| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,199,165 | A→G | intergenic (‑183/+57) | U712_11015 ← / ← U712_11020 | Chemotaxis protein methyltransferase/Nucleoside diphosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,199,165 | 0 | A | G | 96.7% | 172.1 / ‑6.5 | 61 | intergenic (‑183/+57) | U712_11015/U712_11020 | Chemotaxis protein methyltransferase/Nucleoside diphosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base G (26/32); minor base C (0/2); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCAGGAAATTGTATTGTTTCAATAAAAAAATCAGCTTTGCAGCTGATTTTAGATCGTTAGAAAAGGCAGGAGTCTGGTACACCCTGCCAATAAACGCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAAGAAAACGAAAACCGACGGCATTACTTGGTGCCGGCTCTGTTACTTATTTTCATTAACGATTAATAGATCCAGCCTGCCATGAGCTGTTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGAAAATGTTAATCTCGC > CP006881/2199034‑2199295 | aTCAGGAAATTTTATTGTTTAAAAAAAAAAATCAGCTTTTCAGTTTTTTTTTGATCGTTGGGAAAGGCAGAGGTCTTAGGCACACTGCAATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTAAAAAAAcacaacaaa < 8:81807/138‑1 (MQ=255) tCAGGAAATTGTATTGTTTCAATAAAAAAATCAGCTTTTCAGCTGATTTTAGATCGTTGGGAAAGGCAGAGGTCTGATGCACACTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAAcagaacaaaaa > 6:149582/1‑139 (MQ=255) gAAATTGTATTGTTTCAATAAAAAAATCAGCTTTTCAGCTGATTTTAGATCGTTGGGAAAGGCAGAGGTCTGATGCACACTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCgg < 4:144259/139‑2 (MQ=255) gAAATTGTATTGTTTCAATAAAAAAATCAGCTTTTCAGCTGATTTTAGATCGTTGGGAAAGGCAGAGGGCTGATGCACACTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAACCCgg < 3:394348/139‑2 (MQ=255) aaaTTGTATTGTTTCAATAAAAAAATCAGCTTTTCAGCTGATTTTAGATCGTTGGGAAAGGCAGAGGTCTGATGCACACTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCgg < 7:382200/138‑2 (MQ=255) atttgttttgttTCAAAAAAAAAATCTGCTTTTCTGCTGATTTTTTATCGTTGGTAACGGCAGTGGTCTGATGCACACTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACACAACAAAAACCggc < 6:17894/136‑3 (MQ=255) atttgttttgttTAAATAAAAAAATCAGCTTTTCAGCTGATTTTAGTTAGTTGGGAAAGGCAGAGGTCTGATGCACTCTGCTATTGAACCCTTTATTAACTTTATTGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCg < 3:345529/137‑1 (MQ=255) acaggtattttTTCAATAAAAAAATCAGCTTTTCAGCTGATTTTATATCGGTGCGAAAGGCAGAGGTCTGATGCACACTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCggc < 4:357629/134‑3 (MQ=255) aaTTGTATTGTTTCAATAAAAAAATCAGCTTTTCAGCTGATTTTAGTTCTTTGGGAACGGCAGAGGTCTGATGCACACTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATTTAAACCTTAACAAAACAGAAAAAAAACCggc < 4:80069/138‑3 (MQ=255) aaTTGTATTGTTTCAATAAAAAAATCAGCTTTTCAGCTGATTTTAGATCGTTGGTAAAGGCAGAGGTCTGATGCACACTGCAATTCAACCCTTTATTCACTTTAATTTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCggc < 6:424497/138‑3 (MQ=255) 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aaaGGCAGAGGTCTGATGCACACTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGc < 8:43816/139‑1 (MQ=255) cagaggTCTGATGCACACTGCCATTCCACCCGTTATTCACTTTAATGTAATCGTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGc > 3:220989/6‑138 (MQ=255) cacaCTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCtgat < 7:117858/139‑1 (MQ=255) cacTGCCATTCAACCCTTTATTAACTTTAATGTAAACATTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTTCCGGCTCTGTTGCTTAATTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCtgatat > 6:83082/3‑139 (MQ=255) acTGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCtgatat > 2:32073/2‑138 (MQ=255) tGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTatat > 7:185626/1‑67 (MQ=255) tGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTatat < 8:185626/70‑4 (MQ=255) tGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCt > 4:54843/1‑88 (MQ=255) tGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCt < 3:54843/88‑1 (MQ=255) tGCCATTCAACCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCtgatatga > 4:284380/1‑138 (MQ=255) ccattcaaCCCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATAc > 4:425643/7‑139 (MQ=255) cccTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAAttctt < 1:410688/137‑1 (MQ=255) cccTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAAttct > 1:133057/3‑138 (MQ=255) 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tttAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTT‑AACAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATTTGATACTAATTCTTCATTCTTAAAg > 6:48994/1‑138 (MQ=255) tAATGTAAACCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGa < 1:32073/137‑1 (MQ=255) aCCTTTACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGAAAATGTTaa > 5:362690/1‑138 (MQ=255) aCCTTTACAAAACAAAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGAAAATGTTaa > 6:413220/1‑138 (MQ=255) ttACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTTCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAATTATTCATTCTTAAAGAAAATGTTAATCTcg > 7:158587/1‑139 (MQ=255) tACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTACTAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGAAAATGTTAAtctc < 6:348082/137‑1 (MQ=255) tACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGAAAATGTTAAtctc < 6:363057/137‑1 (MQ=255) tACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGAAAATGTTAAtctc < 5:96631/137‑1 (MQ=255) tACAAAACAGAACAAAAACCGGCGGCGTTATATGTTGCCGGCTCTGTTGCTTATTTTCA‑CAATGATTAATAGATCCAGCCTGCCATAAGCTGCTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGAAAATGTTAATCTcgc > 5:372199/1‑139 (MQ=255) | ATCAGGAAATTGTATTGTTTCAATAAAAAAATCAGCTTTGCAGCTGATTTTAGATCGTTAGAAAAGGCAGGAGTCTGGTACACCCTGCCAATAAACGCTTTATTCACTTTAATGTAAACCTTTACAAAAGAAAACGAAAACCGACGGCATTACTTGGTGCCGGCTCTGTTACTTATTTTCATTAACGATTAATAGATCCAGCCTGCCATGAGCTGTTGATATGATACTAATTCTTCATTCTTAAAGAAAATGTTAATCTCGC > CP006881/2199034‑2199295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |