| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,191,261 | C→T | E36Q (GAG→CAA) | U712_10975 ← | Tryptophan synthase beta chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,191,261 | 0 | C | T | 98.3% | 178.4 / NA | 58 | E36Q (GAG→CAA) | U712_10975 | Tryptophan synthase beta chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (30/27); minor base A (1/0); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAATTTCTTCTAACGGCTGCATCAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCGCCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGATTCATCCTTTC > CP006881/2191136‑2191384 | aaatagatTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGctg > 6:292711/1‑137 (MQ=255)aaatagatTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGct < 3:66923/138‑2 (MQ=255) tttCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCGTTGATTTGTTTAAATGCTGtt > 1:36860/1‑133 (MQ=255) gttaatGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTc > 3:448431/6‑139 (MQ=255) tGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAAGGGGTGCTTGAGTGTTACCGGAACAAACTTTCCGcc > 2:45147/1‑138 (MQ=255) tGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATATAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGcc > 8:232538/1‑138 (MQ=255) tccGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTAt < 7:314587/138‑1 (MQ=255) tccGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTAt < 3:53854/138‑1 (MQ=255) tccGGAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTAt < 5:292711/138‑1 (MQ=255) gAATAGTCCTTTAACAGCTTATAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGc < 4:446522/139‑1 (MQ=255) 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ttatAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATca < 2:169817/108‑2 (MQ=255) ttatAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATg > 3:270857/4‑139 (MQ=255) tatAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTAt > 2:10416/3‑116 (MQ=255) tatAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTAt < 1:10416/114‑1 (MQ=255) tAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGa < 3:321371/138‑1 (MQ=255) tAATACTCTTCACGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGa < 2:336044/138‑1 (MQ=255) tcttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGata < 6:345756/123‑1 (MQ=255) tcttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGata > 5:345756/6‑128 (MQ=255) tcttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACatat > 6:415524/6‑139 (MQ=255) tcttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACatat > 7:416258/6‑139 (MQ=255) cttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGatat > 5:140528/5‑128 (MQ=255) cttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGatat < 6:140528/124‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttcaCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCg > 3:431576/4‑139 (MQ=255) ttcaCGAAAACCGTGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGGTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGGTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACatat < 4:250973/134‑1 (MQ=255) caCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCggt > 3:374931/2‑137 (MQ=255) caCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTGTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGa < 4:157449/127‑1 (MQ=255) caCGAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTGTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGa > 3:157449/2‑128 (MQ=255) gAAAAGCGGGATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGGTTCa > 5:266771/1‑139 (MQ=255) gAAAAGCGGGATCATCCTTGATTAGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGGTTc > 5:261030/1‑138 (MQ=255) agcgggATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGGTTCATCCt < 4:374931/135‑1 (MQ=255) cgggATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGGTTCATCCttt < 3:387364/137‑1 (MQ=255) gggATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGTATACATATCGGTTCATCCTttc < 7:280526/138‑1 (MQ=255) gggATCATCCTTGATTTGTTTAAATGCTGTTTGTATTTCATCTAACGGCTGCATGAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCACCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGGTTCATCCTttc < 8:388144/138‑1 (MQ=255) | AAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAATTTCTTCTAACGGCTGCATCAGTGTTTCCGGAACAAACTTTCCGCCAAAATCGCCGTATCTGCCTATTTCATTCGGATATGGATACATATCGATTCATCCTTTC > CP006881/2191136‑2191384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |