Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,285,257:1 | +T | 100% | intergenic (‑77/+143) | U712_16905 ← / ← U712_16910 | Transcriptional repressor sdpR/Glycine betaine/carnitine/choline transport system permease protein opuCD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,285,257 | 1 | . | T | 92.6% | 225.5 / 10.3 | 68 | intergenic (‑77/+143) | U712_16905/U712_16910 | Transcriptional repressor sdpR/Glycine betaine/carnitine/choline transport system permease protein opuCD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base T (33/30); total (36/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
ATCCAAAATTTTTCTCCTTGTTGGATCTGATATAGCTTTGAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAA‑TT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTTTAACAGATACTAACACATGTTGTTTATTTAAAAAAACCACCTCTGT > CP006881/3285127‑3285394 | aTCCAAAATTTTTCTCCTTGTTGGATCTGATATAGCTTTGAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAA‑tt‑ttttt > 1:386154/1‑138 (MQ=255) aTCCAAAATTTTTCTCCTTGTTGGATCTGATATAGCTTTGAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAA‑tt‑ttttt > 2:304348/1‑138 (MQ=255) aaTTTTTCTCCTTGTTGGATCTGATATAGCTTTGAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAA‑TT‑TTTTTtaaaaac < 5:390585/139‑3 (MQ=255) aaTTTTTCTCCTTGTTGGATCTGATATAGCTTTGAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAA‑TT‑TTTTTtaaaaac < 5:396934/139‑3 (MQ=255) 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cTTTGAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGAtt > 8:42569/1‑139 (MQ=255) tGAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGAttttt > 2:73511/1‑139 (MQ=255) gAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTg > 7:15309/1‑139 (MQ=255) gAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTg > 2:71865/1‑139 (MQ=255) gAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTg > 8:161112/1‑139 (MQ=255) attattCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTAtttt > 7:175533/1‑139 (MQ=255) 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ttattTTCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTTTAACAGATACTAACACATGTTGttta > 3:184546/1‑139 (MQ=255) ttattTTCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTTTAACAGATACTAACACATGTTGttta > 8:432898/1‑139 (MQ=255) ttCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTTTAACAGATACTAACACATGTAGtttattta > 4:154144/1‑138 (MQ=255) tCATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTTTAACAGATACTAACACATGTTGTTTATTTaa > 5:130720/1‑138 (MQ=255) cATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTTTAACAGATACTAACACATGTTGTTTATTTaaa < 5:160927/138‑1 (MQ=255) cATTATAACTTGAATTT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTATAACAGATACTAACACATGTTGTTTATTTaaa < 7:118722/138‑1 (MQ=255) 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a‑TT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTTTAACAGATACTAACACATGTTGTTTATTTAAAAAAACCACCTCtgt < 2:227613/138‑1 (MQ=255) | ATCCAAAATTTTTCTCCTTGTTGGATCTGATATAGCTTTGAAAACATTATTCATAGCGTTTTCTCCTTTACAAAAAAACATTTAGACATTTAGATATTTGTATAAATGTATTATTTTCATTATAACTTGAA‑TT‑TTTTTAAAAACAACCCTCAAATTGGTTATAATATCTGATTTTTGTATTTTTTCAAATACTCGGATAATCCCAACGCTGGAAAATATGTTTAACAGATACTAACACATGTTGTTTATTTAAAAAAACCACCTCTGT > CP006881/3285127‑3285394 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |