Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,195,039 | T→A | T81A (ACA→GCT) | U712_10995 ← | Anthranilate synthase component 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,195,039 | 0 | T | A | 98.2% | 143.9 / NA | 56 | T81A (ACA→GCT) | U712_10995 | Anthranilate synthase component 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (36/18); minor base C (0/1); total (36/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCTCCGCCGACAAAAGGAATGCCTAGCTCTGGCGTTTTGATTTTGTACGTGGTATTCATCCAATTCAGAACTTCTTTAAGTTCATTTCCTGTGTAATGAGATCTGCCGTCATGATCTGTAGCTGTAAAACGGCTCTGCTTTTCTTTAATCGTGAGGAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTTGACCAATTGGATGTATCATCCTTGCTTTCAAGAAGATACGTAATCTCCCTGTCGAG > CP006881/2194922‑2195164 | aGCTCCGCCGACAAAAGGAATGCCAAGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGc < 6:400834/139‑1 (MQ=255) cTCCGCCGACAAACGGAATGCCAAGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGATATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCTAAAAACGGCCCTGCtc < 4:54322/139‑2 (MQ=255) cTCCGCCGACAAAAGGAATGCCAAGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCTAAAAACGGCCCTGCtc < 6:133882/139‑2 (MQ=255) cTCCGCCGACAAAAGGAATGCCAAGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCtc > 2:353355/1‑138 (MQ=255) cgccgACAAAAGGAATGCCAAGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTc > 8:63679/1‑139 (MQ=255) ccgACAAAAGGAATGCCAAGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTcttctt > 1:44979/1‑139 (MQ=255) aaGGAATGCCAAGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGATATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGt < 3:124436/139‑1 (MQ=255) tGCCAAGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGaaa > 5:378905/1‑139 (MQ=255) ccaaGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATg > 1:44135/4‑139 (MQ=255) aGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAACCGGCCATGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGTAt > 4:285054/1‑139 (MQ=255) aGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGAt > 1:245583/1‑139 (MQ=255) aGCTCAGGTGTTTTGATTTTGTATGTGGTATTAATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGCCCCGGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGAt > 5:147186/1‑139 (MQ=255) gtttGATTTTGTATGGGGTACTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTGGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGAt < 4:142123/138‑1 (MQ=255) tttGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTATTTCTTTTCCTGTGTAAAGTGTTTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAACACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGAt < 1:353355/138‑1 (MQ=255) tttGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGAt < 3:435626/138‑1 (MQ=255) ttGATTTTGTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGACGa > 5:13637/1‑136 (MQ=255) gacaggTATGTGGTATTCATCCAGTTCAGAACTTCTTTTTGTTAATTTCCTGTGTAAAGTGATTTGCTGTCCTTATCAGCGGCCTAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACg < 4:128686/134‑1 (MQ=255) tatgTGGTATTCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAatat < 6:168922/135‑1 (MQ=255) ttCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCaa < 4:317114/138‑1 (MQ=255) tCATCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGAcctgtc > 3:128686/1‑135 (MQ=255) aTCCAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTgg > 1:358375/1‑139 (MQ=255) aTCCAGTTCAGCACTTATTTTAGTTAATTTCCTGTTTAAATATATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTgg < 6:226441/139‑1 (MQ=255) ccAGTTCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAATTGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGAt > 4:425600/1‑139 (MQ=255) cagttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATg < 8:35903/136‑1 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTGTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATTTCTGGACCATGTGGATGTa > 4:91222/2‑139 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTa > 3:267514/2‑139 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTa > 2:116946/2‑139 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTa > 5:226441/2‑139 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTa > 5:161447/2‑139 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTa > 4:443346/2‑139 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTa < 2:44135/138‑1 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGAACAAGTGGATGTa > 3:276023/2‑139 (MQ=255) gttCAGCACTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGACCTGCTCGTCTTTAATTGTGATAAATGGAGTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACAAAGTGGAtcga > 8:52085/2‑136 (MQ=255) agcaCTTCTTTAAGATCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGCATGTatcgc > 3:342758/4‑137 (MQ=255) caCTTCTTTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAAGTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTcc > 4:398875/2‑139 (MQ=255) aCTTTTTTTAGTTAATTTCCTTTTTAAATAGATTTGCTGTCCTGATCCGCGGCCGAAACACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCt < 2:358375/139‑1 (MQ=255) tcttTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGc > 1:301064/1‑139 (MQ=255) cttTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCaag > 2:84759/1‑119 (MQ=255) cttTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCaag < 1:84759/120‑2 (MQ=255) cttTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCt > 4:148806/1‑139 (MQ=255) cttTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCt > 1:323632/1‑139 (MQ=255) cttTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCt > 5:370231/1‑139 (MQ=255) cttTTAGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCt > 2:6039/1‑139 (MQ=255) aGTTCATTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTc > 8:390762/1‑137 (MQ=255) aGTTCATTTCATTTGTAATGAGATTTGCTGTCCTGATCTGCGCCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTTGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCa < 8:295499/138‑1 (MQ=255) aTTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCaag > 5:295065/1‑135 (MQ=255) aTTTCCTGTGTAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCaag > 2:407709/1‑135 (MQ=255) gtgtAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTg > 2:325122/1‑105 (MQ=255) gtgtAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTg < 1:325122/105‑1 (MQ=255) tgtAAAGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGAACAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTGTCAAGAAGATACGaaa > 3:115691/1‑138 (MQ=255) aagagaTTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCAAGAAGATACGTAATCTcc < 8:426082/137‑1 (MQ=255) aTGAGATTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCGCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCAAGAAGATACGTAATCTcc < 7:318439/139‑1 (MQ=255) agagaTTTGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCAAGAAGATACGTAATCTccc < 3:148806/138‑1 (MQ=255) tttGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCTAGAAGATACGTAATCTCCCTGTc > 1:228610/3‑138 (MQ=255) tttGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCAAGAAGATACGTAATCTACCTGTc > 4:140138/3‑138 (MQ=255) tGCTGTCCTGATCAGCGGCCGAAAAACGGCCCTGCTCTTCTTTAATTGTGAGAAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTGGACCAAGTGGATGTATCGTCCTTGCTTTCAAGAAGATACGTAATCTCCCTGTCAAg > 1:365240/1‑139 (MQ=255) | AGCTCCGCCGACAAAAGGAATGCCTAGCTCTGGCGTTTTGATTTTGTACGTGGTATTCATCCAATTCAGAACTTCTTTAAGTTCATTTCCTGTGTAATGAGATCTGCCGTCATGATCTGTAGCTGTAAAACGGCTCTGCTTTTCTTTAATCGTGAGGAATGGATTCAGGCCGATAAACGAATATCTTGACCAATTGGATGTATCATCCTTGCTTTCAAGAAGATACGTAATCTCCCTGTCGAG > CP006881/2194922‑2195164 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |