| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,192,827 | T→C | L312L (CTA→CTG) | U712_10990 ← | Anthranilate phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,192,827 | 0 | T | C | 98.3% | 191.3 / NA | 60 | L312L (CTA→CTG) | U712_10990 | Anthranilate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (32/27); minor base A (0/1); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGGCAAGACCAGTGTTTTTACTTCTTCTTTCTTTTGTTTAATGATGTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAATGCTAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTGATCCCCGCCGTGTATATCGCAGCCCCTGCATTAAAAGCTGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAATATTCTGAATGAGACAGGCA > CP006881/2192696‑2192956 | ccGGCAGAACCAGTGTTTTCACTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCt < 8:199455/136‑1 (MQ=255)ccGGCAGAACCAGTGTTTTCACTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCg < 3:310574/139‑1 (MQ=255) ggcagaaCCAGTGTTTTCACTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGtt > 1:26420/7‑139 (MQ=255) agaaCCAGTGTTTTCACTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTACTCGTCTCTAACGCCAGCTCCGtgccg > 4:395706/4‑138 (MQ=255) agaaCCAGTGTTTTCACTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGttcct < 5:98294/136‑1 (MQ=255) agaaCCAGTGTTTTCACTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGttcct < 3:170491/136‑1 (MQ=255) ttcaCTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGa < 1:234921/135‑1 (MQ=255) tcaCTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAg < 2:33513/136‑1 (MQ=255) aCTTCTTCTTTCTTTTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCg > 8:121676/1‑139 (MQ=255) ctttctttTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAAttc > 3:146004/1‑137 (MQ=255) tctttTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCccg > 6:25872/1‑139 (MQ=255) ctttTGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCccg < 7:175337/138‑1 (MQ=255) ttGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCATCTCCGTTCCTTCCTTGAGTGAGGCGGTAATTCccgcc < 3:204546/137‑1 (MQ=255) tGTTTGATGATTTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCgtg > 6:216556/1‑139 (MQ=255) aTCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCACGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAg < 4:231666/139‑1 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAAt > 3:303112/1‑99 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAAt < 4:303112/99‑1 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAg < 1:150946/134‑1 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAg > 2:150946/1‑134 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAg < 5:158712/134‑1 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAg > 5:251999/1‑134 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAg < 6:251999/134‑1 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTAAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGt > 5:205009/1‑138 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGACTCTAACGCCAGCTCAGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTACCGCCGTGTAAAACGCAGCACCCGCAATAAAAGCCGt > 2:137869/1‑138 (MQ=255) ttCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTACAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAAACGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTAAGAGAGGCGGTAATTCCCGCCGAGTAAAAAGCACCACCCCCAATAAAAGCCGt > 3:396990/1‑138 (MQ=255) ttCCTCGTTATGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCTGCGCCTCCGCTTGTAATCGGCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGcc < 6:67825/136‑2 (MQ=255) ctTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAg > 1:228587/1‑129 (MQ=255) ctTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAg < 2:228587/129‑1 (MQ=255) ctTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTACCGCCGTGTAAAACGCACCAACCCCATAAAAAGCCGTAATat > 6:79504/1‑137 (MQ=255) ctTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCGTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCCGCACCCGCAGTAAAAGCCGTaa > 6:107371/1‑135 (MQ=255) ctTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGAGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGGGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGa < 7:210062/139‑1 (MQ=255) tCTGCTTTAGTCGTTCATGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCGGTAAAAGa < 8:9858/136‑1 (MQ=255) tCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGa < 5:216556/136‑1 (MQ=255) tGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCccgcc > 7:26215/1‑96 (MQ=255) tGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCccgcc < 8:26215/96‑1 (MQ=255) cTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAg < 2:26420/137‑1 (MQ=255) cTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCg > 4:437795/1‑139 (MQ=255) tttAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCgg < 5:25872/139‑1 (MQ=255) ttAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCgg > 7:80876/1‑138 (MQ=255) tAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTGCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCCCCCGCATTAAAATCCGTAATAGAAAAAGCGGaa > 5:255380/1‑139 (MQ=255) aGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAAc > 5:143976/1‑139 (MQ=255) aGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAAc > 3:125565/1‑139 (MQ=255) gTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAAc < 6:143976/138‑1 (MQ=255) gTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAAc < 4:125565/138‑1 (MQ=255) tCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCccgcc < 8:444625/84‑1 (MQ=255) tCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCccgcc > 7:444625/1‑84 (MQ=255) tCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACtgctgc > 4:447393/1‑139 (MQ=255) cAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTgctgct > 3:52571/1‑139 (MQ=255) cgcgGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTAttt > 6:357608/1‑139 (MQ=255) ggggCAGGGCCTCCGATTGTATTCGTCTCAAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATACCCGCGGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATTGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTAtttt < 2:196190/137‑1 (MQ=255) cgcCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTGCAGTGAGGCGGGAATTCCCGCCGTGTAAATAGCCGCCCCCGCATTTAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGGGTTTATTTTCaaaaa > 5:68417/1‑138 (MQ=255) ccTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAatat > 6:340727/1‑139 (MQ=255) ccTCCGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCGTTTATTTTCAAAAatat > 6:338272/1‑139 (MQ=255) ccGCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAATATTCt > 3:441631/1‑139 (MQ=255) gCTTGTAATCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAATATTCTg > 3:312976/1‑138 (MQ=255) ggaaTCGTCGCTAACGCACTCGCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCATCAACCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAATATTCTGAAt < 6:391714/135‑1 (MQ=255) aTCGTCTCTAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAATATTCTGAATgagat < 5:218920/139‑2 (MQ=255) ctctAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAATATTCTGAATgagataagcg > 8:48770/1‑133 (MQ=255) ctctAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCCCATTAAAAGCCGAAATAGATAAACAGGAACTGCTGCTTTTATTTTAAAAAATATTGTGAATgagaaaaacg > 6:250962/1‑133 (MQ=255) tAACGCCAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTAATTCCCGCCGTGTAAATCGCAGCACCCGCATTAAAAGCCGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAATATTCTGAATgagataagcg < 3:395706/136‑7 (MQ=255) | CCGGCAAGACCAGTGTTTTTACTTCTTCTTTCTTTTGTTTAATGATGTTTTCAAGCATAGATCTCTTCCTCTTTCTGCTTTAGTCGTTCAAGCTGCGCGGCAGCGCCTCCGCTTGTAATCGTCTCTAATGCTAGCTCCGTTCCTTCCTTCAGTGAGGCGGTGATCCCCGCCGTGTATATCGCAGCCCCTGCATTAAAAGCTGTAATAGATAAAGCGGAACTGCTGCTTTTATTTTCAAAAATATTCTGAATGAGACAGGCA > CP006881/2192696‑2192956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |