 (MQ=255) cTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGttt < 8:135021/139‑1 (MQ=255) gCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTc > 3:138750/1‑138 (MQ=255) gCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTc > 6:225944/1‑138 (MQ=255) cAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTc > 8:219723/1‑137 (MQ=255) cAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTc < 3:21059/137‑1 (MQ=255) cTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTAt < 4:138750/139‑1 (MQ=255) aGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGt < 2:193800/138‑1 (MQ=255) ttGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGa > 6:82184/1‑138 (MQ=255) ttGATTTATTAGGCATTACTTTTATCCTTAACTGCGTCAATACACGTTGACACTCATTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTGCGAGTATTGGTCTCAGa > 3:160099/1‑138 (MQ=255) ggCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCa < 5:74408/138‑1 (MQ=255) tACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAacgacg > 3:70098/1‑139 (MQ=255) tgctttttactgcGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattc > 8:185247‑M1/6‑58 (MQ=255) aTCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTa > 1:269885/1‑137 (MQ=255) aTCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTa > 2:83592/1‑137 (MQ=255) ctttttactGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtattttaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctg < 8:76276‑M1/117‑65 (MQ=255) ctttttactGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaat > 2:219903‑M1/4‑56 (MQ=255) ctttttactGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctg > 7:76276‑M1/4‑56 (MQ=255) ctttttactGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaa > 3:73167‑M1/4‑56 (MQ=255) ctttttactGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaa < 4:73167‑M1/85‑33 (MQ=255) tttACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgg > 5:288163‑M1/1‑53 (MQ=255) TACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACt < 1:36081‑M1/139‑1 (MQ=255) cGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTAtt > 5:268/1‑138 (MQ=255) cGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgt > 8:165882‑M1/1‑46 (MQ=255) cGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagcca < 8:94164‑M1/123‑78 (MQ=255) cGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagcca > 7:94164‑M1/1‑46 (MQ=255) tCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGaa > 2:269872/1‑139 (MQ=255) tCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGaa > 3:55672/1‑139 (MQ=255) aaTACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATc < 5:225944/139‑1 (MQ=255) cacGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGAc < 4:55672/139‑1 (MQ=255) cGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGATGGTTTACAGCCACTTATTGAATc < 1:131464/133‑1 (MQ=255) cGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGAAGGTTTACAGCCACTTATTGAATc > 2:131464/1‑133 (MQ=255) cGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcacttagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgtcattttgatct > 5:274399‑M1/1‑36 (MQ=255) cGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgtcattttgatct > 7:219183‑M1/1‑36 (MQ=255) gTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACtt > 8:84958/1‑138 (MQ=255) gTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagcctttcaatgggatttgtcattttgatct > 7:115538‑M1/1‑35 (MQ=255) gTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattctatgggatttgtcattttgatct > 5:96389‑M1/1‑35 (MQ=255) gTTGACACTCGTTTGAGAATATGTTAAATTATAAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTGTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACtt > 8:131829/1‑138 (MQ=255) tctTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACTTTATTGAAAt > 2:8968/1‑139 (MQ=255) tctTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgtcattttgatctcatgtgcgg > 2:182787‑M1/1‑27 (MQ=255) ttttGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgtcattttgatctcatgtgcggcg > 5:32834‑M1/1‑25 (MQ=255) ttttGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgtcattttgat < 7:97439‑M1/126‑102 (MQ=255) ttttGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgtcattttgat > 8:97439‑M1/1‑25 (MQ=255) atGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCTGACTTTATTGAAATCGTTCaaaaaaa > 2:19504/1‑139 (MQ=255) atGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACTTTATTGAAATCGTTCaaaaaaa > 7:114158/1‑139 (MQ=255) | TAAACGATAACTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACTTTATTGAAATCGTTCAAAAAAA > CP006881/2228768‑2229042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |