| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,191,246 | A→G | P41P (CCT→CCC) | U712_10975 ← | Tryptophan synthase beta chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,191,246 | 0 | A | G | 98.4% | 202.9 / NA | 64 | P41P (CCT→CCC) | U712_10975 | Tryptophan synthase beta chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (36/27); minor base T (0/1); total (36/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAATTTCTTCTAACGGCTGCATCAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCGCCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGATTCA > CP006881/2191113‑2191377 | tATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGat < 7:368066/138‑1 (MQ=255)tATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGat < 5:295847/138‑1 (MQ=255) tttAAATCTTCTCGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATACTACTCGTCACGAATAGCGGGATCATCCt > 4:398938/1‑139 (MQ=255) tAAATCTTCTCGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCtt > 3:187940/1‑138 (MQ=255) tAAATCTTCTCGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCtt > 3:287264/1‑138 (MQ=255) ttcttctCGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTGAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTGTCGAAAATCTGGATCATCCTTGAtt < 4:208261/138‑2 (MQ=255) aTCTTCTCGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGAtt < 4:287264/139‑2 (MQ=255) ctcGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGAtttgtt > 3:4694/1‑133 (MQ=255) ctcGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGAtttgtt > 7:35339/1‑133 (MQ=255) ctcGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGAtttg < 6:179664/136‑4 (MQ=255) 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tcttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACatat > 6:415524/6‑139 (MQ=255) tcttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACatat > 7:416258/6‑139 (MQ=255) cttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGatat > 5:140528/5‑128 (MQ=255) cttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGatat < 6:140528/124‑1 (MQ=255) cttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATc > 8:280526/5‑139 (MQ=255) ttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCaaa > 8:327620/4‑96 (MQ=255) 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ttcaCGAAAACCGTGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGGTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGGTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACatat < 4:250973/134‑1 (MQ=255) caCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCggt > 3:374931/2‑137 (MQ=255) caCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTGTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGa > 3:157449/2‑128 (MQ=255) caCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTGTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGa < 4:157449/127‑1 (MQ=255) gAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGGTTCa > 5:266771/1‑139 (MQ=255) gAAAAGCGGGATCATCCTTGATTAGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGGTTc > 5:261030/1‑138 (MQ=255) | TATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAATTTCTTCTAACGGCTGCATCAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCGCCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGATTCA > CP006881/2191113‑2191377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |