| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,175,587 | C→T | T159T (ACG→ACA) | U712_10880 ← | putative glycosyltransferase ypjH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,175,587 | 0 | C | T | 98.4% | 189.0 / NA | 62 | T159T (ACG→ACA) | U712_10880 | putative glycosyltransferase ypjH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (33/28); minor base G (0/1); total (33/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAACTTTATCGTCTGGTAAAATACCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCAGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCGATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTACGTTTCAGCTGCAAGCGCTGAGGAGACAGCTGTCACCCTGTCTGACGCTTCAATGGCAAAACGGATAAGATCTTTTAGAGACGGGTCATAGCCTAACACCGTGATATCCGTGCCATGCAAAGTTGTCACAATGC > CP006881/2175460‑2175720 | cgaCTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGc < 6:344822/137‑1 (MQ=255) aCTTTTTCATCTGGTAAAATTCTATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGc > 3:350535/1‑137 (MQ=255) aCTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGc > 6:419424/1‑137 (MQ=255) aCTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGc > 4:432375/1‑137 (MQ=255) aCTTTTTCATCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGc > 2:366856/1‑137 (MQ=255) tttcatCTGGTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAgcg < 5:333953/133‑1 (MQ=255) ggTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGgaga > 5:351599/1‑139 (MQ=255) gTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGAc > 8:57085/1‑139 (MQ=255) gTAAAATTCCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGAc < 4:106276/139‑1 (MQ=255) aTGTTTCTCTTTAATTGCCGCTGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCAATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCAcc > 8:84461/1‑139 (MQ=255) 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cGGTTATATTAAATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGTGACGGCCGTCACCCTGTCTGATGACTCAATAGCAAAACGGATCAGAGCTTTTAGAGACGGATCATAACCTAACACCGTGATATCCGTGCCATGCa < 4:350535/137‑1 (MQ=255) ttaaATCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCACCCTGTCTGATGACTCAATAGCAAAACGGATCAGATCTTTTAGAGACGGATCATAACCTAACACCGTGATATCCGTGCCATGCAAAGTGGTaac < 6:351599/139‑1 (MQ=255) tCGTATGTTTCAGCCGCAAGCGCTGAGGAGACGGCCGTCACCCTGTCTGATGACTCAATAGCAAAACGGATCAGATCTTTTAGAGACGGATCATAACCTAACACCGTGATATCCGTGCCATGCAAAGTGGTAACAATGc < 8:183012/139‑1 (MQ=255) | CAACTTTATCGTCTGGTAAAATACCATGTTTCTCTTTAATTGCCGCAGTGTTTTTCTTCAGATACACGCGCTCGTCTATAAAGTTATAAATCGTTTCGATTTTTTTCTCCGGTTTAATTAAATCGTACGTTTCAGCTGCAAGCGCTGAGGAGACAGCTGTCACCCTGTCTGACGCTTCAATGGCAAAACGGATAAGATCTTTTAGAGACGGGTCATAGCCTAACACCGTGATATCCGTGCCATGCAAAGTTGTCACAATGC > CP006881/2175460‑2175720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |