| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006881 | 3,723,045 | T→C | 100% | intergenic (‑159/‑142) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,723,045 | 0 | T | C | 100.0% | 410.9 / NA | 114 | intergenic (‑159/‑142) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (38/76); total (38/76) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAA > CP006881/3722909‑3723172 | aaCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCAt > 6:93211/1‑139 (MQ=255) aaGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCg < 5:69942/139‑1 (MQ=255) aaaTTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTc < 4:436531/139‑1 (MQ=255) gCCAACGAATAAAGGACACAGCGCTCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACtat > 7:281237/1‑137 (MQ=255) 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cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCTTGCTATACTATTCTCaataat > 4:237837/1‑134 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 7:21506/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 6:128506/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 4:387571/1‑138 (MQ=255) tcatcaTAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:185563/109‑1 (MQ=255) tcatcaTAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTTTT‑AGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 1:185563/1‑109 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |