| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,198,177 | A→G | intergenic (‑40/+35) | U712_11010 ← / ← U712_11015 | Chorismate synthase/Chemotaxis protein methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,198,177 | 0 | A | G | 96.9% | 89.4 / NA | 32 | intergenic (‑40/+35) | U712_11010/U712_11015 | Chorismate synthase/Chemotaxis protein methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (22/9); minor base T (1/0); total (23/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATATCTTCCTCCGTTATGTAAAGCCCGGCAGGCACACCTTCAATAATGGTTGTCAGTTGGGGGCCGTGTGATTCTCCGGCTGTTAAATATCTCATGACTTCTTCTCCCTTCATCGCATTAACGCTTTTAAGTAAAACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAAGTCAGTCTATCTTTTTTGATAAAAGAATGTATCGGCTGGAGCCAGGCCAAATTTCTCCGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAATAGGACTCCATT > CP006881/2198042‑2198307 | gATATCTTCCTCCGTTATGTAAAGCCCGGCAGGTACACCCTCAATAATGGTTGTCAGTTGGGGGCCGTGTGATTCTCCGTCTGTTAAATATCTCATGACTTCTTCTCCCTTCATCGCATTAACGCTTTTAAGTAAGac < 5:174228/138‑1 (MQ=255) tGTAAAGCCCGGCAGGTACACCCTCAATAATGGTTGTCAGTTGGGGGCCGTGTGATTCTCCGGCTGTTAAATATCTCATGACTTCTTCTCCCGTCATCGCATTAACGCTTTTAAGTAAGACTACTATAACATAttttt > 3:379362/1‑138 (MQ=255) cccGGCAGGTACACCCTCAATAATGGTTGTCAGTTGGGGGCCGTGTGATTCTCCGGCTGTTAAATATATCATGACTTGTTCTCCCTTCATACCAATAACGCTTTTAATTAAGACTACTATAACATATTTTTCAGCaaa > 7:357518/1‑138 (MQ=255) ggcaggtaCACCCTCAATAATGGTTGTCAGTTGGGGGCCGTGTGATTCTCCGGCTGTTTAATTTCTCATGACTTATTGTACCTTGATAGCATTAACGCTTTTAAGTAAGACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAagt > 4:168790/1‑139 (MQ=255) 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ttAAGTAAGACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAAGTCAGTCTATCTTTTTTGATAAAAGAATGTATCGGCTGGGACTAGGCCAAATTTCTCGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCAtt > 5:153629/1‑139 (MQ=255) ttAAGTAAGACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAAGTCAGTCTATCTTTTTTGATAAAAGAATGTATCGGCTGGGACTAGGCCAAATTTCTCGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCAtt > 2:29975/1‑139 (MQ=255) ttAAGTAAGACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAAGTCAGTCTATCTTTTTTGATAAAAGAATGTATCGGCTGGGACTAGGCCAAATTTCTCGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCAtt > 1:433449/1‑139 (MQ=255) taagtaagTCTATTTTAACATATTTTTCAGAATAAAGTCAGTATTTCTTTTTTGATAAAAGAATGTAGCGGCTGGGTCTAGGCCATATTTCTGGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAATAGAACTGCAtt < 5:200524/138‑1 (MQ=255) taagtaagACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAAGTCAGTCTATCTTTTTTGATAAAAGAATGTATCGGCTGGGACTAGGCCAAATTTCTCGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCAtt < 8:154119/138‑1 (MQ=255) taagtaagACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAAGTCAGTCTATCTTTTTTGATAAAAGAATGTATCGGCTGGGACTAGGCCAAATTTCTCGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCAtt < 1:231756/138‑1 (MQ=255) tAATTAAGACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAAGTCAGTCTATCTTTTTTGATAAAAGAATGTATCGGCTGGGACTAGGCCAAATTTCTCGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCAtt < 8:357518/138‑1 (MQ=255) | GATATCTTCCTCCGTTATGTAAAGCCCGGCAGGCACACCTTCAATAATGGTTGTCAGTTGGGGGCCGTGTGATTCTCCGGCTGTTAAATATCTCATGACTTCTTCTCCCTTCATCGCATTAACGCTTTTAAGTAAAACTACTATAACATATTTTTCAGCAAAAAGTCAGTCTATCTTTTTTGATAAAAGAATGTATCGGCTGGAGCCAGGCCAAATTTCTCCGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAATAGGACTCCATT > CP006881/2198042‑2198307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |