| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP006881 | 4,023,241 | A→G | L163L (TTA→TTG) | U712_20780 → | Uncharacterized protein yyaC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP006881 | 4,023,241 | 0 | A | G | 98.1% | 325.9 / NA | 104 | L163L (TTA→TTG) | U712_20780 | Uncharacterized protein yyaC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (40/61); minor base T (0/2); total (40/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AGAGTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTACAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCGCATATAAAATAA > CP006881/4023105‑4023375 | agagTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCa < 5:166880/139‑1 (MQ=255)agagTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCa < 1:295499/139‑1 (MQ=255)agagTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCa < 1:256683/139‑1 (MQ=255)agagTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTACa < 8:148471/139‑1 (MQ=255) 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aGCGGTTTTATGGAATAATTTGTATTGCAAAATACTATACTCAACTTGGTGATGAATATTGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGTGTTTAAAAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGc > 7:275558/1‑139 (MQ=255) tGGAATATTTTGTATTTAAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGgc < 3:81723/138‑1 (MQ=255) atatTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGaa > 7:65657/1‑103 (MQ=255) atatTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGaa < 8:65657/103‑1 (MQ=255) tatTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCTCata > 2:172451/1‑138 (MQ=255) tatTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCGCata > 7:122080/1‑138 (MQ=255) tttGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAg < 6:440496/55‑1 (MQ=255) tttGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAg > 5:440496/1‑55 (MQ=255) tttGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa > 3:115888/1‑82 (MQ=255) tttGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 4:115888/82‑1 (MQ=255) aTTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCGCATataaaataa > 5:382020/1‑138 (MQ=255) | AGAGTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTACAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCGCATATAAAATAA > CP006881/4023105‑4023375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |