| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 3,723,022 | G→A | 100% | intergenic (‑136/‑165) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,723,022 | 0 | G | A | 100.0% | 410.5 / NA | 118 | intergenic (‑136/‑165) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/81); total (37/81) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GTTTCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACT > CP006881/3722889‑3723153 | gTTTCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGaa > 7:177971/1‑138 (MQ=255) tttCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAAt < 1:287470/138‑1 (MQ=255) tctcCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTATAGGTCTTGACTGCTTTACAAGTCACAATCCAGATTATTCAGATTAAGAATaag > 8:133482/1‑137 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCt < 8:116085/137‑1 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCt < 8:316388/137‑1 (MQ=255) cccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtc < 2:283383/139‑1 (MQ=255) cTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcat < 7:128744/139‑1 (MQ=255) ttttATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACTAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCAGTTACGCAAAGTTTAGGTATTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCATATTAAGAATACGCTTtcat > 5:150271/1‑138 (MQ=255) ttatttaAACTAAAAAGACCTAAAATTCGCCTACGAATATAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCTGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcatca < 7:345225/138‑1 (MQ=255) ttatttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcatca < 2:270053/138‑1 (MQ=255) atttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATa < 8:39176/138‑1 (MQ=255) aaaCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAATTTTTAGGTCTTGCATGCTTTACCAGTCACAATCACCCTTAGTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAAtca > 6:292345/1‑137 (MQ=255) aaaCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAAtca > 4:10990/1‑137 (MQ=255) aaCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCAt > 6:93211/1‑139 (MQ=255) aaCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATACTTTTTCATTTACTAAAATTTTAGGTCTTGACTGCTTTACAAGTCACAATCCCTCTTATTCAGATTAAGAATACGATTACATCATaaaaaat > 2:220848/1‑135 (MQ=255) aCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt < 1:41592/125‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |