| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,963,948 | G→A | intergenic (‑135/+145) | U712_15285 ← / ← U712_15290 | Manganese‑binding lipoprotein mntA/o‑succinylbenzoate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,963,948 | 0 | G | A | 94.3% | 211.9 / ‑7.0 | 70 | intergenic (‑135/+145) | U712_15285/U712_15290 | Manganese‑binding lipoprotein mntA/o‑succinylbenzoate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (57/9); minor base C (0/4); total (57/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCTCCTCTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCGCGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCATTTATTCAAAATAGCAAAAT > CP006881/2963818‑2964083 | ctcctcctcTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCATGTTTGGc > 4:223304/1‑139 (MQ=255)ctcctcctcTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGc > 7:480386/1‑139 (MQ=255)ctcctcctcTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGc > 7:474084/1‑139 (MQ=255)ctcctcctcTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGc > 1:166286/1‑139 (MQ=255)ctcctcctcTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGc > 7:439947/1‑139 (MQ=255)ctcctcctcTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGc > 1:374389/1‑139 (MQ=255)ctcctcctcTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGc > 5:175187/1‑139 (MQ=255)ctcctcctcTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGc > 5:378740/1‑139 (MQ=255) ctctTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCAttt < 5:291425/138‑1 (MQ=255) ctTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTAGGCCATTTTTg > 1:156821/1‑139 (MQ=255) 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tgttgtCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTggg > 5:78802/1‑139 (MQ=255) tgttgtCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTggg > 7:308653/1‑139 (MQ=255) tgttgtCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTggg > 7:420291/1‑139 (MQ=255) tgttgtCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTggg > 1:109041/1‑139 (MQ=255) tgttgtCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTggg > 3:368467/1‑139 (MQ=255) tCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTcagc > 4:102466/1‑139 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< 6:78802/135‑1 (MQ=255) gACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACCTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGATGATATACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGca > 1:148731/1‑138 (MQ=255) aaaaaGTTACCATCATCAAAAATTATCCCGTTTGGCCATTTTTGA‑CAAGATTATTTAAAAAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAgt < 5:187817/139‑1 (MQ=255) aaaGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTGTTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAgtgt > 2:61108/1‑139 (MQ=255) aaaGTTTCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGACCACTTTTACTGTAACAGCACAgtgt > 4:350439/1‑139 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTa > 7:300427/1‑50 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTa < 8:300427/50‑1 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCAtt > 8:75244/1‑138 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCAtt > 5:6080/1‑138 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCAtt > 5:257807/1‑138 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCAtt > 3:362547/1‑138 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCAtt > 3:224786/1‑138 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCAtt > 2:300371/1‑138 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCAtt > 1:328492/1‑138 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCAATTATGT‑CAAGCTGATTTCCATAAAAAAACA‑GGCTGGGTCATCAGCCGGTCCAAAATAGAAGGGATGTATTAAACGAACACTTTTACTGTAACAGAACTGTGTCAtt > 5:322821/1‑138 (MQ=255) ttCCCTCATGCAAAATAATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGCTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCAtt > 3:23515/1‑138 (MQ=255) tCCCTCATGCAAAATTATCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCCGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAGCAGCACAGTGTCTTTTa > 4:479125/1‑139 (MQ=255) aTCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCATTTATTCAAAATAGCAAAAt > 3:13707/1‑139 (MQ=255) aTCACGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGAGGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCATTTATTCAAAATAGCAAAAt > 7:99125/1‑139 (MQ=255) | CTCCTCCTCTTTGCCATCAATGTCCGATTGTTTTATCTTATGTTGTCAGTTCTTAGACATGTGACATTAAATTAGCCAAAAGCATGTTTTATTTACACAGGACAAAAAGTTTCCCTCATGCAAAATTATCGCGTTTGGCCATTTTTGT‑CAAGCTGATTTACATAAAAAAACC‑GGCTGGGTCAGCAGCCGGTCCAAACGAGAAGGGATGTATTCAACGAACACTTTTACTGTAACAGCACAGTGTCATTTATTCAAAATAGCAAAAT > CP006881/2963818‑2964083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |