| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 924,071 | (A)5→6 | intergenic (‑51/‑228) | U712_04490 ← / → U712_04495 | Vegetative catalase/Aliphatic sulfonates import ATP‑binding protein SsuB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 924,066 | 1 | . | A | 98.2% | 192.0 / ‑3.0 | 54 | intergenic (‑46/‑233) | U712_04490/U712_04495 | Vegetative catalase/Aliphatic sulfonates import ATP‑binding protein SsuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base A (20/33); total (21/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
AAAGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑A‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAAT > CP006881/923932‑924196 | aaaGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGCTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGTAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aa < 6:335793/138‑1 (MQ=255) aaGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaa > 8:471598/1‑138 (MQ=255) ttGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaaaagt < 5:137279/139‑4 (MQ=255) ttGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaaaagt < 1:293051/139‑4 (MQ=255) ttGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaaaagt < 7:357135/139‑4 (MQ=255) ttGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTAGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaaaagt < 3:373987/139‑4 (MQ=255) ggTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaaaagtc > 4:137930/1‑134 (MQ=255) ggTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaaaagtc > 6:80068/1‑134 (MQ=255) ggTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaaaagtc > 7:462648/1‑134 (MQ=255) ggTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑a‑aaaaagtc > 7:456734/1‑134 (MQ=255) ccGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAata < 8:405719/139‑1 (MQ=255) ccGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAata < 4:374538/139‑1 (MQ=255) cgcgAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAata < 1:467830/138‑1 (MQ=255) cgcgAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAata < 1:187984/138‑1 (MQ=255) gCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAat > 8:273593/1‑139 (MQ=255) gCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAat < 8:114211/139‑1 (MQ=255) gCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAat < 4:408771/139‑1 (MQ=255) gCAGTCAATGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTTGAAGTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAat < 1:249535/139‑1 (MQ=255) aGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAatta < 5:223960/139‑1 (MQ=255) aTTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAAttatta > 6:270947/1‑138 (MQ=255) ttGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATtata < 5:270947/139‑1 (MQ=255) ttGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATtata < 4:145243/139‑1 (MQ=255) ttGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATtata < 8:361307/139‑1 (MQ=255) ttGATTATCTCCAACCGGAGCGCGCCAGCTAGTTGTCAGTTTATATGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAg < 3:81969/138‑1 (MQ=255) aTTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTAt < 4:190827/139‑1 (MQ=255) aTTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTAt < 7:471598/139‑1 (MQ=255) aTTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTAt < 3:137930/139‑1 (MQ=255) aTTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTAt < 6:437546/139‑1 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(MQ=255) aCCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAAt < 7:200035/139‑1 (MQ=255) aCCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAAt < 1:141533/139‑1 (MQ=255) aCCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAAt < 8:456734/139‑1 (MQ=255) aCCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAAt < 5:349625/139‑1 (MQ=255) cGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCg < 4:471537/139‑1 (MQ=255) aGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCg < 3:155236/136‑1 (MQ=255) aGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCg > 4:155236/1‑136 (MQ=255) gcgcCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGata > 7:334195/1‑138 (MQ=255) gcCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGatata > 7:337301/1‑138 (MQ=255) ccAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTAt > 6:33399/1‑118 (MQ=255) ccAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTAt < 5:33399/118‑1 (MQ=255) ttGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAAt < 8:31837/139‑1 (MQ=255) ttGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAAt < 2:228694/139‑1 (MQ=255) ttGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAAt < 8:337301/139‑1 (MQ=255) ttGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAAt < 5:80068/139‑1 (MQ=255) ttGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCGCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGatat > 3:8813/1‑139 (MQ=255) aTCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAg < 2:284361/138‑1 (MQ=255) aCCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑ATAAAAGTCTATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAAGCTTGTTGTAACAGCttt > 8:143770/1‑139 (MQ=255) ctctTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCttttt > 5:75200/1‑139 (MQ=255) ctctTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCtttt > 3:242301/1‑138 (MQ=255) ctTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAATTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTAt > 2:112907/1‑139 (MQ=255) ctTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTAt > 8:62677/1‑139 (MQ=255) ggAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGac > 8:481377/1‑139 (MQ=255) aataTCATCTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTg > 1:101309/1‑137 (MQ=255) catcTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGaaa > 2:111825/1‑138 (MQ=255) catcTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGaaa > 1:5229/1‑138 (MQ=255) atcTCTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAaat > 4:413736/1‑138 (MQ=255) tctcTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAaataa > 3:252922/1‑139 (MQ=255) tctcTAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAaataa > 1:81622/1‑139 (MQ=255) ctctAAGTAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAaataat > 6:159474/1‑139 (MQ=255) | AAAGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑A‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAAT > CP006881/923932‑924196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |