Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,723,022 | G→A | intergenic (‑136/‑165) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,723,022 | 0 | G | A | 99.0% | 304.6 / NA | 98 | intergenic (‑136/‑165) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/62); minor base T (0/1); total (35/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATG > CP006881/3722891‑3723156 | ttCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATa < 5:70480/138‑1 (MQ=255) ctcCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACg < 5:166161/138‑1 (MQ=255) cccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCGTATTCAGATTAAGAATACGCtt > 2:180355/1‑139 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAATACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTTCTTTACAAGTCAAAATCACGCTTATTCAGATTAAGAATACGCtt > 5:430429/1‑138 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt < 3:192154/139‑1 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt < 3:185379/139‑1 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt < 5:59236/139‑1 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt > 2:53751/1‑139 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt < 2:387664/139‑1 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGAttt > 7:317587/1‑139 (MQ=255) cccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtc < 8:119163/139‑1 (MQ=255) cccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtc < 4:193526/139‑1 (MQ=255) cTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcat < 7:62140/139‑1 (MQ=255) ttttATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcat > 6:65466/1‑138 (MQ=255) tttatttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcatc > 7:438884/1‑138 (MQ=255) ttatttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcatca < 8:317587/138‑1 (MQ=255) ttatttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcatca < 1:177480/138‑1 (MQ=255) atttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATa < 5:65466/138‑1 (MQ=255) taAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTTCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGATTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAAt < 1:283426/138‑1 (MQ=255) aaaCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAAtca > 5:88901/1‑137 (MQ=255) aCAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCAt > 8:366537/1‑138 (MQ=255) cGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACta > 5:444067/1‑138 (MQ=255) 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tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTATTTAATTAGTTTgttt > 2:320050/1‑135 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATATTTTGATa > 4:44922/1‑138 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTGATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATATTTTGATa > 3:244469/1‑138 (MQ=255) cTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATata < 7:434126/138‑3 (MQ=255) cTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATat < 6:430429/137‑2 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 1:112077/1‑137 (MQ=255) 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aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:180355/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:344148/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:282326/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTAATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:13056/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCGTTCATCCTAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:232753/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 1:64552/138‑1 (MQ=255) 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aGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACt < 7:320852/138‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 5:52676/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:52676/124‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 2:305711/1‑139 (MQ=255) | TTCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTTT‑TTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATG > CP006881/3722891‑3723156 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |