| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,414,353 | A→G | intergenic (+75/‑48) | U712_12290 → / → U712_12295 | Uncharacterized protein yqfQ/4‑hydroxy‑3‑methylbut‑2‑enyl diphosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,414,353 | 0 | A | G | 97.9% | 147.8 / NA | 48 | intergenic (+75/‑48) | U712_12290/U712_12295 | Uncharacterized protein yqfQ/4‑hydroxy‑3‑methylbut‑2‑enyl diphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (23/24); minor base C (1/0); total (24/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTCTCCTGCTCCGAAAAGAACATCAGGCAGTTCAAAACCGAGATTATATATTTAACATTCTTTGATATCTTAAGTGAGATTGGCTATAATGAGATCAGAAGAATGCAAGAATAGAGCCGTTTGATTACGACTTTTTATATTGCCTTTACTCACTTCAGTATTGGAGGACAACCGAAAATGGACGTAATTAAAATTTC‑ACCGCGCGGCTATTGCTATGGTGTTGTTGATGCTATGGTCATTGCCAAAAATGCGTCGCTA > CP006881/2414223‑2414481 | ccTCTCCTGCTCCGAAAAGAACATCAGGCAGTTCAAAACCGAGATTATATATTTAACATTCTTTGATATCTTAAGTGAGATTGGCTATAATGAGATCAGAAGAATGCAAGAATAGAGCCGTTTGCTTACGGCTTTTtat > 8:259172/1‑139 (MQ=255) tcCTGCTCCGAAAAGAACATCAGGCAGTTCAAAACCGAGATTATATATTTAACATTCTTTGATATCTTAAGTGAGATTGTCTATAATGAGATCAGAAGAATGCAAGAATAGAGCCGTTTGATTACGGCTTTTTatat < 7:8119/137‑1 (MQ=255) tcCTGCTCCGAAAAGAACATCAGGCAGTTCAAAACCGAGATTATATATTTAACATTCTTTGATATCTTAAGTGAGATTGGCTATAATGAGATCAGAAGAATGCAAGAATAGAGCCGTTTGATTACGGCTTTTTatat < 2:184643/137‑1 (MQ=255) tcCTGCTCCGAAAAGAACATCAGGCAGTTCAAAACCGAGATTATATATTTAACATTCTTTGATATCTTAAGTGAGATTGGCTATAATGAGATCAGAAGAATGCAAGAATAGAGCCGTTTGATTACGGCTTTTTatat < 7:84378/137‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |